ロックマン11 運命の歯車！！
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プロローグ
ライト博士とワイリー博士の間で激しい議論が繰り広げられる。
ライト博士はワイリー博士の研究に反対し、教授もライト博士の意見を支持する。
ワイリー博士は自分の研究が正しいと信じ、独自の方法で世間に認めさせる事を誓う。
夢から覚めたワイリー博士は、過去の研究を再び活用する事を決意する。
オープニング
20XX年、ライト博士の研究所でロボットの定期健診が行われていた。
健診中にワイリー博士が現れ、過去の研究を完成させた事を告げる。
ワイリーは「ダブルギアシステム」を使ってロボット達を捕らえ、世界征服を企む。
ロックマンはワイリーを止めるため、ライト博士の手で「ダブルギアシステム」を組み込まれ、ワイリーに立ち向かう決意をする。
ボス4体撃破後
ライト博士は、過去にワイリー博士と共にロボットの未来を研究していたが、ダブルギアシステムの危険性を理由に反対した事で、二人の道が分かれた事をロックマンに語る。
ワイリーはそのシステムを完成させ、世界征服を企む。
ロックマンはライト博士の手でダブルギアシステムを組み込まれ、ワイリーに立ち向かう決意をする。
ラッシュもロックマンのサポートに加わり、二人は新たな戦いに挑む。
全ボス体撃破後
ロックマン達はワイリー博士の居場所を探していたが、突然ワイリーからの不正アクセスを受ける。
ワイリーは自らの居場所を明かし、ロックマンを挑発する。
ロックマンはライト博士の許可を得て、ワイリーの「歯車城」へ向かう決意を固める。
ライトットとロールもロックマンを応援し、彼はワイリーの暴走を止めるために出発する。
VSワイリー
ロックマンは歯車城で巨大ボスを撃破し、ボスラッシュを制覇してついにワイリーを追い詰める。
ワイリーはロックマンを挑発し、ダブルギアシステムの力を誇示する。
ロックマンはワイリーの野望を止める決意を固め、最終決戦に挑む。
エンディング
ロックマンは歯車城でワイリーマシンとワイリーカプセルを破壊し、ワイリーを追い詰める。
ワイリーは降参するふりをするが、ロックマンは騙されない。
ライト博士はワイリーに正しい心を持つロックマンの姿を見せ、共に歩む道を提案するが、ワイリーは拒否し逃げ去る。
城が崩れる中、ロックマン達は無事に脱出し、ライト博士の研究所に戻る。
ロックマンは仲間達に迎えられ、再び平和を守るために立ち上がる。
エピローグ
ライト博士は、ダブルギアシステムをライトットに組み込み、ロボット達の修理を進めていた。
ロックとロールはその様子を見守り、ライト博士が歯車城に来た理由を理解する。
修理が終わると、ライトットからダブルギアシステムが取り外され、全員が集合して一枚絵が表示される。
物語は「Thank you for playing!」のメッセージで締めくくられる。
