| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Dream Of Butterfly | 目黒将司 | オープニングテーマ 歌:川村ゆみ |
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| ペルソナの扉 | 目黒将司 | タイトル画面 | アトラス213位 |
| 怪奇現象、ペルソナ様出現? | 目黒将司 | ||
| 我が名はフィレモン | 目黒将司 | ||
| ネームエントリー | 目黒将司 | 主人公名前入力時 原作と曲名は同じだが全く別の曲。 |
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| ペルソナを授けよう! | 目黒将司 | ||
| School Days | 目黒将司 | 聖エルミン学園での楽曲 歌:川村ゆみ |
アトラス213位 |
| ICU消失、行方不明の麻希 | 目黒将司 | ||
| A Lone Prayer | 目黒将司 | 通常戦闘曲 歌:川村ゆみ |
2009年193位 第2回マイナーゲーム100位 PSP53位 |
| Mad Hospital | 目黒将司 | 原作曲「ダンジョン～病院(異変後)」アレンジ 原作の悪魔の声等はカットされている。 |
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| 意志の力を信じ、進め! | 目黒将司 | ||
| 御影警察署 | 目黒将司 | 原作曲「ダンジョン～廃工場地下通路(電脳紀行)」アレンジ 警察署、廃工場などの汎用ダンジョン曲 |
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| 登場! | 目黒将司 | 原作曲「マークのテーマ(マーク)」アレンジ | |
| Strange Atmosphere | 目黒将司 | イベント曲 原作曲「麻希のテーマ～寂しい」アレンジ |
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| Let The Butterflis Spread Until The Dawn | 目黒将司 | タウンマップ曲 歌:川村ゆみ |
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| マキ | 目黒将司 | 原作曲「麻希のテーマ～明るい(マキ)」アレンジ | |
| セベク | 目黒将司 | 原作曲「ダンジョン～セベク地上部(セベク都市)」アレンジ | |
| Black Kid | 沖辺美佐紀 | 原作曲「アキのテーマ(BLACK KID)」そのまま使用 | |
| 戦闘～テッソ | 土屋憲一 | 原作曲「戦闘～テッソ(幼児虐待)」そのまま使用 ただ原作であった最初のイントロはカットされている。 |
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| Shops | 目黒将司 | 原作曲「ダンジョン～街1商店街（東口）(明るい商店街)」アレンジ | |
| サトミタダシ薬局店のうた2009 | 目黒将司 | 原作曲「サトミタダシ薬局店のうた」アレンジ 歌：野澤淳一 |
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| 全ての人の魂の詩 | 目黒将司 | ベルベットルーム | |
| ペルソナ合体 | 目黒将司 | 原作曲「ベルベットルーム 合体シーン」アレンジ | |
| 破魔の鏡を探せ! | 目黒将司 | ||
| カーマ宮殿 | 目黒将司 | ダンジョン「カーマ宮殿」などの汎用ダンジョン曲 | |
| 御影遺跡 | 目黒将司 | ダンジョン「御影遺跡」の曲 | |
| 迷いの森 | 目黒将司 | ダンジョン「迷いの森」の曲 | |
| マナの城 | 目黒将司 | ダンジョン「マナの城」の曲。原作曲でのフレーズが一部使われている。 | |
| 対決 | 目黒将司 | ボス戦闘前などのイベント曲 | |
| Bloody Destiny | 目黒将司 | ボス戦闘曲 歌:川村ゆみ |
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| ペルソナ | 目黒将司 | 原作曲「セベク編バッドエンディング2(ペルソナ)」アレンジ | |
| 氷の城 | 土屋憲一 | 原作曲「ダンジョン～氷の城(BLACK SNOW)」アレンジ | 2009年193位 |
| 凍てつくエルミン学園 | 目黒将司 | ||
| 鏡の破片を探したまえ! | 目黒将司 | ||
| 甘き眠り、ヒュプノスの塔へ | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～ヒュプノスの塔 | 土屋憲一 | 原作曲「ダンジョン～ヒュプノスの塔」アレンジ | |
| ヒュプノスの塔にて･･･ | 目黒将司 | ||
| 歪んだ復讐、ネメシスの塔へ | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～ネメシスの塔 | 土屋憲一 | 原作曲「ダンジョン～ネメシスの塔(INVASION)」アレンジ | |
| 死の牢獄、タナトスの塔へ | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～タナトスの塔 | 土屋憲一 | 原作曲「ダンジョン～タナトスの塔(悪魔、賛えよ)」アレンジ | |
| 永遠の夜 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～悪魔の山 | 土屋憲一 | 原作曲「ダンジョン～悪魔の山(森の夜鳴き)」アレンジ | |
| アシュラ女王降臨 | 目黒将司 | ||
| 戦闘～夜の女王 | 土屋憲一 | 原作曲「戦闘～夜の女王(夜の女王)」アレンジ | |
| エルミン学園、朝の光 | 目黒将司 | ||
| ペルソナの扉-アガスティアの木- | 目黒将司 | セーブポイントでの曲 今作のタイトル画面曲のアレンジ |
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| Daily Life | 目黒将司 | ||
| Tension | 目黒将司 | 原作曲「レイジのテーマ(レイジ)」アレンジ ただレイジのシーンで流れることは少なく、汎用イベント曲となっている。 |
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| 幽霊屋敷 | 目黒将司 | ダンジョン「幽霊屋敷」での楽曲。 | |
| 決戦、デヴァ・ユガ突入! | 目黒将司 | ||
| デヴァ・ユガ突入 | 目黒将司 | 原作曲「ダンジョン～デヴァ・ユガ(デヴァ・ユガ)」アレンジ | |
| 麻希、閉ざされた心 | 目黒将司 | ||
| Smile | 目黒将司 | 原作曲「南条のテーマ(NO.1)」アレンジ | |
| アラヤの岩戸へ向かえ! | 目黒将司 | ||
| アラヤの岩戸 | 目黒将司 | ダンジョン「アラヤの岩戸」での曲。 | |
| Space | 目黒将司 | ||
| アヴィディア界 | 目黒将司 | ラストダンジョン「アヴィデア界」での曲。 | |
| 全ての人の意識の海 | 目黒将司 | ||
| 悲しみを乗り越えて | 目黒将司 | 曲前半は原作曲「麻希のテーマ～哀しい(追憶)」のアレンジ 曲後半は今作のタウンマップ曲「Let The Butterflies Spread Until The Dawn」のアレンジ。 |
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| 黄金の蝶、光り輝く未来へ… | 目黒将司 | ||
| 全てに災いをもたらすもの | 目黒将司 | ||
| パンドラ 最後の戦い | 目黒将司 | ラスボス戦 | 2009年193位 アトラス155位 |
| 麻希の告白、そして現実へ | 目黒将司 | マキのテーマのイントロが用いられている。 | |
| 桜舞う季節 | 目黒将司 | ||
| Voice | 目黒将司 | エンディングテーマ 歌:川村ゆみ |
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| Dream Of Butterfly -インストバージョン- | 目黒将司 |
