| ステージ | ミッション | 場所 | 獲得アイテム |
|---|---|---|---|
| プロローグ | ミッション4終了後 | バスの中に入ってすぐの場所（地中） | O・パーツ（500） |
| ミッション5 | MISSON5のバス上の小さい四角（地中） | ワンダフルファイル02（ピースター） | |
| ミッション6終了後 | カクレーガの次の車両の天井（地中） | スーパーワンダフルラーメン（初回だけ） | |
| 001-A | ミッション10終了後 | 建物の上（地中） | サンダービクトリートーピドー（初回だけ） |
| ミッション12終了後 | 橋から川へ降りて緑の土管の前（地中） | ナス | |
| 001-B | ミッション6終了後 | タイクーのいる公園の時計（地中） | O・パーツ（10000） |
| ミッション8直前 | 目押しルーレットの3ヶ所 屋内に入る前（地中） | ピーマン、ニンジン、ナス | |
| ミッション9 | 野球場のマウンド（地中） | ワンダフルラーメン（初回だけ） | |
| 002-A | ミッション1終了後 | グライダー直前 ケーキ屋の屋上（地中） | スーパーワンダフルラーメン（初回だけ） |
| ミッション5終了後 | ミッション5（レーダン戦）付近の建物の上（地中） | ワンダフルファイル07（ワンダ・グリーン） | |
| 002-B | ミッション1 | 黄箱の右の丸い部分（地中） | スーパーワンダフルケーキ（初回だけ） |
| ミッション1終了後 | 観覧車周辺の建物の上（地中）① | ワンダフルラーメン（初回だけ） | |
| ミッション1終了後 | 観覧車周辺の建物の上（地中）② | ワンダフルケーキ（初回だけ） | |
| ミッション9終了後 | ゲダイドグーが出現する付近（地中） | スーパーワンダフルケーキ（初回だけ） | |
| 003-A | ミッション2前 | シャトル上、一番手前の翼（地中） | フィギュア016（ワンダ・ギター） |
| ミッション2前 | シャトル上、手前から3番目の翼（地中） | フィギュア040（ワンダ・ディーヴァ） | |
| ミッション2直前 | ミッション2付近、翼の左側（地中） | フィギュア052（ワンダ・カブキ） | |
| ミッション3前 | 火炎通路の揺れ動く貨物の上に乗ってハンマー（地中） | ゲスジャークファイル12（ハマキー） | |
| ミッション4 | カジノエリア左下（地中） | フィギュア012（ワンダ・カンフー） | |
| ミッション4 | カジノエリア右上（地中） | フィギュア086（ワンダ・ビアー） | |
| ミッション6 | 落雷エリア 画面手前の翼（地中） | フィギュア041（ワンダ・テニス） | |
| 003-B | ミッション4 | 瓦礫を飛びうつるQTE中、2つ目の瓦礫（地中） | ゲスジャークファイル14（ゲダイドグー） |
| ミッション4 | 瓦礫を飛びうつるQTE中、4つ目の瓦礫（地中） | ゲスジャークファイル15（ニャーク） | |
| ミッション5 | メガンと戦う前 エンヴァンの手前の外周付近①（地中） | ゲスジャークファイル09（タイクー） | |
| ミッション5 | メガンと戦う前 エンヴァンの手前の外周付近②（地中） | プラチナコイン | |
| ミッション5 | メガンと戦う前 エンヴァンの手前の外周付近③（地中） | ファイヤービクトリートーピドー（初回だけ） | |
| ミッション5 | メガンと戦う前 エンヴァンの手前の外周付近④（地中） | サンダービクトリートーピドー（初回だけ） | |
| 003-C | ミッション1 | ハートミサイル注入のエリア（地中）① | ワンダフルラーメン（毎回取れる） |
| ミッション1 | ハートミサイル注入のエリア（地中）② | ワンダフルケーキ（毎回取れる） |
| ステージ | ミッション | 場所 | 獲得アイテム |
|---|---|---|---|
| 004-A | ミッション05終了後 | 水中 通路最初の曲がり角の真ん中（地中） | フィギュア044（ワンダ・チアリーダー） |
| ミッション05～06間 | ウィップで飛び越えた先（地中） | プラチナコイン | |
| ミッション09～10間 | ユナイト・クローで渡る川の中（地中） | フィギュア064（ワンダ・ワンダ－ランド） | |
| 004-B | ミッション01終了後 | トイレットがある付近（地中） | スーパーワンダフルケーキ（初回だけ） |
| ミッション04終了後 | 広場の下部の水路の中（地中） | ワンダフルファイル10（ジェームズ・シロガネ） | |
| ミッション10前 | 隊員たちと合流後 ガッチャの近く（地中） | プラチナコイン | |
| 005-A | ミッション01前 | スタート直後 リフト手前のピンク色のキノコの上（地中） | ゲスジャークファイル22（アンコー） |
| ミッション01終了後 | 草が生い茂るエリアの左上 大樹の根本の青キノコの上（地中） | ワンダフルファイル18（センチネル・スーツ） | |
| ミッション04終了後 | 最初の回転塔の上の石像をクローで登った先（地中） | ゲスジャークファイル20（ドークン） | |
| ミッション08 | マグマを冷やす為にガンで破壊したタンクの跡（地中） | ワンダフルファイル12（イモータ） | |
| 005-B | ミッション1終了後 | 水路開通後、洞窟から出たところの丸い窪み①（地中） | ゲスジャークファイル23（ハガーネ） |
| ミッション1終了後 | 水路開通後、洞窟から出たところの丸い窪み②（地中） | ゲスジャークファイル24（ダイリクセン） | |
| ミッション1終了後 | 水路開通後、洞窟から出たところの丸い窪み③（地中） | ゲスジャークファイル39（オダーコ） | |
| ミッション5終了後 | 青い水晶の下（地中） | プラチナコイン | |
| 006-A | ミッション2終了後 | 宝箱がある氷河の足場（地中） | フィギュア060（ワンダ・ダイバー） |
| ミッション4終了後 | サイコロ移動後、滝の奥にある黄箱の裏（地中） | ゲスジャークファイル26（ドーラ） | |
| ミッション7 | オーゴン戦の広場中央（地中） | ゲスジャークファイル40（ワルガグージン） | |
| 006-B | ミッション4終了後 | ホーダンのいる浮島（地中） | プラチナコイン |
| ミッション9 | 突風ミッション開始地点付近（地中） | フィギュア083（ワンダ・PC） |
| ステージ | ミッション | 場所 | 獲得アイテム |
|---|---|---|---|
| 007-A | ミッション01 | 足場の真ん中（地中） | フィギュア042（ワンダ・ミュージック） |
| ミッション05 | 足場の真ん中（地中） | プラチナコイン | |
| ミッション08 | 足場の真ん中（地中） | フィギュア021（ワンダ・ランチ） | |
| 008-A | ミッション1 | ミッション1の右側の穴の開いた建物の上（地中） | フィギュア050（ワンダ・ベイブ） |
| ミッション2 | 奥の時計（地中） | プラチナコイン | |
| 008-B | ミッション1 | 野球場のマウンド（地中） | フィギュア047（ワンダ・ゴースト） |
| ミッション5終了後 | リニアモーターカーの上（地中） | プラチナコイン | |
| 009-A | ミッション1 | エンヴァンの上（地中） | フィギュア088（ワンダ・ファイヤーワークス） |
| 009-B | ミッション5 | シールド装置周辺の突起①（地中） | ワンダフルファイル22（プラチナ・ロボ） |
| ミッション5 | シールド装置周辺の突起②（地中） | フィギュア014（ワンダ・トイ） | |
| ミッション5 | シールド装置周辺の突起③（地中） | プラチナコイン | |
| ミッション5 | シールド装置周辺の突起（地中）15ヶ所 | ワンダフル・バッテリー×15 | |
| ミッション5終了後 | ゲス・ワクセー内部 円（地中） | プラチナコイン | |
| ミッション5終了後 | ゲス・ワクセー内部 円（地中）3ヶ所 | O・パーツ×3 | |
| エピローグ | ミッション4終了後 | バスの中に入ってすぐの場所（地中） | O・パーツ（500） |
| ミッション5直前 | カクレーガの車両の天井（地中） | ファイヤービクトリートーピドー（初回だけ） | |
| ミッション6終了後 | カクレーガの次の車両の天井（地中） | スーパーワンダフルケーキ（初回だけ） |
