ライネック加入タイミングと謎
ライネックはバイストンウェルルートを通ると「オーラロード、再び」クリア後に入手。
地上ルートの場合は第1部で入手できず。
なぜか第3部：銀河決戦篇開始インターミッションで自軍に配備され使用可能となる。
さらに言うと入手しても誰のデフォルト機でもなく、第3部シーン1クリア後にオーラーバトラーがバイストンウェルに全機召喚されるが、ライネックだけは自軍に残る。
地上ルートの場合は第1部で入手できず。
なぜか第3部：銀河決戦篇開始インターミッションで自軍に配備され使用可能となる。
さらに言うと入手しても誰のデフォルト機でもなく、第3部シーン1クリア後にオーラーバトラーがバイストンウェルに全機召喚されるが、ライネックだけは自軍に残る。
コンバトラーＶ レベル増加
初登場マップで全滅するとコンバトラーチームのレベルが36になる。本来は15。
ジンギマークⅡ（キナ コロン）の加入
一部の攻略本では第2部：宇宙激震篇でキナ&コロンをAルートと最終話で2回説得しないと仲間になるフラグがたたないと記載があるが、Bルートを進んだ場合は最終話の1回の説得だけで仲間に加わる。
ライディーンの機体性能低下
第3部でゴッドボイスとゴッドバード（HC）を獲得すると最大ENが-40、運動性が-15される。
実際には会得したステージ内では運動性が下がり、クリア後のインターミッションで最大ENの低下が引き起る。おそらくだが第1部・第2部の性能のライディーンを参照していると思われる。
実際には会得したステージ内では運動性が下がり、クリア後のインターミッションで最大ENの低下が引き起る。おそらくだが第1部・第2部の性能のライディーンを参照していると思われる。
ケンプファーのショットガン
第1部ではハンドガンのようなものだが、第3部ではジャイアントバズのドット絵に置き換わっている（正直どっちも違う）
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ガンダムMk-Ⅱの機体改造段階
第３部の１話でエルが乗るガンダムMk-Ⅱは他の機体とのバランス調整のため、武器が５段階改造されている。
ただし、進め方（引継ぎ)によっては３段階までしか改造されていない場合もある。フラグは未検証。
ただし、進め方（引継ぎ)によっては３段階までしか改造されていない場合もある。フラグは未検証。
機体性能の低いボチューン
第3部「ミレーヌ、再臨」で加入するリムル搭乗のボチューンだが、マーベルやニーのデフォルト機体であるボチューンより運動性が10低い。ちなみに、このステータスは前作の機体性能である。
弱いサンダースマッシュ
バイカンフーの武器攻撃力はケンリュウの武器改造段階を引き継ぐのだが、サンダースマッシュだけ対応する武器がケンリュウに無いため、攻撃力を底上げできない。
第2部では2400、第3部では1900のまま。
第2部では2400、第3部では1900のまま。
キュベレイMkⅡのファンネルの攻撃力の差
プルツー機のファンネルの攻撃力の初期値は2100だがリィナの持ってくるキュベレイMkⅡは2400と300高い。改造するならリィナ機を。
そこまで親睦深くないだろ
「かつての意味」でエクセレンが復帰する際、ジョウとの掛け合いが有るが、ほぼ面識がないはずである。
誤植
第3部のシーン6銀河決戦編「失われた者たちへの鎮魂歌」というサブタイトルだが、
実際には「失われた者ちへの鎮魂歌」と表示されている。「者たちへ」のたが抜けている。
実際には「失われた者ちへの鎮魂歌」と表示されている。「者たちへ」のたが抜けている。
逆襲しそうな人
