| 上級単位 | 統合参謀会議 |
| 下部単位 | 各軍令組織及び各部隊 |
| 設置年 | 1947.1.1 |
| 旧組織 | 参謀本部・軍令部・航空総監部 |
| 大本営作戦部 | 大本営における軍事行動及び戦略的行為の係るすべての作戦について統括する組織 |
| 大本営情報本部 | 国際的な情報収集活動及び防諜、対スパイ活動などを取り扱う部門 |
| 大本営航空戦略本部 | 航空兵の教育及び航空戦略等の立案や研究などを行う部門 |
| 大本営艦政本部 | 軍艦の管理及び研究を行う部門 |
| 大本営基地業務本部 | 基地・駐屯地・分屯地の事務業務を取り扱う部門 |
| 大本営会計本部 | 日本軍全般に関わる会計業務及び監査業務を取り扱う部門 |
| 大本営事務本部 | 日本軍における事務業務を取り扱う部門 |
| 大本営人事本部 | 幹部人事及び人材運用に関する事務を取り扱う部門 |
| 大本営監察本部 | 部隊組織の監査業務を取り扱う部門 |
| 教育総監部 | 日本における軍務教育の中枢機関。旧軍組織を引き継がない全く新しい形での組織体系となった |
| 大本営教習本部 | 高級幹部の育成及び部隊教育システムなどの構築を行う部門。教育総監部から独立した教育系統により、教育と学習の実践を目指している |
| 大本営兵卒本部 | 徴兵及び兵の教育を専門として取り扱う部門 |
| 大本営術科教育本部 | 部隊における専門的な術科教育を取り扱う部門 |
| 大本営軍需本部 | 武装及び兵器の研究開発及び製造を統括する組織 |
| 大本営補給本部 | 物資等の補給管理、補給線の確保や運営に関する軍令を統括する組織 |
| 大本営近代化本部 | 日本軍全体の近代化を目指して設立された組織。この出身者を中心に軍事リベラル派と呼ばれる派閥が形成される |
| 通信総監部 | 情報通信における全般を取り扱う部門 |
| 大本営軍法本部 | 軍事法廷の運営及び軍法官育成を諸任務とする部門 |
| 大本営医務本部 | 軍立病院及び野戦病院の運営、衛生環境の確保や医務官の育成をはじめとした日本軍の医療衛生関連を取り扱う部門 |
| 大本営国際本部 | 国際連携や国際協調、条約対応などの軍政一般における国際業務を担当する部門 |
| 大本営電波通信本部 | 通信指令センターの事務業務を取り扱う部門 |
