悪魔合体は『真・女神転生』シリーズのキモとも言える部分で、かなり自由度の高いゲームシステムだが、そこにはある程度の制限がある。まず一番分かりやすいのが「レベルによる制限」。これは合体後の悪魔があなたのレベルより高い場合は合体できないというもので、おそらくゲームを遊んでいる最中はよく出くわす場面だろう。
もうひとつは「イベントによる合体制限」。これはある特定のイベントをクリアしていないと合体で造れないという制限だ。日本神話の神々や、ボス悪魔の大部分がこれに該当する。最後の制限は「絶対に造れない悪魔」。ウィルスやワクチンといった特定の種族や、特定のイベント後でしか仲魔にならない悪魔などが若干数ではあるが存在する。このページではこれら制限がある悪魔の紹介と、その制限の解除条件を記載する。
先述したように、日本神話の神々や、ボスとして登場する悪魔などが多く該当する。これらの悪魔は造るのに手間がかかるが、実力が高い傾向にあるため、その苦労に見合うだろう。なおイベントで一時的に仲魔になる悪魔は、イベントクリア後まで外したり合体の材料にすることはできない（ナジャ、スクナヒコナなど）。
将門公の身体を合体させる。助けただけでは合体で造れない。
将門公の身体を合体させる。石化を解く必要がある。助けただけでは合体で造れない。
将門公の身体を合体させる。戦闘で倒して正気を取り戻させただけでは合体で造れない。
強制収容所にいるヒロコを助け出す（ナジャを仲魔にしていなくても可）。
- 大天使サタン（イベントでのみ仲魔になる）
- 魔王ルシファー（イベントでのみ仲魔になる）
- マシン・ウィルス・ワクチン・魔人に属する悪魔すべて
これ以外にもボスとしてでしか登場しない神霊や神将なども、合体で造ることはできない。
