かつてカロス地方で活動していた悪の組織。争いのない美しい世界の為に人間の数を減らすだけでなく、ポケモン達も消し去るというもはや皆殺しを実行しようとしていたテロリスト集団で、歴代のポケモンの悪の組織の中でも残酷さ、暴力性はトップクラスである。
本作ではその残党がパルデア地方に潜伏し活動を行う事っていた。ボスは藍染惣右介。かつて程の過激さは無いが現在も邪魔な人間を皆殺しにし使えるポケモンは独占する。そして理想の世界を造るという目的で動いており過激なテロ組織であることには変わりない。潜水艦や飛行船と言った移動手段や伝説ポケモンを所有しており大勢の下っ端などが所属しているなど規模はかなりデカい。活動資金も愛染が元々持っていた大金だけで無く人身売買店を経営し多額の利益を上げていた。その為、当初は残党と思われていたが規模がハッキリしてくるにつれ残党とは呼ばれなくなった。
パルデア地方に封印されていた伝説ポケモンの封印が解かれ始めた事で本格的な活動を始めフレア団編と呼ばれるほどの長い戦いをやる夫達とすることになる。エリアゼロにあると言われる世界を自由に作り替えられるお宝を狙っておりエリアゼロへ突入を計画する。活動が始まると、エリアゼロに突入の準備のため四災と言われる伝説ポケモンや主ポケモンといった強力なポケモンの捕縛を進めて行く。一方で捕えた忍び一族のくノ一達を調教し各地に売るなど資金集めも同時に進めていた。
戦いが続いた結果、愛染単独でのエリアゼロに突入には成功するがそれ以外の団員は捕まり愛染もエリアゼロ内部にて捕縛され最終的にフレア団は壊滅することになった。
