| 大臣官房 | 自治局 | 地方財政局 | 防災局 | 選挙局 | 自治大学校 | |
| 大臣官房長 | 自治局長 | 地方財政局長 | 防災局長 | 選挙局長 | 自治大学校長 | |
| 大臣官房次長 | 防減災審議官 | |||||
| 主席審議官 | 文書課 | 自治課 | 財政課 | 防災課 | 選挙課 | 一種教養課程 |
| 政策立案統括審議官 | 人事課 | 法制課 | 納税課 | 消防課 | 法規課 | 高等教養課程 |
| 情報化審議官 | 会計課 | 住民課 | 地方債課 | 救急課 | 資金課 | 自治政策研究部 |
| 公文書管理監 | 秘書課 | 市町村課 | 地方税課 | 予防課 | 選挙区課 | 国際自治研究部 |
| 政策調整企画官 | 広報室 | 特別地方行政区課 | 交付税課 | 総務課 | 総務課 | |
| 地方自治政策企画官 | 政策評価室 | 総務課 | 都道府県税課 | 国民保護室 | ||
| 選挙法政策企画官 | 政府委員業務室 | 地方自立支援室 | 固定資産税課 | 広域支援室 | ||
| 防災・減災政策企画官 | 政府委員政策調整室 | 市町村合併政策企画室 | 公営企業運営課 | 危険物対策室 | ||
| 総務課 | 全国防災運動企画室 | |||||
| 財政的自立支援室 |
