| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc 1 ひねもす | |||
| 海を仰ぐ | 土屋暁 | 歌：永倉秀恵 オープニング曲 |
ガスト28位 第2回ガスト101位 第2回ゲームソング337位 |
| 茜、はるか | 中河健 | タイトル画面 | |
| 完全村おこしマニュアル | 阿知波大輔 | チュートリアル | |
| はやて | 阿知波大輔 | 夢の中の戦闘 | ガスト61位 |
| バウムクーヘン | 阿知波大輔 | 工房 | 第5回782位 ガスト12位 第2回ガスト86位 |
| 大発明！ | 阿知波大輔 | ||
| にんじん村一番娘 | 土屋暁 | カロッテ村1 | 第3回269位 第4回211位 第5回78位 第6回117位 第7回69位 第8回246位 第9回236位 第10回549位 第11回320位 第12回284位 第13回385位 第14回301位 第15回484位 第16回702位 第17回381位 第18回839位 ガスト1位 第2回ガスト11位 町曲36位 癒し20位 歴代74位 PS2 84位 2000年～2007年14位 |
| ワインの街 | 中河健 | ファスビンダー | |
| Gothic | 土屋暁 | ハーフェン | |
| はにかみ村 | 阿知波大輔 | ホーニヒドルフ | |
| スー・ザ・マジックブルーム | 土屋暁 | メッテルブルグ | |
| ひぐらし | 阿知波大輔 | 妖精の森 | |
| デニッシュは7コール | 土屋暁 | カロッテ村2 | ガスト22位 第2回ガスト63位 |
| メルヘンカロッテ村 | 中河健 | カロッテ村（キワモノの街） | |
| キューポラしかない街 | 阿知波大輔 | カロッテ村（武装系の街） | |
| 大発見！ | 阿知波大輔 | ||
| 大地、はるか | 中河健 | フィールド曲（通常時） | |
| 風のフォルトーネ for viorate. | 中河健 | フィールド曲（フィンデン王国） | ガスト72位 |
| スミレ空をゆく | 阿知波大輔 | フィールド曲（フライングボード使用時） | |
| トネリコの丘へ | 土屋暁 | 草原、近くの森～南部平原、一角島 | |
| カロッテ村遺跡 | 中河健 | カロッテ村遺跡 | |
| 森の木魂 | 中河健 | 迷いの森～神の食卓、神のいろり、第三叉路 | |
| ヴァッサメローネ | 中河健 | 樹人原、シュペアリーフ | 夏159位 |
| 幻影回廊 | 中河健 | 幻影回廊 | ダンジョン149位 |
| 暗闇を小走りで | 中河健 | テュルキス洞窟 | |
| 大王神の港 | 土屋暁 | ゾーン高原、槍が峰 | ガスト79位 |
| 夕焼け妖精フィロの舞 | 土屋暁 | 深き小妖精の森 | |
| クム・ホヌア | 阿知波大輔 | ヴィスコー川流域 | |
| 秘密の通り道 | 中河健 | 大貫道 | |
| イザレヤ | 土屋暁 | ヴェストリヒナーベル上層 | ダンジョン346位 |
| 足音 | 中河健 | ヴェストリヒナーベル下層 | |
| 星河 | 阿知波大輔 | 通常戦闘曲 | |
| 疾風 | 阿知波大輔 | ダンジョン内での戦闘曲 | 第3回200位 第4回704位 第5回329位 第6回336位 第7回361位 第8回423位 第9回985位 第10回883位 第11回490位 第13回811位 第16回742位 ガスト9位 第2回ガスト42位 ピアノ95位 RPGバトル112位 PS2 24位 2000年～2007年54位 通常戦闘曲143位 |
| 大勝利！ | 阿知波大輔 | 戦闘勝利時 | |
| Disc 2 ことだま | |||
| 兄 | 中河健 | バルトロメウスのテーマ | |
| ニンジン村の騎士 | 中河健 | ロードフリートのテーマ | |
| これだから田舎者は | 中河健 | ブリギットのテーマ | |
| 懸賞に賭けられた娘 | 中河健 | クラーラのテーマ | |
| 異国の錬金術士 | 中河健 | アイゼルのテーマ | |
| マスター | 中河健 | ザビットのテーマ | |
| 酒娘 | 中河健 | ミーフィスのテーマ | |
| 陽気な鍛冶屋 | 中河健 | ダスティンのテーマ | |
| 誇りと名誉と | 中河健 | ローラントのテーマ | |
| 異国の女騎士 | 中河健 | カタリーナのテーマ | |
| 幽霊少女 for viorate. | 中河健 | パメラのテーマ | |
| 小さな勇者 | 中河健 | パウルのテーマ | |
| おやすみなさい！ | 中河健 | 酒場の宿 | |
| 虹蛇 | 阿知波大輔 | 強敵との戦闘曲 | RPGバトル409位 第2回ガスト126位 |
| 散歩する帆船 | 阿知波大輔 | 神の浮き舟戦 | |
| 海妖 | 阿知波大輔 | メイアフラウ戦 | |
| 出番だ先生 | 阿知波大輔 | 究極の用心棒戦 | |
| 超音速ハイドロナマズの午後 | 阿知波大輔 | エアトシャッター戦 | |
| いらっしゃいませ！ | 中河健 | お店 | |
| 行進曲「光沢」 | 阿知波大輔 | オイゲン（村長）のテーマ | |
| スタート！ | 阿知波大輔 | オークション開始 | |
| 競り落とせ! | 阿知波大輔 | オークションの競り | |
| 終了！ | 阿知波大輔 | オークション終了 | |
| いつの間にかファンファーレ | 中河健 | ||
| 秘密のレシピ | 中河健 | イベント曲 | |
| ことの次第 | 中河健 | イベント曲 | |
| ドタ！ | 中河健 | イベント曲 | |
| ショック！ | 中河健 | イベント曲 | |
| ヴィオと愉快な仲間たち | 中河健 | イベント曲 | |
| 思い出 | 中河健 | イベント曲 | |
| オバケ！ | 中河健 | イベント曲 | |
| パニック！ | 中河健 | イベント曲 | |
| 憂鬱 | 中河健 | イベント曲 | |
| 泥舟はカロッテ村に沈む | 中河健 | バッドエンディング | |
| 茜、はるか（オルゴール） | 中河健 | エンディング直前 | |
| それぞれの道 | 阿知波大輔 | エンディング直前 | |
| 優しいとき | 中河健 | イベント曲 | |
| 錬金術とは… | 土屋暁 | エンディング | |
| この青い空の下 | 永倉秀恵 | エンディング | |
| 群青の思い出 追加曲 | |||
| 冷やかしおことわり | 阿知波大輔 | ナナミのテーマ | |
| 時詠みの少女（ヴィオバージョン） | 阿知波大輔 | スフィアのテーマ ユーディーのアトリエ「時詠みの少女」のアレンジ |
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| 瑠璃の記憶 | 阿知波大輔 | ラピスのテーマ | |
| ゼンマイ式しあわせクロック | 柳川和樹 | 歌：花澤香菜 エンディング（スフィア） |
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| celestial ark | 阿知波大輔 | 歌：真理絵 エンディング（スフィア＆ラピス） |
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| 予約特典『Atelier Best』収録新曲 | |||
| 好きだった絵本(remix) | 阿知波大輔 | マリーのアトリエより | |
| 悲しき吸血鬼(remix) | 山西利治 | エリーのアトリエより | |
| プラスバトル | リリーのアトリエ プラスより | ||
| 未収録曲 | |||
| STAGE | 作：イズミカワソラ 編：林有三 |
歌：飯塚雅弓 トゥルーエンディング(PS2) |
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