| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトル（飛べ飛べアトム） | 金子剛 | テーマソング・歌詞つき 作詞:岡野哲 |
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| データセレクト | |||
| チュートリアル | |||
| アトムハート入手 | |||
| パワーアップセレクト | |||
| ステージセレクト | 会話シーンでも流れる | ||
| メトロシティ | ステージ1 | ||
| 中ボス戦 | クモロボット戦など | ||
| ボス戦 | ジオワーム戦・人口太陽戦など | ||
| 天馬ハカセのテーマ | 泣き曲184位 | ||
| 十字架島：上空 | ステージ2 | ||
| ワンダースリー戦 | |||
| 十字架島：地上 | ステージ2 | ||
| 十字架島：地下遺跡 | ステージ2 | ||
| ビッグＸ戦 | |||
| プーク戦 | |||
| 月面プラント | ステージ3 | ||
| アトラス戦 | |||
| 就任式 | |||
| 南極 | ステージ4 | ||
| マリンエクスプレス | ステージ5 | ||
| ムー帝国 | ステージ6 | ||
| シャラク戦 | |||
| 地上最強のロボット | ステージ7 | ||
| プルートゥ戦 | 青騎士戦・ガロン戦でも流れる | ||
| バッドエンディング | 誕生編のスタッフロール | ||
| 火の鳥のテーマ | |||
| ボスラッシュ | ステージ8・前半のボスラッシュ | ||
| 地球最大の冒険 | ステージ8・後半の太陽突入ステージ ガンスターヒーローズのエンディングのアレンジ |
GBA59位 | |
| エンディング | 復活編のスタッフロール |
