細菌 - clade @ ウィキ

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細菌の系統

細菌 / バクテリア (Bacteria) = 真正細菌 (Eubacteria)

• incertae sedis: Aminanaerobia, Caldus, Candidatus, Catenispora, Chlorochromatium, Deinonema, Denitromonas, Fervidomicrobium, Guhaiyinggella, Nanobacterium, Natronohydrobacter, Pseudoburkholderia, Pseudogluconobacter, Ruminobacillus, Scopulibacillus, Smegmaraptor, Streptofusia, Thermobaculum, Thermosulfidibacter 他
• incertae sedis: クテドバクター綱 (Ktedobacteria) = クテドノバクテリア (Ktedonobacteria)
• incertae sedis: ディクチオグロムス門 (Dictyoglomi)
• incertae sedis: ゲマティモナス門 (Gemmatimonadetes)
• incertae sedis: ニトロスピラ門 (Nitrospirae) = Thermodesulfovibrio group
• incertae sedis: シネルギステス門 (Synergistetes)
• incertae sedis: N.N.
  1. デフェリバクター門 / デフェリバクター綱 (Deferribacteres)
  2. サーモデスルフォバクター門 / テルモデスルフォバクテリウム門 (Thermodesulfobacteria)

1. ファーミキューテス (Firmicutes) = グラム陽性細菌 (Gram-positive bacteria) = 発酵菌門
   • incertea sedis: Dethiobacter 他
   • incertea sedis: テルモリトバクター綱 (Thermolithobacteria)
   1. クロストリディウム綱 / クロストリジウム綱 (Clostridia)
   2. N.N.
      1. モリクテス (Mollicutes) = テネリクテス (Tenericutes)
      2. バチルス綱 (Bacilli)
2. N.N.
   1. N.N.
      1. N.N.
         1. プランクトミセス門 (Planctomycetes) = プランクトミセス綱 (Planctomycetacia)
         2. スピロヘータ門 / スピロケータ門 / スピロヘータ綱 / スピロケータ綱 (Spirochaetes)
      2. アクチノバクテリア / 放線菌門 / 放線菌綱 / 放線菌関連細菌 (Actinobacteria)
      3. フィブロバクター門 (Fibrobacteres) = フィブロバクテリア (Fibrobacteria)
      4. Bacteroidetes/Chlorobi group
         • incertae sedis:
         1. クロロビウム門 (Chlorobi) = 緑色硫黄細菌 (green sulfur bacteria)
         2. バクテロイデス門 (Bacteroidetes) = Bacteroides‐Cytophaga‐Flexibacter group = BCF group
      5. Chlamydiae/Verrucomicrobia group
         • incertae sedis:
         1. クラミジア門 / クラミディア門 (Chlamydiae)
         2. レンティスファエラ門 (Lentisphaerae)
         3. ヴェルコミクロビウム門 (Verrucomicrobia)
   2. N.N.
      1. N.N.
         1. N.N.
            1. クリシオゲネス門 / クリシオジェネス門 / クリシオゲネス綱 (Chrysiogenetes) = クリシオジェネス目 (Chrysiogenales) = クリシオジェネス科 (Chrysiogenaceae) = クリシオジェネス属 (Chrysiogenes) = クリシオジェネス・アルセナティス (Chrysiogenes arsenatis)
            2. フソバクテリウム門 / フソバクテリア (Fusobacteria)
         2. 超好熱性真性細菌
            1. サーモトガ門 / テルモトガ門 / サーモトーガ門 / サーモトガ綱 / テルモトガ綱 (Thermotogae)
            2. アクイフェックス門 / アキフェックス門 / アクイフェックス綱 / アキフェックス綱 (Aquificae)
         3. クロロフレクスス門 / クロロフレクサス門 (Chloroflexi) = 緑色非硫黄細菌 (green nonsulfur bacteria = green non‐sulfur bacteria)
            • incertae sedis: Candidatus, Kouleothrix 他
            1. アナエロリネア綱 (Anaerolineae)
            2. カルディリネア綱 （Caldilineae） = カルディリネア目 (Caldilineales) = カルディリネア科 (Caldilineaceae)
            3. クロロフレクスス綱 / クロロフレクサス綱 （Chloroflexi）
            4. デハロココイデス綱 (Dehalococcoidetes)
            5. テルモミクロビウム綱 / テルモミクロビウム門 （Thermomicrobia）
         4. デイノコッカス・サーマス門 / デイノ　コックス・テルムス門 (Deinococcus‐Thermus) = Thermus/Deinococcus group
            • incertae sedis:
            1. デイノコッカス門 / デイノコックス門 / デイノコッカス綱 / デイノコックス綱 (Deinococci)
         5. シアノバクテリア / 藍色細菌 / 藍菌 (Cyanobacteria) / 藍藻 (Cyanophyta)
      2. アシドバクテリウム門 / アシドバクテリア (Acidobacteria)
         1. ホロファガ綱 (Holophagae) = subdivision 8
            1. ホロファガ目 (Holophagales)
            2. アカントプレウリバクター目 (Acanthopleuribacterales)
         2. subdivision 7
         3. N.N.
            1. subdivision 6
            2. N.N.
               1. subdivision 4 = subdivision 5 sensu Fukunaga et al.
               2. N.N.
                  1. subdivision 5 = subdivision 4 sensu Fukunaga et al.
                  2. N.N.
                     1. subdivision 1
                     2. N.N.
                        1. subdivision 3
                        2. subdivision 2
      3. プロテオバクテリア (proteobacteria) = 紅色非硫黄細菌 (purple non‐sulfur bacteria) = 紅色細菌 (purple bacteria)
         • incertae sedis: Aminomonas, Aquamarinicola, Magnetococcus, Mariprofundus 他
         1. デルタプロテオバクテリア (Deltaproteobacteria) = δプロテオバクテリア (δ‐proteobacteria)
         2. N.N.
            1. イプシロンプロテオバクテリア (Epsilonproteobacteria) = εプロテオバクテリア(ε‐proteobacteria)
            2. N.N.
               1. アルファプロテオバクテリア (Alphaproteobacteria) = αプロテオバクテリア(α‐proteobacteria)
               2. N.N.
                  1. ベータプロテオバクテリア (Betaproteobacteria) = βプロテオバクテリア(β‐proteobacteria)
                  2. ガンマプロテオバクテリア (Gammaproteobacteria) = γプロテオバクテリア (γ‐proteobacteria)
                     • incertae sedis: アルテロモナス目 (Acidithiobacillales)
                     • incertae sedis: エアロモナス目 (Aeromonadales)
                     • incertae sedis: カルディオバクテリウム目 (Cardiobacteriales)
                     • incertae sedis: クロマチウム目 (Chromatiales)
                     • incertae sedis: メチロコックス目 (Methylococcales)
                     • incertae sedis: オセアノスピリルム目 (Oceanospirillales)
                     • incertae sedis: チオスリックス目 (Thiotrichales)
                     • incertae sedis: キサントモナス目 (Xanthomonadales)
                     • incertae sedis: 所属不明属多数
                     1. レジオネラ目 (Legionellales)
                     2. キサントモナス目 (Xanthomonadales)
                     3. N.N.
                        1. シュードモナス目 (Pseudomonadales)
                        2. N.N.
                           1. アルテロモナス目 (Alteromonadales)
                           2. N.N.
                              1. ビブリオ目 (Vibrionales)
                              2. N.N.
                                 1. パスツーレラ目 (Pasteurellales)
                                 2. エンテロバクター目 / 腸内細菌目 (Enterobacteriales)

ITOLをベースに。ブートストラップ<50は多分岐にしました。

ITOLと矛盾しない範囲で、適宜他のソースも使っています。クリシオゲネス門、デフェリバクター門、サーモデスルフォバクター門の位置は16SrRNAによるものです。
レンティスファエラ門とヴェルコミクロビウム門はソースに含まれていませんが、Chlamydiae/Verrucomicrobia groupを単系統と考えクラミジア門の近くに入れました。
ITOLではプロテオバクテリアの単系統性は弱く否定されていますが、ここでは単系統としました。Fibrobacteres/Acidobacteria groupの単系統性は強く否定されています。

伝統的な意味でのグラム陽性菌、グラム陰性菌は単系統とはなりません。グラム陽性菌は、系統的にはファーミキューテス門のシノニムとして使われますが、他に放線菌などもグラム陽性です。

• Ciccarelli et al. 2006
• Fukunaga et al. 2008
• Interactive Tree Of Life
• MMID 微生物分類同定講座 第4回 細菌の分類体系
• Taxonomy browser (Bacteria)
• きまぐれ生物学 生物分類表 真性細菌ドメイン