海外ではSOCOM: U.S. Navy SEALs Fireteam Bravo 3としてリリース。
小隊長のレイス、BUD/S修了し新加入のトーロ、最近任務復帰したサンドマン、そしてレイヴンの4人からなるSEALsのファイアチーム・ブラボーは、アメリカ国防総省から緊急任務を下命され、ロシアとの緊張下にあるバルト地域に展開した。彼らの目的は、組織犯罪との繋がりを持ち、大量破壊兵器密輸への関与すらも疑われる悪名高い元KGB工作員の武器商人ヴァシリ・ゴゾロフの捕獲である。
チームはバルト海沿岸の新興独立国コラトビア（※言うまでなく旧ソ連のラトビアないし近隣のバルト諸国がモデルと思われる。ウクライナ同様にロシアと陸で国境を接し、独立後に分断されたロシア系住民および親ロシア派政党が国内の一定層を占める）へ向かう。同国北岸の小さな町でゴゾロフのアジトに潜入した彼らは、武器の隠し場所を発見するも、ロケットランチャーの爆風による待ち伏せ攻撃を受ける。これを撃退したチームは捕らえた負傷兵に尋問を行い、反政府組織KRA（コラトビア革命軍）所属であることを突き止めるが、ゴゾロフに関する知識は一切ないと否認した。
チームはさらなる情報を得るため、首都コスロヴォスクの工業地帯にあるKRAの前哨基地へ向かう。そこで彼らは大量の武器貯蔵庫と、民間軍事会社（PMC）タロン・インターナショナルのデブルインと名乗る人質を発見する。
チームはKRAとPMCとが交戦するバルチスク港へ移動し、PMC傭兵部隊のリーダーと連絡を取ろうと試みた。激しい雨の中、彼らはタロン社の基地内部へ突入した。KRAに押されていたPMCを援護する。
サンドマンは、デブルインが「ローリンズ」と呼ぶ人物が、実は元ネイビーシールズでサンドマンの元チームメイトであるローンスターだったことに気づく。レイスはなぜKRAがPMCを躍起になって排除しようとしているのかを問い詰めた。ローンスターは、タロン社が兵站支援を含む様々な形でKRAを支援する契約を結んでいたことを明かした。
タロン社はKRAのために複数の貨物を輸送警備したが、その一つに化学物質が隠されていることが発覚した。彼がこの件についてKRAに詰め寄ると、それらが西側への大規模テロに使用される予定だと知らされた。KRAの真の目的を悟ったローンスターはPMCとKRAの関係を断つことを決断し、KRAは報復としてタロン・インターナショナルの要員を殺害したのだった。
チームは化学兵器が保管されている北コラトビアの廃棄された旧ソ連軍ミサイル基地へ向かう。トーロが化学物質は猛毒のシクロサリンガスであることを確認した。
科学者たちは化学物質の危険性を認識しており、バイナリータイプに分離させていたため、取り扱い自体は比較的安全であった。撃って破壊することも可能というわけだ。
チームが反撃に出たKRAの銃撃を受けて撤退に追い込まれる中、トーロは隙を突いて化学兵器に単身突撃しようとするも、敵が閃光手榴弾を投げ込み、フラッシュアウトでチームが混乱したため失敗する。他の隊員が閃光弾の影響から回復したまさにその時、意識を失ったトーロが引きずられ、トラックに積み込まれるのを目撃するのだった。
サンドマンとレイヴンがトロの無謀な行動の結果を巡って言い争い小競り合いとなる。時間が迫る中、レイスは選択の余地なくローンスターを信頼する決断を下す。サンドマンはこれに不服のようだ。
三人はタロン・インターナショナルのヘリコプターに乗り込み、ローンスターもトーロ救出作戦に参加する。彼らはKRAの行方を追って、南中央コラトビアの山岳地帯ガインザ・カルンズに到達。ローンスターと三人は、尾根線直下の山岳南壁にファストロープで降下し、山頂のスキー場跡地にあるKRAの拠点へ向かう。スキーロッジを捜索した末、地下室でトーロを発見。ロッジから脱出しようとした瞬間、伏兵のスナイパーがローンスターを撃ち、彼は即死した。
SEALsの撤退命令が保留となった後、レイスはKRAの通信センターへの潜入を決断する。孤立した地域にある重装備の基地だ。激しい抵抗に遭ったが、ほぼ完全な暗闇での戦闘となったため、チームに有利に働いた。中央司令室で、彼らは非武装のKRA兵士を発見し尋問した。その兵士の供述により、ヴァシリ・ゴゾロフが実際にロシア軍内部から物資と資金を供給されていた事実も確認された。コラトビアの内戦はロシアが西側に仕掛けるハイブリッド戦争の一部だった。さらに、ゴゾロフの居場所を特定する情報も入手。
ファイアチーム・ブラボーはその後、ゴゾロフの隠れ家である田舎のプロイセン屋敷に移動する。多数のKRA兵士と攻撃ヘリと対峙するもSEALsはこれらを蹴散らし。そしてゴゾロフは屋敷の屋上に追い詰められ、降伏を余儀なくされる。しかし、ゴゾロフは悪足掻きでピストルを取り出そうとするが、レイスの引き金は素早かった。
KRAは政府転覆を企て親欧米派の大統領暗殺を図ろうとしている。革命によって親ロシア派の大統領を擁立し、EUからの離脱とロシア連邦への帰属編入をさせるつもりなのだろう。私服で拳銃のみを携行したチームはコスロヴォスクの市街地へ向かうが、そこに民間人の姿はなくすでにKRAの兵士が占拠していた。以前チームが救出したデブルインの協力により、河川のボートから武器弾薬を補給される。
装備を整えたチームがコラトヴィア独立記念館に到着したまさにその時、大統領警護隊とKRAの間で銃撃戦が発生した。KRAもといエゴール・リャコフスキー大佐率いるスペツナズ（ロシア軍特殊部隊）が建物を襲撃する中、大統領は宮殿敷地内に身を隠すことを余儀なくされた。チームは宮殿内を縦横無尽に駆け巡りリャコフスキーとスペツナズを殲滅した後、大統領に安全な場所へ逃げろと告げ、ここで自分たちアメリカ人を見たことはいっさい忘れるよう諭す。
SEALsがコラトビアを離れる際、トーロは自らの軽率な行動を謝罪する。レイスはチーム全員に酒と休暇をご馳走すると約束。その後、チームは米海軍の哨戒艇で無事帰国を果たした。
アメリカがコラトビア情勢において公式に関与した事実、証拠はどこにもない。緊迫する国際情勢の影で活躍し、ロシアの恐るべき領土野望と毒ガステロ計画を挫き、同盟国をその魔の手から護った。世界を救った彼らの活躍を誰も知らない。平和の裏に、今日もどこかで人知れず戦う名もなきヒーローたちがいる。それこそが、アメリカ海軍最強の特殊部隊、ネイビーシールズの誇りであり唯一の使命なのだ。
