| 曲名 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | ||
| Forbidden Power (Theme for Aya) | タイトルデモムービー 前作「Primal Eyes」アレンジ |
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| MIST | MIST本部 前作「Out of Phase」アレンジ |
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| Aya Again | アクロポリスタワー到着時ムービー | |
| Don't Move! | エレベーターから銃を構えて出るシーン | |
| Nightmare in the Battlefield | アクロポリスタワー：SQUARE初進入時 | |
| Deadly Calm | アクロポリスタワー | |
| The First Encounter | カフェテリア前での初戦闘 | 第3回スクエニ290位 |
| Tower Rendezvous | カフェテリア | |
| Metamorphosis | ANMC変身ムービー | |
| Watch Out! | ルパート登場後のアクロポリスタワー | |
| Ambush! | アクロポリスタワー通常戦闘 | |
| What the Hell Happened? | ルパート救出後のアクロポリスタワー | |
| Do Something! | 爆弾発見後のアクロポリスタワー | |
| Weird Man | ヘリポートでのキングゴーレムNo.9戦 | |
| Return to the Base | 2日目冒頭のMIST本部 | |
| Ghost Town | ドライフィールド | |
| Hunt in Dryfield | ドライフィールド通常戦闘 | |
| Don't Shoot! | ダグラスに銃を向けられるAya | |
| Douglas' Blues | ガレージでのダグラスとの初対面シーン | |
| Water Tower | 給水塔でのカイルとの初対面シーン | |
| Hiding Place | ダグラスのハウストレーラー | |
| Dryfield | 悲鳴を聞いた後のドライフィールド | |
| The Bottom of the Well | ドライフィールド地下 | |
| Stealth Assault | 夜間のドライフィールド通常戦闘など | |
| Heaven-sent Killer | 廃屋でのキングゴーレムNo.9戦 | |
| The Depth of Aya's Memory | No.9戦後のカイルとの再会 | |
| From Dusk Till Dawn | 夜間のドライフィールド | |
| Vagrants | サルーンG&Rでのカイルとの会話 | |
| Dark Field | ロビーの鍵入手後の夜間のドライフィールド | |
| Gigantic Burner | バーナー戦 | |
| Douglas' Grief | ||
| Disc2 | ||
| Voice of Mitochondria | ガレージでのカイルとの会話 | |
| Pick Up The Gauntlet | 廃坑前でのデザートチェイサー戦 | |
| Abandoned Mine | 廃坑 | |
| Into the Shelter | シェルター内部 | |
| Wipe Out the Creatures | シェルター内部通常戦闘 | |
| Hold Your Breath | 消毒室イベントなど | |
| Crawling Waste Emperor | グラトン戦前半 | |
| Chase | グラトン戦後半 | |
| A Sigh of Relief | グラトン戦後のカイルとの会話 | |
| Passing Through the Sewer,You'll Find… | シェルター：下水道 | |
| Battle On the Waterside | ダイバー系ANMC通常戦闘 | |
| Inner Part of the Shelter | シェルター：研究室など | |
| Innermost of the Shelter | シャンバラ発見後のシェルター | |
| Negative Heritage | シャンバラ進入直前のホワイトハウスのシーン | |
| Man Made Nature | シャンバラ：遊歩道 | |
| Ark | シャンバラ：密林など | |
| Fool's Paradise | シャンバラ：ピラミッドなど | |
| Mitochondria Reactor | シャンバラ：発電所 | |
| Mental Deranger | シェルター地下6階 | |
| Stalker | スティンガー系ANMC通常戦闘 | |
| Cruelty of Eve's Fate | 育児室でのEveとの対面シーン | |
| Killing Field | 育児室脱出後のシャンバラ | |
| Golem Soldiers | Eveがさらわれた後のシャンバラ | |
| Prestige of the Nation | シェルター脱出後のホワイトハウスのシーン | |
| Intrusion | 再進入後のシェルター | |
| Brace Yourself | リアクター戦直前 | |
| Brahman | リアクター戦 | |
| Distorted Evolution | セーバー戦 | 第3回スクエニ264位 |
| Logic of the Superpower | エンディング：ホワイトハウス | |
| Aya's Diary | グッドエンディング：後日談 | |
| Epilogue | グッドエンディング：ムービー | |
| Gentle Rays | エンディング：スタッフロール | 第5回986位 エンディング217位 |
| Weird Man - Delete-core Mix | ゲーム未収録曲 | |
| Hiding Place - Comfortable Mix | ||
| OMAKE | ||
| サントラ未収録 | ||
| Opening | オープニングムービー | |
| Tracking! | ヘリポートでのキングゴーレムNo.9戦戦直後 | |
| Game Over | ゲームオーバー | |
