METAL MAX Xeno -滅ぼされざる者たち-
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スーパーコンピューター「ノア」が人類文明を滅ぼそうとした「大破壊」から約1世紀後。
ノアは敗北の間際、「SoNs」に人類を完全に絶滅させる命令を送り、2度目のジェノサイドを開始した。 「SoNs」は瞬く間に人類を圧倒し全てを破壊し始め、いまは砂漠化した旧東京ベイエリア、現在はデストキオと呼ばれる地域で…最後に生き残った集落は「アイアン・ベース」と呼ばれる秘密の地下バンカーを残すのみとなった。
オープニング
タリスは海底トンネルで見つけた戦車『Rウルフ』に乗ってアイアンベースにたどり着いた。
そこで待っていたのはエージェントアンドロイド『ポM』、管理主任の『ダヌンツィオ』、整備士『ジンゴロウ』とそのアルコール依存症の弟子『ヨッキィ』の4名。
タリスは母親とハンターの師匠ジードを殺したモンスターを殺すと誓う。
それに承諾したポMはタリスの腕を見せてもらうためにWANTEDモンスターを退治してほしいと依頼する。
廃墟と化した集落に生存者はいなかったが、タリスは大きなクモのようなSoNとの遭遇を経て、アイアン・タウンの元住人で、死んだと思っていたヨッキィの片思いの相手、トニを救出する。
ヨッキィはトニの生存を知って嬉し泣きする。
翌日、ヨッキィはタリスにトニ救出に感謝し、一緒に生存者を探し、2人は過去にアイアン・タウンに嫌がらせをしていた盗賊団の元リーダー、ディランに出会い、SoNsにハッキングされた戦車から彼を救う。 トニはヨッキィとタリスと合流し、新たな生存者を探すため北へ向かう。
3人は、アポカリプス以前から失われた知識を求めてゲパルド対空戦車で砂漠を彷徨う学者ミサキと出会い、彼らの助けを借りて、地下にある巨大な書籍保管庫の入り口を見つける。 タリスはマリアに協力し、保管庫を包囲していたSoNの一団を壊滅させた後、ミサキとともに本をアイアン・ベースに移し、マリアとミサキは新たに回復したディランとともにアイアン・ベースの新しい住人として加わる。
チームはささやかな祝賀会に集まった。 タリスがいないことに気づいたヨッキィは、タリスを探すために席を外す。 ヨッキィは、タリスの体がほぼ完全にサイバネティックになっていることを発見する。タリスは、ナノボットのおかげで金属製の腕を武器として使えるようになり、体の損傷を素早く回復できるようになったが、その代償としてナノボットによって機械に変えられてしまい、やがて「自分」ではなくなってしまうことを打ち明ける。
タリスはヨッキィに自分の秘密を誰にも漏らさないよう頼むが、それを耳にしたトニは、タリスを心配し彼に思いを寄せ始めていた。 翌朝、ポMは図書館から回収されたデータから、基地をSoNsの攻撃から守る巨大な防衛シールド "シェルブール"の存在を突き止める。 シェルブールはU-トキオと呼ばれる地下組織によって開発されていたが、U-トキオはSoNsから地表のセクターを奪還する作戦に失敗して破壊され、シェルブールは未完成のまま放置され、その部品はデストキオとU-トキオの廃墟に散乱していた。ポMはタリスにシェルブールの部品の回収を依頼する。
捜索を開始した彼らは、タリスの母親を殺し故郷（青森の三沢ベース）を破壊した巨大SoNに遭遇する。 盲目の怒りに駆られたタリスはSoNを攻撃するが大爆風に薙ぎ倒され、アイアン・ベースに連れ戻される。
ポMはSoNに "カタストロプス "というあだ名をつけ、デストキオの他の集落を破壊した張本人であることを突き止めるが、タリスが現在の力で立ち向かうには強大すぎると警告する。
苛立ちを募らせたタリスは、もっと強くなる方法はないかと尋ねる。ネフィリム技術はリバースエンジニアリングしたSoNsのテクノロジーで、通常の兵器よりはるかに強力だ。 シェルブールもネフィリム技術である。ポMはタリスにネフィリム技術の破片を探知する装置を与え、他のネフィリム技術兵器の部品とともにタリスの戦闘を支援する。
シェルブールの部品を求めてU-トキオのトンネルを捜索していたタリスは、保存室で尻尾の生えた少女が浮かんでいるのを発見する。 目を覚ました少女はイティカと名付けられ、タリスと共にアイアン・ベースに戻るが、彼女は前時代に遺伝子操作によって作られた「ミュート」と呼ばれる人間と動物のハイブリッドで、変身能力を持つことが判明する。 シェルブールの部品がすべて集まると、チームはそれを組み立てるために基地に戻る。
トニはタリスに想いを告げるが、ヨッキィのトニへの想いを知っているタリスは傷つけたくないとトニを追い返し、ナノボットによる自分の肉体改造の程度を明かし、自分に残された時間はあまりないと告げ、トニは号泣する。その会話を聞いたヨッキィは、トニがタリスに恋していることを知り、自分に自信が持てず葛藤する。
シェルブールは組み立てられ、テストに成功するが、同時にSoNsの注意を引く。かつてU-トキオが使用していた軍事要塞にカタストロプスの存在を見つけた。ヨッキィとトニは、それぞれマリアとイティカの応援を借りながら、自分たちの気持ちや不安と折り合いをつけ、アイアン・ベースの一同は最後の戦いに備えて気を引き締める。
カタストロプスがアイアン・ベースに向かって進撃していることに気づいたチームは、作戦を練る。シェルブールが配置されたことで、カタストロプスはシェルブールを突破しようとすることを優先し、タリスと彼のチームによる近距離攻撃に無防備な状態になるだろう。 タリスはチームとともに戦線を突破し、後背を突いて遂にカタストロプスを討ち果たす。
戦いの後、ディランははぐれた盗賊団の生き残りたちと再会を果たす。タリスはより多くの生存者を求めて旅立つ。 ヨッキィも彼と合流し、アイアン・ベースの一同から別れを告げられ、彼らがいつでも戻れる故郷であることを約束された後、2人は戦車で出発する。
タリスとヨッキィは先回りしていたトニに出会う。 タリスは微笑み、彼女を迎え入れた。
