| 1 | テトリス（任天堂） | 1989 | 423万 |
| 2 | スーパーマリオランド（任天堂） | 1989 | 418万 |
| 2 | ポケットモンスター 赤（任天堂） | 1996 | 418万 |
| 4 | ポケットモンスター 緑（任天堂） | 1996 | 404万 |
| 5 | ポケットモンスター 銀（任天堂） | 1999 | 364万 |
| 6 | ポケットモンスター 金（任天堂） | 1999 | 353万 |
| 7 | ポケットモンスター ピカチュウ（任天堂） | 1998 | 316万 |
| 8 | スーパーマリオランド2 6つの金貨（任天堂） | 1992 | 268万 |
| 9 | 遊☆戯☆王デュエルモンスターズ4 最強決闘者戦記（コナミ） ※1 | 2000 | 250万 |
| 10 | ドラゴンクエストモンスターズ テリーのワンダーランド（エニックス） | 1998 | 230万 |
| 11 | ポケットモンスター クリスタルバージョン（任天堂） | 2000 | 210万 |
| 12 | ドクターマリオ（任天堂） | 1990 | 208万 |
| 13 | ポケットモンスター 青（任天堂） | 1996 | 201万 |
| 14 | 星のカービィ（任天堂） | 1992 | 171万 |
| 15 | 遊☆戯☆王デュエルモンスターズ（コナミ） | 1998 | 161万 |
| 16 | スーパーマリオランド3 ワリオランド（任天堂） | 1994 | 158万 |
| 17 | 星のカービィ2（任天堂） | 1995 | 145万 |
| 18 | ゲームで発見!!たまごっち（バンダイ） | 1997 | 145万 |
| 18 | ゲームで発見!!たまごっち2（バンダイ） | 1997 | 145万 |
| 20 | ポケモンカードGB（任天堂） | 1998 | 139万 |
| 21 | 役満（任天堂） | 1989 | 128万 |
| 22 | ドラゴンクエストモンスターズ2 マルタのふしぎな鍵 ルカの旅立ち（エニックス） | 2001 | 113万 |
| 23 | カービィのピンボール（任天堂） | 1993 | 112万 |
| 24 | 魔界塔士Sa・Ga（スクウェア） | 1989 | 110万 |
| 24 | 遊☆戯☆王デュエルモンスターズII 闇界決闘記（コナミ） | 1999 | 110万 |
| 26 | スーパードンキーコングGB（任天堂） | 1995 | 108万 |
| 27 | ポケモンピンボール（任天堂） | 1999 | 102万 |
※1：3バージョン合計
