第１章：帝都からの旅立ち（脱獄～エステルとの出会い～帝都出立）
帝都ザーフィアスの下町で暮らす青年ユーリは、
脱獄した城の中で騎士に襲われる少女を助けたことがきっかけで、広大な世界へと旅立つ。
第２章：大樹の奇跡（カロル登場～ハルルの樹の復活～リタ登場～エフミドの丘）
フレンと魔核(コア)泥棒を追ってユーリとエステルはハルルの街を訪れる。
ギルドの少年カロルや魔導士の少女リタを加え、一行は海を目指す。
第３章：港の暴政（フレン登場～ラゴウ邸潜入～カルボクラム）
執政官ラゴウが圧制を敷く港町カプワ・ノール。
フレンと再会したユーリたちは、ラゴウの不正を暴くべくその屋敷へと侵入するが。
第４章：美しき竜使い（ヘリオード～ケーブ・モック～騎士団とユニオンの対立～バルボス打倒）
ヘリオードに連行されたものの自由の身になったユーリたち。
謎の竜使いの襲撃の後、向かったダングレストでは、騎士団とギルド勢が全面対決の事態に！？
第５章：ギルド結成（ラゴウ断罪～ギルド結成～闘技場フレン戦）
ラゴウの断罪、そして謎の怪鳥の襲撃。
混乱の中、ダングレストを脱出した一行は、自分たちのギルドを結成する。
海を渡った先の闘技場で一行を待つものは。
第６章：法の旗手と断罪者（カドス～ヨームゲン～キュモール断罪～ベリウスの死）
洞窟と砂漠を越えてマンタイク、そしてヨームゲンへ。
世界の謎が深まる一方、正義のあり方を巡り、激しく衝突するフレンとユーリ！
第７章：まつろわぬ者の掟（ノードポリカ脱出～ドンの死～テムザ山～フェローと対面）
ギルド同士のけじめのためドンが散る。
その覚悟を心に焼付け、ユーリたちはジュディスを追ってテムザ山へと向かう。
彼女が語る、世界を蝕む危機とは！？
第８章：死して蘇る男（アレクセイの正体～シュヴァーンとの対決～ヘラクレス攻略～カロルの奮闘）
すべての黒幕アレクセイ。
その彼に付き従うのは、ユーリたちがよく見知った顔だった。
なぜ裏切り、エステルをさらったのか？
仲間の悲痛な叫びが響く──
第９章：迷いと決意（ゾフェル離脱～クオイでユーリ袋叩き～フレン演説～エステルと対決）
悲壮な決意を秘め、ひとり行こうとするユーリ。
だがそんな彼を諌める仲間たち。
それぞれの不安と希望を胸に、一行はエステルのいる帝都を目指す。
第１０章：不落宮の戦い（決戦前夜～イエガーと対決～アレクセイと対決）
アレクセイの野望を阻止するため、ザウデ不落宮へと乗り込むユーリたち。
その前に因縁の敵、イエガーが立ちはだかる。
第１１章：精霊の誕生（帝都での目覚め～ウンディーネ誕生～イフリート誕生～一同の決意）
甦った災厄・星喰みに対抗すべく、ユーリたちは各地を巡り、始祖の隷長(エンテレケイア)を精霊へと転生させることを試みる。
第１２章：凛々の明星（パティの過去～フレン救援作戦～フレンと対戦～決戦前夜～オルニオン出立～デュークとの決戦）
全人類と引き換えに災厄を倒そうとするデューク。
過去と決別したパティ、葛藤を乗り越えたフレンと共に、ユーリたちは世界の命運を賭け、タルカロンの塔に最後の戦いを挑む。
