| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 神取のテーマ～静か | 沖辺美佐紀 | …の前の静けさ | アトラス213位 |
| フィレモンムービー～セベク編1 | 目黒将司 | ||
| 麻希のテーマ～明るい | 土屋憲一 | マキ | アトラス213位 |
| ダンジョン～警察署 | 青木秀仁 | MAJIN...FOREVER | |
| マークのテーマ | 土屋憲一 | マーク | |
| ダンジョン～廃工場地下通路 | 青木秀仁 | 電能紀行 | |
| ダンジョン～セベク地上部 | 青木秀仁 | セベク都市 | アトラス114位 |
| ダンジョン～セベク地下研究所 | 青木秀仁 | 不幸に触れ、それは | アトラス213位 |
| 神取のテーマ～野望 | 土屋憲一 | ||
| ディメンションロード | 目黒将司 | ||
| アキのテーマ | 沖辺美佐紀 | BLACK KID | |
| 街2異変 | 沖辺美佐紀 | アトラス213位 | |
| ダンジョン～遺跡 | 青木秀仁 | ||
| フィレモンムービー～セベク編2 | 目黒将司 | ||
| 街2 | 土屋憲一 | ||
| ダンジョン～ブラックマーケット | 目黒将司 | 暗い商店街 | |
| ハーレムクイーンに犯されたBAR | 沖辺美佐紀 | ||
| ダンジョン～カーマ宮殿 | 青木秀仁 | ほくろの千里 | |
| シャドゥ～シリアス | 土屋憲一 | 凍る心 | |
| マイのテーマ | 沖辺美佐紀 | ||
| ダンジョン～洋館 | 青木秀仁 | ||
| デヴァ・ユガ出現 | 目黒将司 | ||
| 神取のテーマ～哀愁 | 土屋憲一 | 神取 | |
| ディメンションロード後デヴァ・ユガ風景 | 土屋憲一 | ||
| ダンジョン～デヴァ・ユガ | 青木秀仁 | デヴァ・ユガ | アトラス213位 |
| ディスタイザー消滅 | 目黒将司 | ||
| レイジのテーマ | 土屋憲一 | レイジ | |
| フィレモンムービー～セベク3 | 目黒将司 | ||
| 意識のシャボン玉 | 沖辺美佐紀 | ||
| 麻希のテーマ～哀しい | 土屋憲一 | 追憶 | |
| ダンジョン～パンドラの巣（最深部） | 青木秀仁 | ||
| パンドラ遭遇 | 土屋憲一 | ||
| パンドラ登場 | 目黒将司 | ||
| 戦闘～パンドラ | 青木秀仁 | はかなき蝶 ※パンドラ戦・アスラ女王戦 |
アトラス114位 |
| フィレモンムービー～セベク編4 | 目黒将司 | ||
| セベク編グッドエンディング | 目黒将司 | 全ての人の魂の詩 | アトラス213位 |
| セベク編バッドエンディング2 | 目黒将司 | ペルソナ | |
| 保健室（旧ダンジョン～冴子先生） | 沖辺美佐紀 | ||
| ゆきののテーマ | 土屋憲一 | ||
| 凍りつく学校 | 目黒将司 | ||
| 雪の女王のテーマ～メイン | 土屋憲一 | 雪の女王 | 冬・雪・氷79位 アトラス91位 |
| フィレモンムービー～雪の女王編1 | 目黒将司 | ||
| 氷の城 | 目黒将司 | アトラス155位 | |
| ダンジョン～氷の城 | 青木秀仁 | BLACK SNOW | 冬・雪・氷288位 ダンジョン281位 |
| 固く閉ざされた扉 | 沖辺美佐紀 | ||
| ダンジョン～旧氷の城 | 青木秀仁 | ||
| 会話～汎用1 | 沖辺美佐紀 | ||
| アヤセに告白するトロ | 沖辺美佐紀 | TOY&JOY | |
| 雪の女王のテーマ～激しい | 沖辺美佐紀 | SNOW STORY | |
| 意識 | 土屋憲一 | ||
| ヒュプノスの塔進入 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～ヒュプノスの塔 | 青木秀仁 | ||
| 通常戦闘 | 土屋憲一 | 戦闘 | アトラス213位 |
| 回復の泉 | 沖辺美佐紀 | ||
| フィレモンムービー～雪の女王編2 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～反夢界 | 沖辺美佐紀 | ||
| ネムリン愛のテーマ | 沖辺美佐紀 | ||
| ネメシスの塔進入 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～ネメシスの塔 | 青木秀仁 | INVASION | |
| 雪の女王のテーマ～哀しい | 沖辺美佐紀 | ||
| 会話～汎用2 | 沖辺美佐紀 | ||
| 悪魔の山進入 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～悪魔の山 | 青木秀仁 | 森の夜鳴き | |
| タイムカウントイベント（未使用） | 土屋憲一 | 密林…? | |
| 神秘 | 土屋憲一 | ||
| タナトスの塔進入 | 目黒将司 | ||
| ダンジョン～タナトスの塔 | 青木秀仁 | 悪魔、賛えよ | |
| 冴子先生のテーマ | 沖辺美佐紀 | SAEKO | |
| 阿修羅女王登場 | 目黒将司 | ||
| 戦闘～夜の女王 | 土屋憲一 | 夜の女王 ※FIGHT前とFIGHT後の2曲 ※レディスノー戦・レディマスカレード戦 |
アトラス155位 |
| 雪の女王編バッドエンディング1 | 土屋憲一 | ||
| 戻る学校 | 土屋憲一 | ||
| ラストイベント | 土屋憲一 | 静かな刻 | アトラス213位 |
| 雪の女王編グッドエンディング | 土屋憲一 | 回顧•旅立ち | アトラス114位 |
| 雪の女王編バッドエンディング2 | 目黒将司 | ||
| オープニング | 青木秀仁 | ||
| デイドリーム1 | 目黒将司 | ||
| デイドリーム2 | 目黒将司 | ||
| ネームエントリー | 目黒将司 | ||
| エリーのテーマ | 土屋憲一 | エリー | アトラス213位 |
| ダンジョン～学校（放課後） | 土屋憲一 | ||
| 南条のテーマ | 沖辺美佐紀 | NO.1 | |
| 街1平穏 | 土屋憲一 | ||
| ダンジョン～街1商店街（東口） | 目黒将司 | 明るい商店街 | |
| カジノ | 沖辺美佐紀 | ||
| コンビニ | 土屋憲一 | ||
| 街1＆2商店街（西口） | 青木秀仁 | AIAI Shopping | |
| ブティック | 沖辺美佐紀 | ロサカンディーラ | |
| サトミタダシ薬局店のうた | 沖辺美佐紀 | 歌：青木秀仁 | ゲームソング68位 第2回ゲームソング90位 アトラス155位 町曲97位 初代PS70位 |
| ファーストフード | 沖辺美佐紀 | ||
| 千年万年堂 | 沖辺美佐紀 | 仙念蔓年堂 | |
| 医者 | 沖辺美佐紀 | ||
| 戦闘～病院（異変前） | 青木秀仁 | 窓辺の少女 | アトラス91位 |
| 汎用BGM-B | 土屋憲一 | ||
| 戦闘～覚醒 | 土屋憲一 | 神話覚醒 | 第4回274位 第5回415位 第6回543位 第7回236位 第8回825位 第9回852位 第11回752位 第16回799位 第18回804位 アトラス13位 初代PS31位 1990年代86位 |
| ダンジョン～病院（異変後） | 目黒将司 | ||
| 街1異変後 | 土屋憲一 | ||
| 神社（フィレモンの声） | 沖辺美佐紀 | ||
| アガスティアの樹 | 沖辺美佐紀 | ||
| ダンジョン～街1学校（再訪） | 青木秀仁 | モノクロ | |
| 戦闘～中ボス | 土屋憲一 | 死線 ※FIGHT前とFIGHT後の2曲 |
第4回231位 第5回603位 第7回918位 アトラス7位 初代PS181位 |
| 体育館裏の穴 | 沖辺美佐紀 | ||
| ブラウンのテーマ | 沖辺美佐紀 | ブラウン | |
| 戦闘～テッソ | 土屋憲一 | 幼児虐待 ※テッソの機銃前と後の2曲 (テディベア戦ではFIGHTで移行) |
第5回782位 第12回918位 アトラス91位 初代PS265位 |
| アヤセのテーマ | 土屋憲一 | アヤセ | |
| ベルベットルーム | 目黒将司 | 第1回24位(シリーズ) アトラス91位 | |
| ベルベットルーム～合体シーン | 目黒将司 | ||
| セベク編バッドエンディング1 | 沖辺美佐紀 | ||
| 麻希のテーマ～寂しい | 土屋憲一 | ||
| 舞耶のテーマ | 土屋憲一 | ペルソナ2罪より「舞耶・テーマ」 | |
| ダンジョン～その1 | 田崎寿子 | ペルソナ2罪より「ゾディアック」 | |
| フーリッシュボスのテーマ | 黒川真毅 | ペルソナ2罪より「foolishボス」 | |
| サトミタダシ薬局店のうた～俺バージョン | 沖辺美佐紀 | ペルソナ2罪より「サトミタダシ～蓮華台店」 | |
| サトミタダシ薬局店のうた～JAZZバージョン | 田崎寿子 | ペルソナ2罪より「サトミタダシ～青葉店」 |
