| BGM No. | 曲名 | 補足 | 順位 |
| 40 | メインテーマ～タイトル～ | タイトル | GBA124位 第2回オープニング254位 |
| 2 | 冒険の再開 | ロード・メニュー画面 前作「旅立ち」と同曲 |
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| 64 | パスワード入力 | ||
| 1 | 前作のあらすじ | ||
| 91 | ヴィーナス灯台 | 前作の同名曲の流用 | |
| 3 | ヴィーナス灯台入口 | 前作「マーキュリー灯台」と同曲 | |
| 47 | 戦闘～ジャスミン～ | 通常戦闘(ジャスミンが前衛、ガルシア、ロビンが後衛時) | GBA199位 第3回任天堂62位 通常戦闘曲180位 |
| 83 | スハーラ先の通行ゲート | 前作「洞窟のテーマ」と同曲 | |
| 90 | 出島 | 前作「遥かな旅路」と同曲 | |
| 39 | 危機 | 流され始める出島、ドゥームドラゴン戦前イベント | |
| 68 | 新たなる物語 | ガルシア、シバ漂着後のタイトルロゴ 前作「To Be Continued」と同曲 |
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| 58 | 迫り来る大波 | 前作「宿敵との邂逅」と同曲 | |
| 42 | 世界を巡る旅 | フィールド | |
| 7 | デリィ村 | デリィ村、インドラ大陸西の小島 | |
| 35 | ジンの使いかた | ジンの説明(通常)、帆船で逃げるパヤヤーム一行 | |
| 新たな仲間 | 仲間、ジン加入BGM 前作の同名曲の流用 |
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| 48 | 戦闘～失われし時代～ | 通常戦闘 | GBA197位 通常戦闘曲261位 |
| 55 | 勝利！ | 戦闘勝利 前作の同名曲の流用 |
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| レベルアップ！ | 前作の同名曲の流用 | ||
| 12 | ガンドラ寺の洞窟 | ガンドラ寺(修行の穴) | |
| 25 | 洞穴のテーマ | 海神様のやしろなど | |
| 86 | デカン高原 | デカン高原、大イースト海北の宝島 前作「バビ灯台」と同曲 |
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| 16 | マドラの町 | マドラの町、ミーカサラ村、オセニア大陸北の小島、ヘスペリア大陸南西の小屋 | |
| 24 | マドラの地下遺跡 | マドラの地下遺跡、アラフラの洞窟、ミーカサラ村地下、ガラパス島の洞窟、小島の洞窟 | |
| 宿屋で一泊 | 前作の同名曲の流用 | ||
| 84 | ヤンピ砂漠 | 前作「砂漠のテーマ」と同曲 | |
| 50 | 強敵との戦い | ボス戦 | |
| 18 | ポピーチー村 | 夜117位 | |
| 22 | エアーズロック | ||
| 5 | アラフラの町 | アラフラの町、ギャンブルダイス | |
| 49 | 強者との戦い | パヤヤーム戦、モアパ戦 | |
| 13 | キボンボ村 | ニリ村、ミング山脈、キボンボ村(儀式後) | |
| 14 | 儀式のテーマ | キボンボ村(儀式時)、ニリ村、ギアナ村の占い | |
| 27 | ガンボマ像内部 | ||
| 87 | ガンボマ像の地下洞窟 | 前作「迷宮のテーマ」と同曲 | |
| 36 | 不穏な気配 | 詰め寄るカースト、ワイズマン登場 | |
| 41 | いざ大海原へ | レムリアの船、フィールド(船上) | |
| 51 | 船上の戦い | 通常戦闘(船上) | |
| 62 | 魔の海 | ||
| 8 | ガラパス島 | ガラパス島、アテカ大陸南西の小島 | |
| 19 | ヤラム村 | ||
| 20 | わらべうた | ジンの説明(京都弁)、わらべ歌 | |
| 32 | タウポ沼 | ||
| 毒の治療 | 前作の同名曲の流用 | ||
| 戦闘復帰 | |||
| 悪霊払い | |||
| 呪いを解く | |||
| 23 | アクアロック | ||
| 謎解き | 謎解きBGM 前作「アルタミラに眠る秘宝」と同曲 |
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| 85 | 最果ての村 | サウスアイランド東の小島、プロクス村(灯台が灯った後) 前作の同名曲の流用 |
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| 31 | サウスアイランドの塔 | 冬・雪・氷195位 | |
| 26 | ガイアロック | ||
| 10 | イズモ村 | イズモ村(オロチ撃破前)、イズモの地下遺跡 | |
| 9 | イズモ村のお祭り | イズモ村(オロチ撃破後) | |
| 33 | アンコール遺跡 | ||
| 6 | チャンパ村 | カンドラ寺、チャンパ村、魔の海の東の小島 | |
| 15 | レムリア | ||
| 72 | レムリアの城 | 前作「宮殿のテーマ」と同曲 | |
| 0 | 運試し！ | レムリアの泉、ふくびきスロット、通信対戦ロビー 前作の同名曲の流用 |
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| 80 | ギアナ村 | ギアナ村、トライアルロード(モアパ戦後) 前作「森のテーマ」と同曲 |
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| 4 | マッチングダイス | ||
| 45 | うでだめし | 通信対戦、マッチングダイス(ボーナスゲーム) 前作の同名曲の流用 |
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| ラッキー！ | 前作の同名曲の流用 | ||
| ラッキー！！ | |||
| ラッキー！！！ | |||
| 79 | アネモス神殿内部 | 前作「ソル神殿」と同曲 | |
| 17 | 島のテーマ | アンガラ大陸南東の小島、クエルト島 | |
| 37 | シャーマン村 | シャーマン村、ロッホ村 | |
| 46 | トライアルロード | トライアルロード、ナヴァンバ一行戦 前作の同名曲の流用 |
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| 28 | ジュピター灯台 | ||
| 60 | 錬金術の開放 | 灯台の火が灯るイベント 前作「アルファ山噴火」と同曲 |
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| 34 | 宿敵との因縁 | カースト＆アガティオのテーマ | |
| 52 | カースト＆アガティオ戦 | ||
| 56 | 敗北⋯ | 戦闘敗北 前作の同名曲の流用 |
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| 74 | ハモとの再会 | ハモ登場イベント 前作「寺のテーマ」と同曲 |
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| 43 | 世界を救う旅 | フィールド(ロビン達と合流後) | フィールド60位 GBA88位 |
| 38 | 孤独と悲しみ | アテカ出発イベント、ラスボス撃破後イベント2 | |
| 92 | 戦闘～開かれし封印～ | 通常戦闘(ロビンが前衛、ガルシアが後衛時) 前作「戦闘」と同曲 |
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| 70 | ゴンドワナ大陸西の小屋 | 前作「町のテーマ」と同曲 | |
| 29 | マグマロック | ||
| 93 | スターマジシャン戦 | 前作「立ちはだかる宿敵」と同曲 | |
| 94 | バルログ戦 | 前作「強敵との戦い」と同曲 | |
| 95 | センチネル戦 | 前作「サテュロス＆メナーディ戦」と同曲 | |
| 96 | デュラハン戦 | 前作「ユニオンドラゴン戦」と同曲 | |
| 59 | ガルシアの帰還 | プロクス村 前作「ガルシアの覚悟」と同曲 |
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| 30 | マーズ灯台 | ||
| 53 | フレイムドラゴン戦 | オロチ戦前イベント、フレイムドラゴン戦 | |
| 54 | ドゥームドラゴン戦 | ドゥームドラゴン戦(ラストバトル) | 第3回583位 第4回261位 第13回704位 第14回534位 ラストバトル160位 GBA74位 |
| 11 | ワイズマンの罠 | ラスボス撃破後イベント1 | |
| 65 | 最後の灯台 | マーズ灯台が灯った後 | |
| 44 | 失われし時代～エンディング～ | エンディング | |
| 81 | 開かれし封印 | アネモス神殿(魔法陣の部屋)、エンディング後イベント(アレクスの企みの末路) 前作「エレメンタルスター」と同曲 |
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| 67 | 消えたハイディア | エンディング後イベント(ハイディア村到着) | |
| 66 | 黄金の太陽～黄昏～ | エンディング後イベント(ハイディア村人登場) | |
| 21 | 未使用曲 |
