| Disc1 | ||||
| 曲名(サントラ表記) | 曲名(ゲーム内表記) | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| RedEyes | 調査1 | |||
| OPENING | ムービー「オープニング」 | |||
| Acceleration | 緊迫1 | |||
| Scared | 小杉のテーマ | |||
| Corner | 危険1 | |||
| Roar | 木之下のテーマ | |||
| For the truth | 調査5 | |||
| Inference | 思考1 | |||
| Sadness | 悲しみ1 | |||
| Cloudy Skies | 緊迫2 | |||
| End and Start | 解決2 | |||
| NAZONO-JIKENBO | 謎じけのテーマ | |||
| Question | 謎じけ問題編 | |||
| Failure | F.B団のテーマ | |||
| F.B gang | 謎じけ失敗編 | |||
| 神宮寺メドレー | 『夢の終わりに』付属「10周年記念CD」より | |||
| Disc2 | ||||
| Chase | 調査2の2 | 『横浜港連続殺人事件』 「Chase in Yokohama」のアレンジ |
NDS314位 | |
| Pursuit | 調査2の1 | 『横浜港連続殺人事件』 「Pursuit in Yokohama」のアレンジ |
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| Sea breeze | 解決1 | 『横浜港連続殺人事件』 「Sea breeze in Yokohama」のアレンジ |
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| Dark way | 緊迫3 | 『危険な二人』同名曲のアレンジ | ||
| A faraway journey | 調査3 | |||
| Perilous men | 危険2 | |||
| Eye catch 1 | 回想SE | |||
| Past mystery | 調査4 | 『時の過ぎゆくままに』同名曲のアレンジ | ||
| Gray brains | 思考2 | |||
| Suffering | 悲しみ2 | |||
| Eye catch 2 | 章開始SE | |||
| Mischievous | 和香のテーマ | |||
| Tragic | 悲しみ3 | |||
| 第一作「新宿中央公園殺人事件」メドレー | 『夢の終わりに』サウンドトラックより | |||
| 第二作「横浜港連続殺人事件」メドレー | ||||
| 第三作「危険な二人」メドレー | ||||
| 第四作「時の過ぎゆくままに」メドレー | ||||
