| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Title III | 山田一法 | タイトル画面 | |
| Neo Arcadia March | 山田一法 | ゲーム開始時 | |
| Forbidden Ark | 山田一法 | ||
| Break Out | 山田一法 | 壊れた宇宙船 | |
| Darkness over World | 山田一法 | イベントシーン | |
| X, The Legend | 山田一法 | 1作目のBGM | |
| Guarder Room | 山田一法 | 1作目のBGM | |
| Exiled One -Omega- | 山田一法 | オメガのテーマ | |
| Omega Battle | 山田一法 | VSオメガ(第1形態) | |
| Curse of Vile | 山田一法 | Dr.バイルのテーマ | |
| Result of Mission III | 山田一法 | ミッションリザルト画面 | |
| Prismatic | 山田一法 | レジスタンスベース司令部 | |
| Visor Eyes | 山田一法 | ミッション説明シーン | |
| Volcano | 鈴木マサキ | アグニス火山の基地 | |
| Water City | 鈴木マサキ | 海上のハイウェイ跡地 | 横スクロール136位 |
| Reborn Mechanics | 山田一法 | 兵器再生工場 | |
| Old Life Space | 鈴木マサキ | 旧居住区 | |
| Creer and Prier | 山田一法 | クリエとプリエのテーマ | |
| Crash III | 山田一法 | 中ボス戦 | |
| Final Count Down | 山田一法 | ミサイル工場前半 | |
| Omega Missile | 山田一法 | ミサイル工場後半 | |
| Darkelf -Arrange- | 梅垣ルナ、山田一法 | ダークエルフのテーマ | |
| For Endless Fight III | 山田一法 | 夕闇の砂漠 | |
| Sand Triangle II | 栗原務、山田一法 | アナトレーの森 | |
| Infiltration II | 山田一法 | 氷の前線基地 | |
| Neo Arcadia III | 山田一法 | エリアX-2 | |
| Cold Smile | 山田一法 | エネルギー施設 | |
| Trail on Powdery Snow | 山田一法 | 雪原 | 横スクロール48位 冬・雪・氷160位 GBA145位 |
| Submerged Memory | 山田一法 | 水没した図書館 | |
| High-Speed Lift | 山田一法 | 巨大エレベーター | |
| Hell's Gate Open | 山田一法 | アンダー・アルカディア | |
| Scrapped Beat | 友澤眞、山田一法 | ボス戦 | ボス戦240位 |
| Judgement Day | 山田一法 | VSオメガ(第2形態) | |
| Return to Zero | 山田一法 | ||
| Apocalypse Now | 山田一法 | オメガ本体出現 | |
| Cannon Ball | 山田一法 | VSオメガ(第3形態) | 第6回351位 第7回461位 第8回445位 第9回809位 第10回757位 第11回409位 第12回829位 第13回947位 第14回437位 第15回523位 第16回570位 第18回452位 ラストバトル160位 第2回ラストバトル121位 GBA36位 2000年～2007年133位 |
| I, 0 Your Fellow | 山田一法 | ||
| Everlasting Red | 山田一法 | スタッフロール | |
| Labo -System-a-Ciel- | 梅垣ルナ |
