| 曲名 | 作曲者 | 補足 | 順位 |
| Title II | Chicken Mob、山田一法 | タイトル画面 | |
| For Endless Fight II | 山田一法 | オープニング | |
| Departure | 山田一法 | 砂の荒野 | 第2回128位 第4回156位 第6回524位 第7回913位 第8回572位 第9回453位 第14回456位 第15回944位 第16回255位 横スクロール24位 GBA18位 一面17位 2000年～2007年46位 砂漠・荒野13位 |
| Guarder Room | 山田一法 | ボス戦前 前作のBGM | |
| Crash II | 山田一法 | VSメガ・スコルピア,中ボス | |
| Result of Mission II | 山田一法 | ミッションリザルト | |
| X, The Legend | 山田一法 | 四天王のテーマ 前作のBGM | |
| Resistance Force | 梅垣留奈 | ||
| Momentary Peace | 梅垣留奈 | レジスタンスベース | |
| Labo | 梅垣留奈 | シエルの部屋 | |
| Red Time - 2 Player Mode Edit - | Chicken Mob | ※ゼロ＆ゼクス サウンドBOX未収録 通信対戦モード |
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| Instructions | 梅垣留奈 | レジスタンスベース司令室 | |
| Sand Triangle | 栗原務、Chicken Mob | デュシスの森 | |
| Strong Will | 梅垣留奈 | ボス戦 | |
| Imminent Storm - Uneasy arrange - | 梅垣留奈、山田一法 | イベントシーン | |
| Ice Brain | 鈴木マサキ | コンピュータ施設の入り口 | 横スクロール45位 冬・雪・氷67位 GBA172位 |
| Gravity | 鈴木マサキ | 動力炉 | |
| Platinum | Chicken Mob | ネオ・アルカディアの列車 | |
| Neo Arcadia II | 山田一法 | ネオ・アルカディアの居住区 ネオ・アルカディアの神殿前 |
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| Power Bom | 鈴木マサキ | 爆撃機 | |
| Uneasy | 梅垣留奈 | 爆弾解除イベント | |
| Spreading Darkness | 山田一法 | ||
| Cool Water | 鈴木マサキ | コンピュータ施設の屋根 | 夜216位 |
| Passionate | 鈴木マサキ | 輸送機工場 | |
| Flash Back | 鈴木マサキ | クリスタルの洞窟 | |
| Combustion | Chicken Mob、山田一法 | エルピスのテーマ | |
| Melt Down | 鈴木マサキ | 炎の神殿 | |
| Cool Hearted Fellow | 鈴木マサキ | 氷の神殿 | |
| The Cloudy Stone | Chicken Mob | 風の神殿 | |
| Harpuia | 山田一法 | 2回目ハルピュイア戦前 | |
| The End of Legend | 山田一法 | 前作のBGM | |
| Silver Wolf - Yggr-drasill - | 梅垣留奈 | ユグドラシル | |
| Supreme Ruler | 鈴木マサキ | VSエルピス(第1形態) | ラストバトル287位 |
| Darkelf | 梅垣留奈、山田一法 | ダークエルフのテーマ | |
| Cyberelf | 山田一法 | ||
| The Last - The Wish Punished - | 梅垣留奈 | VSエルピス(第2形態) | |
| In Mother's Light | 山田一法 | ラスボス撃破後 | |
| Awakening Will | 山田一法 | スタッフロール | エンディング145位 GBA160位 |
| リマスタートラックのみ収録 | |||
| Mark of Justice - Resistance Anthem -(Ex track) | 梅垣留奈 | コーラス:駿河台倶楽部 「Resistance Force」ボーカルアレンジ |
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| L'oiseau du bonheur (Ex track) | 梅垣留奈 | 歌:シエル(田中理恵) 「Labo」ボーカルアレンジ |
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| Red Time (Ex track) | Chicken Mob | ||
| Clover (Ex track) | 山田一法 | 歌:糸賀徹 「Awakening Will」ボーカルアレンジ |
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