| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| OPENING THEME | 田中直人 | ||
| CHARACTER SELECT | プレイヤーセレクト | ||
| OPENING STAGE X | ユーラシア(エックス) | 一面239位 | |
| OPENING STAGE ZERO | ユーラシア(ゼロ) | ||
| SIGMA 1st | 神坂なおや | シグマヘッド戦 サイコシグマ戦 |
初代PS277位 |
| STAGE SELECT 1 | 田中直人 | ||
| STAGE START | |||
| CRESCENT GRIZZLY STAGE | 暴走トラック | ||
| VOLT KRAKEN STAGE | 超電磁研究所 | ||
| SHINING HOTARUNICUS STAGE | レーザー研究所 | エレキギター203位 | |
| TIDAL MAKKOEEN STAGE | 深海 ロックマンX2の「Bubbly Crablos Stage」のアレンジ |
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| DYNAMO | 神坂なおや | ダイナモ戦 | |
| STAGE CLEAR X | 田中直人 | ||
| SPIRAL PEGACION STAGE | レプリエアフォース | ||
| SPIKE ROSERED STAGE | ジャングル | ||
| DARK NECROBAT STAGE | 神坂なおや | プラネタリウム | 宇宙207位 |
| BURN DINOREX STAGE | 田中直人 | サンハウスマウンテン | |
| BOSS | ボス戦 | ボス戦308位 エレキギター279位 | |
| STAGE CLEAR ZERO | |||
| MISSION REPORT | ミッションレポート | ||
| ZERO STAGE 1 | 零空間1 零空間2 零空間3 |
第2回ピアノ224位 | |
| SHADOW DEVIL | シャドーデビル戦 ロックマンの「Dr.Wily Stage Boss」のアレンジ |
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| RANGDA BANGDA | ランダ・バンダ戦 ロックマンXの「SIGMA STAGE BOSS」のアレンジ |
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| ZERO STAGE 2 | 零空間4 | ||
| X vs ZERO | 神坂なおや | ゼロ戦(エックス編) 覚醒ゼロ戦(エックス編) エックス戦(ゼロ編) |
第1回98位 第2回148位 第3回147位 第4回110位 第5回142位 第6回113位 第7回116位 第8回228位 第9回499位 第10回532位 第11回738位 第12回406位 第13回427位 第14回327位 第15回397位 第16回412位 第17回861位 第18回929位 初代PS18位 歴代212位 2000年～2007年71位 ボス戦134位 |
| SIGMA 2nd | ファイナルシグマW戦 | ||
| Dr.RIGHT | 田中直人 | ロックマンXの「Dr.Right」のアレンジ | |
| DEMO | |||
| STAGE SELECT 2 | |||
| ZERO DEAD | |||
| MEGA MAN X5 ENDING THEME | 覚醒ゼロエンディング 海外版エンディングテーマ |
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| UNUSED TRACK "STAGE SELECT" | 未使用曲 | ||
| UNUSED TRACK "DEEP SEA" | 未使用曲 元はタイダル・マッコイーンステージ用の曲 |
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| UNUSED TRACK "Dr.RIGHT" | 未使用曲 | ||
| UNUSED TRACK "MISSION REPORT" | 未使用曲 | ||
| UNUSED TRACK "ARMAGEDON" | 未使用曲 | ||
| UNUSED TRACK "ZERO DEAD" | 未使用曲 | ||
| Monkey | 作曲：森久保祥太郎 歌:Mosquito-Milk |
オープニングテーマ | |
| 水の中 | エンディングテーマ |
