プログラマーで裏の顔がハッカーのトーマス・アンダーソンことネオは謎のメールを送ったモーフィアスを筆頭にトリニティの導きで自分がいた世界がデジタルの仮想世界で現実が自我に目覚めたコンピューターの反乱によって崩壊した世界だと知ったネオは現実世界の平和を取り戻すためにモーフィアスと様々な特訓の末に色々な技を学び、仮想世界のマトリックスでオラクルが2つの運命を予言する中、モーフィアスが仲間の裏切りで現実世界の支配者の1人であるエージェント・スミスに捕らえられ、ネオはトリニティと共にモーフィアスを奪還し、モーフィアスとトリニティは現実世界にある船に戻ることに成功したが、ネオが取り残され逃走の中でエージェント・スミスに阻まれ戦う中、ネオの中に眠ってた救世主の力が覚醒しエージェントらを追い払い、なんとかモーフィアスらの元へと戻ると同時にモーフィアスは追手のロボットを倒す。
現実世界にいたネオは目が覚めトリニティにキスをする。
変わってコンピュータ画面となり、電話の着信音が鳴りネオが会話をする。
ネオ『聞いてるんだろ?俺には感じる。お前たちは恐れてる。俺達の事。変化すること』
コンピュータの羅列の文字になると同時に画面中央に「SYSTEM FAILURE(翻訳字幕：探知システム・エラー)」と表示される。
ネオ『未来はわからない。この戦いの結末を言うつもりはない。言いたいのは、戦いがどう始まる事だ。この電話を切ったら、隠したがってる世界を人々に見せよう。お前たちの存在しない世界だ。そこは規則も支配も境界線もない世界だ。そこでは全てが可能だ。これから先はお前たち次第だ』
変わって都市内。
ネオが公衆電話ボックスの電話でそのメッセージを言い終えた後、ボックスから出てサングラスをかけて、上空を見上げた後、ネオが空を飛んだところで終わる。
(終)
最終更新：2017年11月09日 21:13
