| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 | |
| Disc1 | ||||
| 一 | タイトル | 上田雅美 | タイトル | |
| 二 | タイトルコール | 上田雅美 | タイトルコール | |
| 三 | 始まり | 上田雅美 | プロローグ開始 | |
| 四 | プロローグ | 上田雅美 | イザナギ神話 | |
| 五 | 悪巧み | 上田雅美 | プロローグ後半 | |
| 六 | ヤマタノオロチ復活 | 上田雅美 | ||
| 七 | 大神アマテラス復活 | 上田雅美 | ||
| 八 | オイラのテーマ | 山口裕史 | イッスンのテーマ、ポンコタン | |
| 九 | 呪い | 上田雅美 | 神木村（プロローグ直後） | |
| 十 | イザナギ窟 | 上田雅美 | イザナギ窟 | |
| 十一 | 星空を見上げる | 上田雅美 | 筆神の星座イベント | |
| 十二 | 星座（画龍） | 山口裕史 | 筆しらべ発動時（星座） | |
| 十三 | 星座完成 | 上田雅美 | 筆神の星座完成 | |
| 十四 | 筆神登場 | 上田雅美 | 筆神登場 | |
| 十五 | 筆神との会話 | 山口裕史 | 筆神との会話 | |
| 十六 | 筆しらべ | 山口裕史 | 筆しらべ発動時 | |
| 十七 | 画龍成功 | 山口裕史 | 筆しらべ「画龍」成功 | |
| 十八 | 神隠し | 上田雅美 | 神木村イザナギ窟入口 | |
| 十九 | 神木村復活 | 山口裕史 | 神木村復活時 | |
| 二十 | ミカン爺登場 | 山口裕史 | ミカン爺のテーマ | |
| 二十一 | 物の怪の気配 | 上田雅美 | 物の怪の気配 | |
| 二十二 | 妖怪退治 | 上田雅美 | 通常戦闘 | 通常戦闘曲61位 |
| 二十三 | 戦闘評価（神） | 上田雅美 | 戦闘評価（神） | |
| 二十四 | 神木村 其の一 | 上田雅美 | 神木村 | |
| 二十五 | 神木村 其の二 | 上田雅美 | 癒し119位 | |
| 二十六 | ここ掘れワンワン | 上田雅美 | 大根掘り | |
| 二十七 | 変な形の大根 | 上田雅美 | 大根掘り10本目 | |
| 二十八 | 修行をサボるスサノオ | 上田雅美 | スサノオのテーマ | |
| 二十九 | スサノオを乗せる | 上田雅美 | スサノオを乗せて移動 | |
| 三十 | エサをお食べ | 上田雅美 | えさをやる | |
| 三十一 | スサノオの鍛錬 | 上田雅美 | 鍛錬ミニゲーム | |
| 三十二 | スサノオ焦る | 上田雅美 | スサノオの大岩突撃時 | |
| 三十三 | 大岩斬り成功 | 上田雅美 | スサノオのミニゲーム成功 | |
| 三十四 | 呪われた神州平原 其の一 | 上田雅美 | タタリ場発生時 | 和風289位 |
| 三十五 | 呪われた神州平原 其の二 | 上田雅美 | ||
| 三十六 | 呪われた花咲谷 | 山口裕史 | タタリ場発生時（花咲谷）・風神宮 | |
| 三十七 | 天邪鬼の宴 | 上田雅美 | 花咲谷の天邪鬼の宴 | |
| 三十八 | ネムリのテーマ | 上田雅美 | ネムリのテーマ | |
| 三十九 | 張り切るスサノオ 前半 | 上田雅美 | スサノオの妖怪退治イベント（花咲谷） | |
| 四十 | 張り切るスサノオ 後半 | 上田雅美 | ||
| 四十一 | スサノオの戦い | 上田雅美 | スサノオの妖怪退治イベント・イザナギ戦 | |
| 四十二 | 塞の芽復活 | 上田雅美 | 塞の芽復活 | |
| 四十三 | 花咲谷復活 | 山口裕史 | 大神降ろし（花咲谷） | |
| 四十四 | 花咲谷 | 上田雅美 | 花咲谷 | |
| 四十五 | タタリ場 | 上田雅美 | タタリ場領域内・エゾフジ山麓(箱舟ヤマト浮上後) | |
| 四十六 | 大神降ろし | 山口裕史 | 大神降ろし | 和風109位 |
| 四十七 | 神州平原 其の一 | 上田雅美 | 神州平原・高宮平 | フィールド430位 夜297位 |
| 四十八 | 神州平原 其の二 | 上田雅美 | 和風109位 フィールド152位 PS2 126位 | |
| 四十九 | 道場入り口 | 上田雅美 | 小柄流 武術道場 | |
| 五十 | 小柄 鬼斬斎 | 上田雅美 | 武術稽古 | |
| 五十一 | タマヤのテーマ | 上田雅美 | タマヤのテーマ | |
| 五十二 | タマヤの舞 | 上田雅美 | 花火発射時 | |
| 五十三 | 神主ミカヅキのテーマ | グローベス明里 | 十六夜神社 | |
| 五十四 | ならず者 出現 | 山口裕史 | ならず者 出現 | |
| 五十五 | ならず者 成敗 | 山口裕史 | ならず者 成敗 | |
| 五十六 | イダテンと競争 始め | 上田雅美 | イダテン・ハヤテと競争 | |
| 五十七 | イダテンと競争 | 上田雅美 | ミニゲーム74位 | |
| 五十八 | イダテンと競争 勝利 | 上田雅美 | ||
| 五十九 | ハラミ湖 | 上田雅美 | 十六夜の祠入口 | |
| Disc2 | ||||
| 一 | 桜吹雪 | 山口裕史 | 真神楽イベント時の神木村 | |
| 二 | ミカン爺の花踊り | 上田雅美 | ミカン爺の花踊り | |
| 三 | ついにこの時が来た | 上田雅美 | 真神楽イベント | |
| 四 | ミカンが大きくなった | 上田雅美 | ||
| 五 | 危ないミカン爺 | 上田雅美 | ||
| 六 | ミカン爺 準備完了 | 上田雅美 | ||
| 七 | 真神楽 | 山口裕史 | ||
| 八 | まるっきりダメ | 山口裕史 | ミニゲーム失敗 | |
| 九 | サクヤ姫のテーマ | 上田雅美 | サクヤ姫のテーマ 本作のテーマ曲 |
和風369位 |
| 十 | 真サクヤ 前半 | 上田雅美 | 真神楽イベント後のサクヤ姫との会話 | |
| 十一 | 真サクヤ 後半 | 上田雅美 | ||
| 十二 | アガタの森 | 上田雅美 | アガタの森 | |
| 十三 | 笛の音 | 山口裕史 | ウシワカの笛の音 | |
| 十四 | ウシワカのテーマ | 山口裕史 | ||
| 十五 | ウシワカ登場 | 山口裕史 | ウシワカとの会話 | |
| 十六 | ウシワカと対峙 | 山口裕史 | ウシワカとの戦闘直前 | |
| 十七 | ウシワカ演舞～ウシワカと遊ぶ | 山口裕史 上田雅美 |
ウシワカ戦 | 第4回383位 第6回851位 第7回625位 第8回943位 第9回690位 第14回937位 第16回767位 和風32位 PS2 114位 ボス戦67位 |
| 十八 | ぼくせんババのテーマ | 山口裕史 | ぼくせんババのテーマ | |
| 十九 | ツタ巻遺跡 | 山口裕史 | ツタ巻遺跡 | |
| 二十 | 答選坊 | 上田雅美 | 答選坊との対決 | |
| 二十一 | 蘇る泉 | グローベス明里 | ツタ巻遺跡の泉浄化 | |
| 二十二 | セーブ 其の一 | 山口裕史 | 物実の鏡 | |
| 二十三 | セーブ 其の二 | 山口裕史 | ||
| 二十四 | 待ち構える大妖怪 | グローベス明里 | 一部のボス部屋直前 | |
| 二十五 | はてな | 上田雅美 | 女郎蜘蛛戦直前 | |
| 二十六 | アマテラス危機一髪！ | 上田雅美 | ||
| 二十七 | 女郎蜘蛛登場 | 上田雅美 | 一部のボス登場シーン | |
| 二十八 | 女郎蜘蛛激怒 | 上田雅美 | 女郎蜘蛛戦直前 | |
| 二十九 | 女郎蜘蛛退治 | 上田雅美 | 女郎蜘蛛戦 | |
| 三十 | 見切った！ | 上田雅美 | ボス戦・弱点露出 | |
| 三十一 | 勝ち鬨 | 山口裕史 | ボス戦後のアマテラス遠吠え | |
| 三十二 | ボス戦クリア | 山口裕史 | ボス戦評価 | |
| 三十三 | 急流下り | 上田雅美 | 急流下りミニゲーム | |
| 三十四 | コカリ良かったね | 近藤嶺 | 急流下り後 | |
| 三十五 | クサナギ村 其の一 | 山口裕史 | クサナギ村 | |
| 三十六 | クサナギ村 其の二 | 山口裕史 | 町曲170位 | |
| 三十七 | 八犬士のテーマ | 山口裕史 | フセ姫・八犬士のテーマ | |
| 三十八 | 舌切りジジババの家 | グローベス明里 | 舌切りジジババの家・宝帝の屋敷(毒霧噴出時) | |
| 三十九 | 恐怖！舌切りジジババ | 上田雅美 | 舌切りジジババの正体発覚 | |
| 四十 | チュンジャクのテーマ | 山口裕史 | チュンジャクのテーマ | |
| 四十一 | スズメ組の親分 | 上田雅美 | スズメ組のテーマ | |
| 四十二 | スズメのお宿 | 上田雅美 | 笹部郷 | |
| 四十三 | 不可思議な力 | 山口裕史 | ヒトシオの泉のイベント後 | |
| 四十四 | コカリの身に何が | 近藤嶺 | 畳頭釣り直前 | |
| 四十五 | 畳頭との戦い | 近藤嶺 | 畳頭釣り | |
| 四十六 | 弓神さまとの餅つき | 山口裕史 | 弓神との会話前 | |
| 四十七 | 赤カブト退治 | 上田雅美 | 赤カブト、中ボス戦 | |
| 四十八 | 神への怒り | 山口裕史 | 赤カブト撃破後 「不可思議な力」のアレンジ |
|
| Disc3 | ||||
| 一 | 百年目 | 近藤嶺 | 十五夜の満月の神木村イベント | |
| 二 | 骨鏃の破天矢 | 近藤嶺 | ||
| 三 | 信じる | 近藤嶺 | ||
| 四 | クシナダの決意 | 近藤嶺 | ||
| 五 | クシナダを乗せて | 近藤嶺 | 十六夜の祠・龍宮～鬼ヶ島・イリワク神殿突撃時 | 第2回250位 第6回939位 和風41位 フィールド130位 夜260位 PS2 26位 |
| 六 | ウシワカダンス | 山口裕史 | ウシワカの予言（十六夜の祠） | |
| 七 | 十六夜の祠 | 近藤嶺 | 十六夜の祠 | |
| 八 | ヤマタノオロチ登場 | 上田雅美 | ヤマタノオロチ登場シーン | |
| 九 | ヤマタノオロチ退治 其の一 | 近藤嶺 | ヤマタノオロチ戦（結界展開時） | |
| 十 | クシナダの危機 | 上田雅美 | ヤマタノオロチ戦イベント | |
| 十一 | スサノオ登場 | 上田雅美 | ||
| 十二 | 血盟の言葉 | 上田雅美 | ||
| 十三 | 真スサノオ | 上田雅美 | ||
| 十四 | ヤマタノオロチ退治 其の二 | 近藤嶺 | ヤマタノオロチ戦 | 第5回603位 和風152位 |
| 十五 | 時は来た | 上田雅美 | ヤマタノオロチ戦の筆しらべ「月光」イベント | |
| 十六 | 七字の印契 | 上田雅美 | スサノオ・イザナギのヤマタノオロチ退治イベント 「スサノオの戦い」のアレンジ |
|
| 十七 | 衝天七生 | 上田雅美 | ヤマタノオロチ退治成功 「大岩斬り成功」のアレンジ |
|
| 十八 | 見詰め合う二人 | 上田雅美 | スサノオとクシナダの会話 | |
| 十九 | 神木祭り | 山口裕史 | 神木祭り、総合戦績 | |
| 二十 | 両島原 其の一 | 山口裕史 | 両島原・両島原 北 | フィールド360位 夜62位 |
| 二十一 | 両島原 其の二 | 山口裕史 | 第3回106位 第4回303位 第5回127位 第6回205位 第7回308位 第8回193位 第9回273位 第10回573位 第11回582位 第12回438位 第13回947位 第15回904位 第16回403位 和風14位 フィールド36位 夏259位 ゲーム未収録164位 (レトロバージョン) PS2 90位 | |
| 二十二 | 呪われた西安京 | 近藤嶺 | 西安京（宝帝の屋敷攻略前） | |
| 二十三 | もっとここ掘れワンワン | 上田雅美 | 穴掘りイベント | ミニゲーム120位 |
| 二十四 | ツヅラオのテーマ | 近藤嶺 | ツヅラオのテーマ | |
| 二十五 | 乱心の水龍 | 近藤嶺 | 水龍接近時 | |
| 二十六 | 西安京 貴族街 其の一 | 山口裕史 | 西安京 貴族街 | |
| 二十七 | 西安京 貴族街 其の二 | 山口裕史 | ||
| 二十八 | 西安京 庶民街 其の一 | 山口裕史 | 西安京 庶民街 | |
| 二十九 | 西安京 庶民街 其の二 | 山口裕史 | ||
| 三十 | お使い | 山口裕史 | お使い | |
| 三十一 | 楽しい御絵描 | 山口裕史 | 筆しらべ（御絵描） | |
| 三十二 | 椿神楽 | 山口裕史 | 花咲爺の椿神楽 | |
| 三十三 | 満開の桜 | 山口裕史 | 椿神楽成功 | |
| 三十四 | カグヤのテーマ 其の一 | 上田雅美 | カグヤのテーマ | |
| 三十五 | カグヤのテーマ 其の二 | 上田雅美 | ||
| 三十六 | 鉄のタケノコ 発射 | 近藤嶺 | 笹部郷の竹林最奥イベント | |
| 三十七 | カグヤの旅立ち | 近藤嶺 | ||
| 三十八 | 女王ヒミコの神殿 | 近藤嶺 | 西安京 貴族街の神殿 | |
| 三十九 | 蚊帳の奥 | 近藤嶺 | ヒミコとの会話 | |
| 四十 | 女王ヒミコの悲しみ | 近藤嶺 | ヒミコ・オトヒメのテーマ | |
| 四十一 | シャチ丸のテーマ | 近藤嶺 | シャチ丸での移動時 | 和風147位 |
| 四十二 | 滑った | 上田雅美 | 滑った | |
| 四十三 | ずっと一緒だジ！ | 上田雅美 | ウラシマの玉手箱イベント | |
| 四十四 | 不思議の泉 | 上田雅美 | 金浄泉 | |
| 四十五 | 釣りの手伝い | 山口裕史 | 釣りミニゲーム | |
| 四十六 | イッスンで遊ぼう | 山口裕史 | 壁神との会話前 | |
| 四十七 | 龍宮 | 近藤嶺 | 龍宮 | |
| 四十八 | 水龍の体内 | 近藤嶺 | 水龍の体内 | |
| 四十九 | 水龍の体内 脱出 | 上田雅美 | 水龍の体内脱出時 | |
| Disc4 | ||||
| 一 | 鬼ヶ島 | 上田雅美 | 鬼ヶ島 | |
| 二 | 妖魔王キュウビ退治 | 近藤嶺 | キュウビ戦 | 和風203位 |
| 三 | オキクルミのテーマ | 山口裕史 | オキクルミのテーマ | |
| 四 | 極北の國 カムイ 其の一 | 山口裕史 | カムイ | 冬・雪・氷120位 夜96位 |
| 五 | 極北の國 カムイ 其の二 | 山口裕史 | フィールド318位 冬・雪・氷77位 | |
| 六 | ウエペケレ 其の一 | 上田雅美 | ウエペケレ | |
| 七 | ウエペケレ 其の二 | 上田雅美 | 冬・雪・氷215位 | |
| 八 | オキクルミの宿命 | 山口裕史 | 幽門扉突入時 | |
| 九 | シャクヤのテーマ | 上田雅美 | シャクヤのテーマ | |
| 十 | 神木村の悲しい風習 | 山口裕史 | 百年前の神木村 | |
| 十一 | エゾフジ イリワク神殿 | 近藤嶺 | イリワク神殿 | ダンジョン431位 |
| 十二 | 本当の強さ | 山口裕史 | クトネシリカ覚醒 | |
| 十三 | 勇者オキクルミ | 山口裕史 | 双魔神戦直前 | 第3回401位 第7回729位 和風203位 冬・雪・氷183位 PS2 126位 |
| 十四 | 双魔神 モシレチク コタネチク退治 | 近藤嶺 | 双魔神戦 | 第6回733位 第8回451位 第9回789位 第10回754位 和風105位 冬・雪・氷162位 PS2 182位 2000年～2007年121位 ボス戦85位 |
| 十五 | 双魔神の魔術 | 近藤嶺 | 双魔神戦（時間操作時） | |
| 十六 | 約束 | 山口裕史 | イッスンとの別れ | |
| 十七 | 別れの時 | 山口裕史 | ||
| 十八 | 覚悟なき者 | 近藤嶺 | ||
| 十九 | ウシワカ 最後のダンス | 上田雅美 | ウシワカの予言（箱舟ヤマト） | |
| 二十 | 天神族のテーマ | 近藤嶺 | 天神族との会話 | 第13回947位 第17回934位 和風226位 |
| 二十一 | 玄冬の蝕 | 近藤嶺 | 玄冬の蝕開始時 | |
| 二十二 | 沈む太陽 | 近藤嶺 | 筆しらべ剥奪時 | 夜230位 |
| 二十三 | ウシワカの宿命 | 近藤嶺 | アマテラスを庇う際のウシワカの告白 | |
| 二十四 | 月の民のテーマ | 近藤嶺 | ウシワカ（頭巾無し）のテーマ | |
| 二十五 | 常闇ノ皇 | 近藤嶺 | 常闇ノ皇戦（第1形態～第4形態） | ラストバトル233位 |
| 二十六 | 「Reset」～「ありがとう」バージョン～ | 山口裕史 | ラストバトル直前イベント | 第3回188位 第4回95位 第5回468位 第6回179位 第7回105位 第8回130位 第9回124位 第10回143位 第11回181位 第12回207位 第13回130位 第14回42位 第15回266位 第16回165位 第17回90位 和風16位 癒し126位 歴代109位 泣き曲6位 PS2 10位 2000年～2007年22位 |
| 二十七 | 大神 白野威 | 山口裕史 | 白野威やアマテラス覚醒時のテーマ曲 | |
| 二十八 | 太陽は昇る | 近藤嶺 | 常闇ノ皇戦（最終形態） | 第1回5位 第2回98位 第3回2位 第4回1位 第5回4位 第6回1位 第7回2位 第8回3位 第9回5位 第10回4位 第11回2位 第12回5位 第13回1位 第14回1位 第15回2位 第16回6位 第17回1位 ラストバトル1位 第2回ラストバトル5位 和風2位 歴代1位 泣き曲48位 PS2 2位 2000年～2007年1位 |
| 二十九 | 旅は続く | 近藤嶺 | 箱舟ヤマト発進 | |
| 三十 | タカマガハラへ | 上田雅美 | ||
| 三十一 | 「Reset」 | 作：JUN 編：竹下欣伸 |
エンディング 歌：平原綾香 |
第10回527位 第11回579位 第12回725位 第14回332位 第15回435位 ゲームソング6位 第2回ゲームソング14位 第3回ゲームソング4位 エンディング8位 第2回エンディング8位 PS2 114位 2000年～2007年71位 |
| 三十二 | おしまい | 上田雅美 | エピローグ終了 | |
| Disc5 | ||||
| 一 | 四葉出現 | 上田雅美 | ||
| 二 | アイテム取得 | 上田雅美 | ||
| 三 | アイテムを渡す | 上田雅美 | ||
| 四 | 宝箱出現 | 上田雅美 | ||
| 五 | 貴重品取得 | 山口裕史 | ||
| 六 | レベルアップ | 山口裕史 | ||
| 七 | 神降ろし 其の一 | 上田雅美 | ||
| 八 | 神降ろし 其の二 | 上田雅美 | ||
| 九 | 神降ろし 其の三 | 上田雅美 | ||
| 十 | 小当たり | 上田雅美 | ||
| 十一 | 中当たり | 上田雅美 | ||
| 十二 | 大当たり | 上田雅美 | ||
| 十三 | 特大当たり | 上田雅美 | ||
| 十四 | 奇跡 | 上田雅美 | ||
| 十五 | 昇天 | 上田雅美 | ||
| 十六 | 童歌 其の一 | 山口裕史 | ||
| 十七 | 童歌 其の二 | 山口裕史 | ||
| 十八 | 童歌 其の三 | 山口裕史 | ||
| 十九 | 社内プレゼン Type A | 上田雅美 | ||
| 二十 | 社内プレゼン Type B | 上田雅美 | ||
| 二十一 | クロバースタジオ設立発表会 | 上田雅美 | ||
| 二十二 | 2004年東京ゲームショウ プロモーション | 上田雅美 | 「神州平原」の原曲 | |
| 二十三 | 2005年E3 プロモーション | 上田雅美 | ||
| 二十四 | 2005年東京ゲームショウ プロモーション | 山口裕史 | 「両島原」の原曲 | |
| 二十五 | 大神イメージ曲 プロトタイプ 其の一 | 上田雅美 | ||
| 二十六 | 大神イメージ曲 プロトタイプ 其の二 | 上田雅美 | ||
| 二十七 | 大神イメージ曲 プロトタイプ 其の三 | 上田雅美 | ||
| 二十八 | ウエペケレ原型バージョン 其の一 | 上田雅美 | ||
| 二十九 | ウエペケレ原型バージョン 其の二 | 上田雅美 | ||
| 三十 | お後は次の お楽しみ | 山口裕史 | 体験版コンティニュー画面 | |
| ？、？ | 上田雅美 | 隠しトラック 「サクヤ姫のテーマ」のファミコンサウンドバージョン 「イダテンと競争 始め」「イダテンと競争」「イダテンと競争 勝利」の原曲 |
||
| 大神雅楽 | ||||
| プレイデモ | 上田雅美 | |||
| タイトルデモ | 上田雅美 | |||
