| BGM No. | 曲名 | 補足 | 順位 |
| 63 | メインテーマ〜タイトル〜 | タイトル画面 | |
| 2 | 旅立ち | ロード・メニュー画面 | |
| 82 | ダンジョンのテーマ | ハイディア村(3年前)、アルティン鉱山、ルンパ砦 | |
| 58 | 宿敵との邂逅 | サテュロス＆メナーディのテーマ | |
| 56 | 敗北⋯ | 戦闘敗北 | |
| 61 | 月日は流れ | 謎の男＆謎の女戦敗北後のタイトル表示 | |
| 69 | 村のテーマ | ハイディア村、クープアップ村、アルティン村(事件解決後) | GBA102位 |
| 79 | ソル神殿 | ||
| 81 | エレメンタルスター | エレメンタルスターの部屋、灯台頂上 | |
| 60 | アルファ山噴火 | アルファ山噴火、ラスボス戦前イベント | |
| 90 | 遥かな旅路 | フィールド | |
| 92 | 戦闘 | 通常戦闘 | 第2回134位 第6回963位 第7回669位 第14回578位 GBA41位 RPGバトル212位 2000年～2007年169位 第3回任天堂232位 通常戦闘曲40位 |
| 55 | 勝利！ | 戦闘勝利 | |
| 57 | 風のエナジスト | イワンのテーマ | |
| 新たな仲間 | 仲間、ジン加入BGM | ||
| 83 | 洞窟のテーマ | ゴマ山脈の洞窟、イミル滝の洞窟、ハイディアの洞窟など | |
| 72 | 宮殿のテーマ | マッコイ宮殿、ハメット宮殿、バビ宮殿 | |
| 71 | 不穏な気配 | ビリビノの村など、事件が起きた村や町 | |
| 80 | 森のテーマ | コリマの森、モゴル森 | GBA162位 |
| 73 | 悲しみに沈んで | トレトの木、アルティン村(浸水時) | |
| 94 | 強敵との戦い | ボス戦 | |
| レベルアップ！ | |||
| 85 | 最果ての村 | スハーラ村、イミル村 | 2000年～2007年135位 |
| 3 | マーキュリー灯台 | マーキュリー灯台、ヴィーナス灯台前 | |
| 93 | 立ちはだかる宿敵 | サテュロス戦 | 第5回473位 第6回479位 第7回434位 第8回255位 第9回650位 第10回867位 第11回989位 第12回222位 第13回305位 第14回451位 第15回758位 第16回517位 第17回500位 任天堂81位 第2回任天堂99位 第3回任天堂174位 GBA39位 RPGバトル291位 2000年～2007年207位 ボス戦52位 |
| 70 | 町のテーマ | ビリビノの町(事件解決後)、トレビの町(コロッセオ終了後)、ルンパ村など | |
| 戦闘復帰 | |||
| 毒の治療 | |||
| 悪霊払い | |||
| 呪いを解く | |||
| 宿屋で一泊 | |||
| 74 | 寺のテーマ | フーチン寺、シーアン村、ラマ寺 | |
| 84 | 砂漠のテーマ | ラマカン砂漠、スハーラ砂漠 | |
| 75 | 港町のテーマ | カレイの町、船着場 | |
| 89 | 出航！カラゴル海 | 船 | |
| 78 | トレビの町 | トレビの町(コロッセオ前) | |
| 0 | 運試し！ | ジンの説明、トレビの泉、通信対戦ロビー等 | |
| ラッキー！ | |||
| ラッキー！！ | |||
| ラッキー！！！ | |||
| 87 | 迷宮のテーマ | アルタミラ洞窟 | |
| アルタミラに眠る秘宝 | アルタミラ洞窟の謎解きBGM | ||
| 88 | バビのテーマ | ||
| 77 | コロッセオ | コラシアム前、コロッセオ会場 | |
| 76 | コロッセオファイナル | トレトの復活、コロッセオファイナル | |
| 46 | トライアルロード | コロッセオ戦闘 | |
| 45 | うでだめし | 通信対戦、アルティン鉱山の落石イベント | |
| 86 | バビ灯台 | フーチン寺 滝の洞窟、バビ灯台、宝島洞窟 | |
| 91 | ヴィーナス灯台 | 第2回任天堂104位 GBA100位 ダンジョン46位 | |
| 95 | サテュロス＆メナーディ戦 | サテュロス＆メナーディ戦、タロス戦 | |
| 96 | ユニオンドラゴン戦 | ユニオンドラゴン(ラスボス)戦 | |
| 59 | ガルシアの覚悟 | ユニオンドラゴン戦後のイベント | |
| 1 | 開かれし封印〜エンディング〜 | エンディング | |
| 68 | To Be Continued | エンディング(To Be Continued) |
