有明線の車両が所属する電車区。 地下に作られた為、郊外の電車区と同規模あるいはそれ以上の収容力を誇る。 車両の検査は重要部・全般検査を除き、水樹電車区で行われている。 ※重要部・全般検査は南岩崎駅隣接の岩崎重工に入場して行う。 所属車両は各駅停車に使用される209系のみである。 尚、209系0番台の内半数は良船支社の車両である。運用上の区別は特に無い。 (ツンデレラエクスプレス用883系は水樹電車区、快速用223系は富竹検車区の所属) また、水樹電車区に収容しきれない岩崎線の車両が滞泊の為に回送されてくる事もある(主に223系)。
構内に有明運輸区と有明保線作業区がある。
「岩アケ」…岩崎支社の「岩」と有明を意味する「アケ」より。 ※良船支社所属車は「良アケ」となっている。
有明線の乗務を担当する乗務員が所属する運輸区。 乗務員は良船支社塚街までの通し乗務が基本となっている。 快速は岩崎空港で、富竹運輸区の乗務員と交代する。 また、ツンデレラエクスプレスの初音〜塚街間の乗務も担当している。 尚、くぎみゅーだけは富竹運輸区の乗務員が乗務する為、有明運輸区の乗務員は乗務しない。