| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Theme of ROCKMAN EXE5 | 海田明里 | タイトル | |
| Be Somewhere (Game Intro Version) | 本間昭光 | 『5DS版』のみ オープニング アニメ版第3期主題歌より(歌:Busy) |
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| ネビュラのテーマ | 海田明里 | ||
| ホームタウン | 秋原町 | ||
| 室内 | |||
| 科学最前線 | 科学省 | ||
| 事件発生! | |||
| トランスミッション! | |||
| Seek a Cord | メインシステムの電脳 | ||
| バトルスタート! | 通常戦闘 | 通常戦闘曲233位 | |
| Enemy Deleted! | 勝利 | ||
| オラン島 | |||
| 廃坑 | |||
| Drill Crush! | 削岩機の電脳 | ||
| Network Space | インターネットエリア | ||
| Black Power | ボス戦前 | ||
| リベレートミッション | |||
| パワフルエネミー | ナビ戦 | NDS75位 | |
| リベレート完了! | リベレートミッションクリア | ||
| ナビカスタマイザー | |||
| 豪華客船 | |||
| Quest in the Water | 豪華客船の電脳 | ||
| エンドシティ | |||
| Castle of NINJA! | シャチホコ城の電脳 | 和風237位 | |
| Depth | ウラインターネット・ネビュラホールエリア | ||
| 心の影 | 悲しいシーン | ||
| 一人じゃないんだ! | 勇壮なシーン | ||
| ダークチップファクトリー | |||
| A Total War | ファクトリーの電脳、ココロサーバの電脳(ラストダンジョン) | GBA138位 ダンジョン113位 | |
| Trial | ミニゲーム | ミニゲーム162位 | |
| 1ターンリベレート! | |||
| Game Over | ゲームオーバー | ||
| Loser | 対戦敗北 | ||
| VS.ネビュラグレイ | ラスボス戦 | 第7回584位 第16回571位 ラストバトル287位 第2回ラストバトル60位 GBA12位 | |
| Chain of Wish | スタッフロール | 第2回エンディング188位 | |
| バトルテーマ -EXE1 STYLE- | 作：海田明里 編：高野充彦 |
『5DS』のみ GBA『1』Wスロットイン時、ウィルス戦 |
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| バトルテーマ -EXE2 STYLE- | 作：青木佳乃 編：高野充彦 |
『5DS』のみ GBA『2』Wスロットイン時、ウィルス戦 |
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| バトルテーマ -EXE3 STYLE- | 作：青木佳乃 編：小渕世子 |
『5DS』のみ GBA『3』Wスロットイン時、ウィルス戦 |
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| バトルテーマ -EXE4 STYLE- | 作：堀山俊彦 編：高野充彦 |
『5DS』のみ GBA『4』Wスロットイン時、ウィルス戦 |
NDS243位 アレンジ317位 |
| バトルテーマ -EXE4.5 STYLE- | 作：堀山俊彦 編：小渕世子 |
『5DS』のみ GBA『4.5』Wスロットイン時、ウィルス戦 |
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| バトルテーマ -EXE5 STYLE- | 作：海田明里 編：高野充彦 |
『5DS』のみ ウィルス戦 |
