中央労組とはかなりの敵対関係。知衣田線乗り入れ列車の乗務員交代時にもかなり親近感がないことがうかがえたが、現在はフレンドリーである。
このやり方が気に食わない長門地域鉄道部と主とする鉄道本部が反旗を翻し、 中央労組と協調路線もしくは、統合を協議の結果、長門地域鉄道部と主とする鉄道本部は中央労組の一員となった。紅世線の運休、朝倉線の一部運休は解消された。 もちろん、バス本部にとっては痛い一撃であった。これによりバス本部の組合員も自労組への流出が発生し、組合員数が減少を始めた。 一部の専門家は「抑え付けられたバス本部に対する感情の爆発と中央労組との協調路線運動の結果」と結論付けている。
バス本部のみの組織になっているが、それでも気に食わない鉄道本部の一部の残党はこの組織に属している。今後彼らの処分が注目を受けている。 バス本部の組合員も年々減っており、ニコニコ鉄道本体・ニコ鉄バス十勝では少数派となったが、いまだに多数がニコ鉄バス紅世にいるため、同じエリアを競合する長門地域鉄道部といがみあっているという。
バス本部の一部の組合員が「鉄道は要らない子」などと発言したために起こった騒動。これにより労組は2つに分裂し、今までのバス本部と、新たにできたニコニコ鉄道動力車第一労働協議組合に分かれた。今のところ、分裂した組合の再建のめどは立っていない。なお、第一動労はNDF(Nicotetsu Defense Force)との関係がよく、対立は今のところない。