有栖川学園を置き換える形で有栖川駅前に誕生した総合学園。 保育園から大学院まで設置されており、「揺りかごから墓場まで」をそのまま体験できる貴重な学校。 大学には全国でも他に例の無い「弾幕学部・対戦弾幕学部」が設けられ、教育レベルの水準の高さや設備の豪華さから、入学希望者は毎年殺到するが、学長の寛大さから、入試はほぼ有って無いようなものらしい。 「あなたはなぜ避けるのですか？」 「簡単だよ。そこに弾幕（たま）があるからさ」
この項目では、主に東方大学についての説明が記されています。
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膨大な蔵書量を誇る知識という名の最終兵器。漫画から学術書、「東方求聞史記」のバックナンバーから「民明書房大全」までの豊富なラインナップを誇る。 図書館棟は地上14階までの全てのフロアが総合閲覧室として24時間開放されているが、ここに所蔵されていない本は地下の開架書庫まで自力で探しに行かなければならない。 開架書庫は風来のシレンよろしくダンジョン化しており、中に入ってから４００年間も迷子になって彷徨った学生もいるとかいないとか。まあ、見つかるだけマシだがね。 魔法学部のパチュリー・ノウレッジ教授の研究室でもある。
揺りかごから冥界まで、一流の総合病院顔負けのあらゆる病気や怪我もたちどころに治してしまう名医が居るが、ダイジョーブ、ダイジョーブ。 薬学部の八意教授の研究室でもある。
学内の東と西の２ヶ所で営業している食堂。手頃なお値段で和洋中なんでも食べれると学生達に大人気。 ただし、西行寺教授が出没すると地獄絵図の世界になる。
学生食堂にはレティ･ホワイトロックが一言カードで悩み相談を受け付けているコーナーがある。 返事は一言カード横に備え付けられているコルクボードに随時貼り出される。
Ｑ：西行寺教授が学食の食材を食べ尽くしてしまい、お昼ご飯が食べられません。（弾幕学部２回生）
Ａ：西行寺教授に頼んで霊視体験をさせてもらえば、空腹は感じなくなりますよ？
もっとも、一歩間違うと霊界体験に化けてしまうため、生きてる喜びすら感じなくなりますが･･･（担当：白石）
森近霖之助が出張で営むお店。授業・実習等で使うアイテムなどを売っているが、バトルえんぴつやデスノートといった品物しか置いておらず、まともなノートや消しゴムなどは扱っていないらしい。
弾幕実習で使用される弾幕ごっこ演習場。たまにNDFの野戦特科が演習に来るらしい。
花映塚や緋想天のルールで行われる弾幕ごっこ演習場。たまにテニヌの試合も行われる。
コンピュータ演習室などがある学内の中央処理センター。大学図書館の電子資料を記録したサーバーが運転されているらしい。 計算機センタの処理能力は、地球シミュレータ１基分程度（総CPUプロセッサー数5120個。主記憶メモリ容量10TB(テラバイト)。最大演算性能は理論値で40TFLOPS(テラフロップス)、実測値で38.99TFLOPS(テラフロップス)。1テラフロップスは1秒間に1兆回の浮動小数点演算を行なう処理能力） なお、この計算機センタの演算能力を持ってしても、図書館の地下書庫の全貌を解析することは不可能らしい。
ネジからオーパーツまで何でも作れる機械工作室。幻想郷総合車両センターと日夜魔改造勝負が繰り広げられているらしい。
計算機センタとデータリンクを行う際に使用される実験棟。ガスタービンエンジンから原子炉まで、何でも運転してやるぜ！
醸造学部による醸造のためのアルコール生成設備。日本酒から麦酒、ウィスキーまで何でも作れるらしいが、なぜか作っても作っても中身が増えないらしい。誰が呑んでいるというのやら･･･
有栖川駅前の広場に設置されている神主の銅像。夜になると噴水からシャンパンが吹き出したり、池の水がビールになったりするらしい。学園七不思議の一つ。
中央広場にある大きな桜の木。「伝説の樹の下」とも言う。 西行妖の下で告白し、結ばれたカップルは永遠に呪われるという学園七不思議がある。 あとは「あそこで告白して恋人になった2人は、揃って同じ日、同じ時間に死ぬらしいよ」というのも。 下の人なんていません。
様々な部活動・サークルの部室がある。秘封倶楽部の部室もあるらしい。
音楽学部の演奏会で使用されるコンサートホール。プリズムリバー三姉妹の弾幕でもビクともしない頑丈な設計。
芸術学部の演劇会で使用されるホール。活動写真の上映も可能。
式典や体育学部の競技で使用される。入学式と卒業式はここで行われる。
