| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 最後の時間旅行のテーマ | 西浦智仁 | メインテーマ | 第7回832位 第8回762位 第9回695位 第10回498位 第11回437位 第12回660位 第13回375位 第14回267位 第15回505位 NDS76位 |
| 謎3 | |||
| ロンドン2 | |||
| 手がかりを求め | |||
| 緊迫 | |||
| ロンドン3 | |||
| 穏やかな町 | |||
| カジノナンバー7 | |||
| 悲しみの中 | |||
| 不審 | |||
| アジアンストリート | アジアンストリート | ||
| ナゾバトル | |||
| 記憶とともに | |||
| 六角塔 | 六角塔内部 | ||
| 教授の推理 | |||
| ピンチ！ | |||
| 科学研究所 | 科学研究所内部 | ||
| 謎4 | |||
| 巨大兵器 | |||
| 教授のカバン（絵本） | ミニゲーム 「ふしぎなえほん」 |
||
| 教授のカバン（ミニカー） | ミニゲーム 「おもちゃのくるま」 |
||
| 教授のカバン（パロちゃん） | ミニゲーム 「おしゃべりオウム」 |
||
| 時間旅行 ～ピアノver.～（Instrumental） | アン・サリー | ||
| 時間旅行 | 歌：アン・サリー 主題歌（サントラ未収録） |
エンディング217位 第2回エンディング171位 第2回ゲームソング316位 第3回ゲームソング132位 泣き曲169位 NDS119位 | |
| ロンドン3 | ボーナストラック | ||
| 科学研究所 | |||
| 巨大兵器 | |||
| 六角塔 | |||
| 教授のカバン（ミニカー） |
