| 曲名 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | ||
| Prologue | ||
| Opening | オープニングクレジット | |
| Battle | 通常戦闘・ボス戦 | RPGバトル409位 第2回マイナーゲーム29位 PS2 207位 2000年～2007年192位 ゼノ30位 |
| 戦闘終了 | ||
| 起動試験 | KOS-MOS起動試験 | |
| 想いで | 回想シーン | |
| Gnosis | グノーシス関連イベント | ゼノ96位 |
| 覚醒 | KOS-MOS起動ムービー | |
| シオンの危機 | ||
| 戦闘するKOS-MOS | KOS-MOS登場イベント | ゼノ90位 |
| 哀しみ | ||
| Life or Death | 緊急事態時のフィールド | |
| Game Over | ||
| Margulis | マーグリスのテーマ | |
| 追われる宇宙艇 | ||
| Relief | ||
| 日常 | ゼノ72位 | |
| U.M.N.MODE | U,M,Nメニュー | |
| Durandal | ||
| 敵艇内への侵攻 | ||
| U-TIC機関 | ||
| 心を閉ざした少女 | ||
| Kookai Foundation | クーカイファウンデーション到着時ムービー | |
| Shion ～過去の記憶～ | ||
| Dis2 | ||
| Ormus | プロレマ内部の聖堂で一部が流れる | |
| Nephilim | ネピリム関連イベント | |
| 温もり | 再発版では生演奏に差し替え | |
| 不安 | ||
| The Resurrection | ||
| 虚無の浜辺 | 再発版では生演奏に差し替え | |
| Green Sleeves | イギリス民謡のアレンジ 再発版では生演奏に差し替え |
|
| Zarathustra | ||
| KOS-MOS | 劇中未使用 | |
| Panic | ||
| Song of Nephilim | ネピリムの歌声 | |
| The Miracle | 相転移砲使用ムービー | |
| Inner Space | 天の車内部 | |
| Albedo | アルベドのイベント | |
| Ω | 曙光登場ムービー | |
| Proto Merkabah | 天の車出現イベント | |
| Last Battle | ソフィ・ピステス戦 | ラストバトル287位 ゼノ102位 |
| Pain | エンディングムービー 挿入歌 歌：Joanne Hogg |
ゼノ69位 |
| Escape | エンディングムービー | |
| Kokoro | エンディングテーマ 歌：Joanne Hogg | ゼノ62位 |
| Shion ～想い～ | ||
| 再発版のみ収録 | ||
| World to be Born | 劇中未使用 | |
| Pain -piano version- | 新録 | |
