| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc 1 | |||
| From the End -The 3rd Birthday- | 関戸剛 | タイトル | |
| The Babel : Genesis | 下村陽子 | プロローグ | |
| Investigation of the Past | 鈴木光人 | Episode 0 冒頭ムービー |
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| Beginning of Breeding | 鈴木光人 | Episode 0 道中（途中から通常戦闘） |
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| Joy to the World -for The 3rd Birthday- | 編：鈴木光人 | 各Episode冒頭ムービーなど 「Joy to the World」のアレンジ |
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| Flashback | 鈴木光人 | Episode 1 アヤの悪夢 |
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| Dive into Myself | 鈴木光人 | アヤの回想シーン | |
| Wait for the Combustion | 鈴木光人 | CTI・オーバーダイブルーム | |
| Brave New World | 鈴木光人 | Episode 1 ライブムービー |
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| Contact, Freeze, Explode | 下村陽子 | Episode 1 ツイステッド襲撃ムービー |
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| Unknown Unknown | 下村陽子 | Episode 1 ヘリックス戦 |
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| Equinox of Insanity | 鈴木光人 | Episode 1 道中 |
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| Insanity of the Enraged | 下村陽子 | Episode 1 通常戦闘 |
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| Reaper | 鈴木光人 | リーパー戦 | |
| Moment of Humanity | 鈴木光人 | Episode 1 補給ポイント |
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| Bloody Black | 関戸剛 | Episode 1 UNKNOWN戦 |
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| Frozen Time | 鈴木光人 | Episode 1 UNKNOWN戦後ムービー |
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| The Boss | 鈴木光人 | Episode 1 ボス登場シーン |
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| Arriving Home | 鈴木光人 | ||
| Angel's Time | 鈴木光人・関戸剛 | CTI・ロッカールーム | |
| Dive into Myself -Deep Inside- | 鈴木光人 | アヤの回想シーン | |
| dayDreamer | 関戸剛 | CTI・銃器保管室 | |
| Light of Time | 鈴木光人 | CTI・バトルシミュレータ | |
| Disc 2 | |||
| Memory II -for The 3rd Birthday- | 作：下村陽子 編：鈴木光人 |
CTI・屋上 1作目より「Memory II」のアレンジ |
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| Ruin | 鈴木光人 | Episode 2 道中 |
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| Arise within You -for The 3rd Birthday- | 下村陽子 | Episode 2 通常戦闘 1作目より「Arise within You」のアレンジ |
PSP174位 |
| Moment of Silence | 鈴木光人 | Episode 2 補給ポイント |
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| Time of Insanity | 関戸剛 | Episode 2 オーブ破壊イベント Episode 3 ローバー連戦 Episode 5 通常戦闘 |
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| Queen | 鈴木光人 | Episode 2 Queen戦 |
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| Cloud of Aureolin | 鈴木光人 | Episode 2 Gabriel Monsigny戦 |
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| Girl in the Dream | 鈴木光人 | Episode 2 アヤの回想 |
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| Unforgettable Man | 鈴木光人 | Episode 2 カイル登場ムービー |
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| Out of Phase -for The 3rd Birthday- | 作：下村陽子 編：鈴木光人 |
1作目より「Out of Phase」のアレンジ | |
| Dive into the Cause | 鈴木光人 | Episode 3 道中 |
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| Pain of Assault | 下村陽子 | Episode 3 通常戦闘 |
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| Human seeker | 鈴木光人 | ディテクター登場時 | |
| Human seeker -Battle Side- | 鈴木光人 | ローバー戦 | |
| Uncontrol | 鈴木光人 | Episode 3 列車上 |
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| Monodrama | 鈴木光人 | Episode 3 クレイ登場ムービー |
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| Crossing Time, Crossing Mind | 鈴木光人 | Episode 2 Episode 3 クレイ関連ムービー |
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| Dr.Maeda (or How I Learned to Start Loving DNA) | 鈴木光人 | Episode 4 Episode 5 冒頭ムービー |
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| End of the Investigation | 鈴木光人 | Episode 4 回想ムービー |
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| Worm | 関戸剛 | Episode 4 ワーム戦 |
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| Fright Night | 鈴木光人 | Episode 4 道中 |
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| Desperation | 鈴木光人・関戸剛 | Episode 4 通常戦闘 |
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| Ray of Hope | 関戸剛 | Episode 4 増援到着時戦闘 |
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| Triumph of Wing | 関戸剛 | Episode 4 空中戦 |
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| Cityscapes | 鈴木光人 | Episode 4 空中戦続き |
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| Crimson Eyes | 関戸剛 | Episode 4 Kyle Madigan戦 |
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| Unforgettable Man -Return to Me- | 鈴木光人 | Episode 4 Kyle Madigan戦後ムービー |
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| Disc 3 | |||
| King of Closing Time | 鈴木光人 | Episode 4 Episode 5 The Last Episode ハイド関連ムービー |
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| A Piece of Remain -for The 3rd Birthday- | 作：下村陽子 編：鈴木光人 |
マエダハウス 1作目より「A Piece of Remain」のアレンジ |
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| The Way Things Are | 鈴木光人 | Episode 5 道中 |
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| Into the Babel | 鈴木光人 | Episode 5 バベル内部（途中から通常戦闘） |
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| Escape from UB -for The 3rd Birthday- | 作：下村陽子 編：鈴木光人・関戸剛 |
Episode 5 リーパー戦 1作目より「Escape from U.B.」のアレンジ |
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| Terminus Zero | 鈴木光人 | Episode 5 Hyde Bohr戦 |
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| Immortality of Time | 鈴木光人 | The Last Episode Hyde Bohr戦 |
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| Blue of the End | 下村陽子 | The Last Episode ラストバトル |
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| Dive into Myself -Changing to...- | 鈴木光人 | The Last Episode アヤの回想シーン |
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| "Wachet auf, ruft uns der Zeitpunkt Null ※""Based on a cantata BWV140 by J.S. Bach"" | 下村陽子 | The Last Episode エンディングムービー 1作目よりバッハの「目覚めよと呼ぶ声が聞こえ」のアレンジ |
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| The End -Back to the Beginning- | 下村陽子・成田勤 | 前半部・エンディングムービー 後半部・スタッフロール後半 1作目より「Main Theme」のアレンジを含む |
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| Come Again to Christmas | 鈴木光人・関戸剛 | 追加ムービー | |
| Screaming | 鈴木光人 | ||
| Primal Eyes -for The 3rd Birthday- | 下村陽子 | オープニングムービー | PSP142位 |
| Brea the Brave | 下村陽子 | ||
| Theme of Aya -The 3rd Birthday Early Essence Arrange- | 下村陽子 | ||
| サウンドトラック未収録 | |||
| Eyes On Me | 多保孝一 | スタッフロール前半 歌：Superfly |
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