大破壊後ステージ

第4部に入ってから試練の山に登ろうとする（Ｋがパーティに居る場合は雛見沢で梨花と話そうとする）とイベント後に入るステージ。別名クロノの拳ステージ。一度入るとクリアまで帰れないので注意。
フリーメンバーは分岐での選択にもよるが、殲滅マシンのガス対策にBLACK、シャドームーン、凱の内一人はつれているといいだろう。ガードマシンを手っ取り早く倒したいなら、アリス(メガテン)をつれてくるとよい。

マドドーム

スタート地点から北の方にあるマドドームに向かう。歩くたびにダメージを受けるので、極力無駄の無いように進みたい。道のりとしては少し西から回り込むような形になる。

ドーム直前でガードマシン、殲滅マシン×4との戦いになる。
ガードマシンは毎ターン全体のHPを999回復し、殲滅マシンは状態異常を発生させるガスをまいてくる。鬼畜ボスに挑戦するほどレベルが上がっていれば時を止めて押し切ることも可能だが、そうでない場合はガードマシンのSP切れを待つしかない。ガードマシンのSPは450。再生光一回が45消費でガードマシンは吸収に弱いので4回前後には減らせるだろう。SPが切れると自爆してくるので、残りSPに注意しつつ親分防御などでしっかり耐えること。

ドーム内の酒場に入るとイベント後にグラップラーとの戦闘になる。
戦闘後は翠星石、金糸雀が敵の頭を叩きに向かう。もう一人付いていくメンバーは、ヤムチャ系の排他メンバー、いなければ美琴(固定メンバーの場合のみ)、それもいなければ子供なのはとなる。
翠星石たちに続くか止めるかによって分岐が発生する。

翠星石に続く

テッドブロイラーとの戦闘に突入。負けイベントなのでおとなしくつかまろう。

その後魔人ヘルズエンジェルと戦う。攻撃力が高く、HPが半分以下になると地獄の業火を使ってくる。しかし最初に十分強化すれば固定メンバーだけでも十分勝てる…のだが、なのはがついてきている場合一度負けておくとスターライトブレイカー＋習得フラグが立つ。負けても特にデメリットはないので一回目は相手の技を拝見させてもらおう。

そしてサザンクロスにつくと、ドラム缶押しの日々が始まる。
プレイヤーにとっても拷問といえるような状況だが、飛ばすことはできないのでおとなしく厨房係になるまでがんばろう。厨房で食器の整理を行い、ドラム缶のマップにいる囚人に話しかけ、収容所に戻るとイベント発生。クラウド、ヴァネッサ、レナがメンバーに加わる。送電装置を壊す前に看守に挑んだり厨房の宝箱を開けてしまうと初日に戻されるのでやらないように。

ちょっとした裏技

　ドラム缶を押すイベント中、一度右側までドラム缶を押し、看守(アレッシー)に話しかけると元に戻せと言われるわけだが、戻せと言われた後上の部屋に移動。戻ってくるとドラム缶は全て戻されており、しかもちゃんと戻したと判定される。
　これによってドラム缶を押す作業が半分になるが、あの原作での絶望感を味わうためにも全て押しておくことをお勧めする。

　作者が『ドラム缶を戻すのをショートカットできるが、不具合ではあるが直せないので裏技と思ってください』と言っていたので、バグでは無く裏技なのだろう。

地下1階に上がるとガレッキー様と戦うが、どういうわけかHPがStrikerS地上ルートの時より低い。他の能力は上がっているものの苦戦することは無いだろう。

その後は総帥を倒しに行くわけだが、そのまま向かっても返り討ちにあうので、まずは3階(翠星石たちの部屋の1階上)の一番左の小部屋の端末を調べ、収容所のアクセサリー屋に話しかけてパスワードを入手、そして4階でゼロを倒した奥にあるサイクロトロンを停止させる必要がある。ゼロはHPこそ990と低めだが防御、精神、属性耐性、異常耐性全てに隙が無い。重力攻撃が強力なので慎重に戦おう。
メカロレントは最初は1体、次に５体と戦うが、５体並べてもゼロより弱いくらい。破壊のシンフォニーだけでも倒せるはず。

翠星石たちを止める

こちらでは言葉、ディアッカ、Ｋ、アリス（東方）、カタリナ、ゼンガー、ライダー、水銀燈、（真紅）以外のメンバーで行くことになる。(具体的には蒼星石、雛苺、薔薇水晶、王子、DIO、フリーメンバーなど)
最初は魔人ヘルズエンジェルとのレース対決であり、このレースの時の魔人ヘルズエンジェルはとても早く、いつものスピードで勝つのは到底無理。そこでやる場合はシフトキー(ゲームパッドを使っているなら対応したボタン=通常移動でのダッシュボタン)を押しながらでないと勝てない。
障害物はかなり多いように見えるが、実は一箇所だけ障害物が一回しかないところがあり、その事については一度レースで負けた後に、アドバイスとして聞くことが出来る。
魔人ヘルズエンジェルと戦って勝った後は、ホープタウンに強制移動することになる。そこで街の北西にある建物に入るか、北東にいる兵士達に話しかけるとアミバ＆マグナス戦が始まる。
二人に勝った後は二人が一時仲間になる。そしてロバートに話しかけることでサザンクロスに向かうことになる。
サザンクロスに向かった後はエレベーターを使い、まずは２階に行く。そこでバーのマスターから話を聞こうとするが、酒を頼まないと話してはもらえない。またその後、おごったりして、科学者からサイクロンシステムを止めるために必要なコードを教えてもらう。なお、コードは２か所あり、一つは同じ階にある部屋のパソコンで、もう一つは地下１階の部屋のパソコンである。
ふたつのパソコンにコードを入力したら、サイクロトロンシステムのある部屋に行けるようになり、エレベーターでまずは４階まで行き、別のエレベーターから地下へといきサイクロトロンシステムを止める。
サイクロトロンシステムを止めたらメカロレントと戦いに行こう。それまでの間に戦っても絶対に勝てず、負けたら所持金が半分になってしまうので注意しよう。

メカロレントのアイテムドロップと確率

メカロレントは貴重なドーピングアイテム「守りの源」をドロップする可能性(20％程度の確率)があるため、戦闘開始直前にセーブして積極的に狙うのも良い。
その場合、サイクロトロンシステムを停止させる前に一度メカロレントと戦い、"戦略的撤退"をしておくと戦闘をやり直すときに面倒な会話がなく時間短縮になる(システム停止後は撤退しても部屋から出られず、入り口まで移動しても強制的に再戦になる)。
特に2戦目は5体まとめて戦うことになるため、運次第でいちどきに複数個(最大5個)のドロップも期待できる。
サイクロトロンシステムの停止後、初戦で1個確保してから次戦で故意に敗戦、一旦セーブポイントまで戻るという荒業もあるが所持金半減のデメリットが伴うので注意が必要。
この段階になると"戦略的撤退"ができなくなるため、上記敗戦以外に出直す方法がない。

歪みの探索

こちらでは言葉、ディアッカ、Ｋ、アリス（東方）、カタリナ、ゼンガー、ライダー、水銀燈、（真紅）で行く、かなりメンバーが少ない。第3部の分岐次第では途中でカエルorロックマンゼロが仲間になる。
まずは地下にあるＩＤカードを取りに行き、そこで種籾も手に入り、種籾は一階にいるおじいさんに渡すことが出来る。（別に渡さなくてもあまり差はない）
ＩＤカードを使って進んでいく後、電気供給が行きとどいてない部屋に行き、制限時間内に電気を送る必要がある。なお、失敗しても何度でもやり直しがきくが、基本的に時間は短い。
その後、タイミング良く足場を止める部屋に行き、うまく渡り切ろう。
渡り切ったら先の部屋ではミュータントクイーンが待ち構えており、戦闘になる。

ミュータントクイーン

ミュータントクイーン
ステータス	HP	3000
	SP	600
	攻撃力	328
	防御力	168
	精神力	398
	敏捷性	210
使用スキル		吸血（味方1人にダメージ+魅了） 強酸（味方攻撃時に反撃、ダメージは50程度）
獲得経験値		28000
獲得金額		12000万円
獲得アイテム		なし

ミュータントクイーンを倒した先の部屋でパソコンを調べるとイベントが発生。ラ・ヴォスの日を見ることが出来るが、これも函館でのジ・アース戦でのロム兄さんのようにイベント省略が出来る。
そしてプロメテドームに向かう際、その手前でディアボロ＆鮫３体と戦闘になる。

ディアボロ＆スナザメ

ディアボロ
ステータス	HP	2500
	SP	500
	攻撃力	306
	防御力	256
	精神力	98
	敏捷性	198

スナザメ
ステータス	HP	990
	SP	95
	攻撃力	221
	防御力	220
	精神力	48
	敏捷性	155

獲得経験値	39000
獲得金額	14000万円
獲得アイテム	力の源、速さの源

ディアボロはスナザメ３体を先に倒してしまうと、ほとんどの攻撃ダメージが通らなくなり、詰んでしまう可能性があるので、先にディアボロを集中攻撃してしまおう。

そしてプロメテドームに行く。（後は合流後と同じ）

合流後

サザンクロスでの合流後にメカロレントの部屋の端末を調べるとサザンクロス内を自由に移動できるようになる。
入り口に行くとテッドブロイラーと戦う。
翠星石たちに続いて条件を満たしているとなのは(9歳)の一騎打ち。勝つとスターライトブレイカー＋を習得できる。
テッドブロイラーの攻撃は炎、打撃、無属性のみなので準備を整えれば大分ダメージを抑えられるはず。相手は斬撃、刺突、貫通、吸収、雷、大地、風、吸血半減。炎無効なのでこれらの属性はできるだけ避けよう。一騎打ちの場合はこちらへのダメージが激減するが、なのはが「全力全開」を覚えていないと攻撃力不足で倒しきれない場合が多々ある。せめて40レベルまでは上げておこう。全力全開＋エクセリオンバスターＡＣＳが３回当たれば40レベルの初期装備でも勝てるはず。
倒し方にかかわらず主人公が悪人ならここでテッドブロイラーが仲間になる。

外にでるとジアースとの戦闘になる。主に攻撃面が強化され、ロム兄さんの援護がないため長期戦にはなるが、弱点は振動、雷、大地のままなので函館の時と戦い方は同じ。
この時、美琴が固定メンバーであり、翠星石達に続き、サザンクロス内の賢者の石を調べていた場合イベントが発生。戦闘後に美琴がハイパーレールガンを早期習得できる。

ジアースを倒すと、WROメンバー及び元マッドギアと別れることになるが、テッドブロイラーが仲間にいて、ストーリー上の固定メンバーやフリーメンバー以外の仲間がいない場合は他二人と共についてくる。
あとはマドドームの東のプロメテドームに向かい、歪み探索メンバーと合流して元の世界に帰るだけ。ロックマンゼロやカエルがいた場合はクリア後にフリーメンバーになる。
クリア後はマリアと、翠星石に続いた場合はWROメンバー、止めようとしてかつ固定メンバーで無い場合はマグナスたちがフリーメンバーになる。また、再び試練の山に行くか、梨花に話しかけるとラ・ヴォスと戦うことができる。

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