| 基地 | 所在地 | 施設 | 分屯地 | |
| 横須賀基地 | 神奈川県・横須賀市 | 横須賀鎮守府 | 名古屋海洋分屯地 | |
| 呉基地 | 広島県・呉市 | 呉鎮守府 | 江田島海洋分屯地 | |
| 佐世保基地 | 長崎県・佐世保市 | 佐世保鎮守府 | 日南海洋分屯地、那覇海洋分屯地、宮古分屯地 | |
| 大湊基地 | 青森県・むつ市 | 大湊鎮守府 | 函館分屯地、釧路分屯地、稚内分屯地、択捉分屯地 | |
| 舞鶴基地 | 京都府・舞鶴市 | 舞鶴鎮守府 | 新潟分屯地 |
| 基地 | 所在地 | 施設 | 分屯地 | |
| 横田基地 | 東京都・横田町 | 首都圏防衛総司令部 | ||
| 霞ヶ浦基地 | 茨城県・かすみがうら市 | |||
| 千歳基地 | 北海道・千歳市 | 稚内分屯地、択捉分屯地 | ||
| 三沢基地 | 青森県・三沢市 | |||
| 松島基地 | 宮城県・東松島市 | 秋田分屯地 | ||
| 静岡基地 | 静岡県・静岡市 | 小牧分屯地、浜松分屯地 | ||
| 小松基地 | 石川県・小松市 | 佐渡分屯地 | ||
| 岩国基地 | 山口県・岩国市 | 隠岐分屯地 | ||
| 大村基地 | 長崎県・大村市 | 対馬分屯地、知覧分屯地 | ||
| 嘉手納基地 | 沖縄県・嘉手納町 | 宮古分屯地 |
| 艦隊司令部(横須賀) | 第1空母打撃群(横須賀) | 第71上陸戦旅団(名古屋) |
| 多目的支援艦まや | 第2空母打撃群(横須賀) | 第55航空団(第1空母) |
| 横須賀鎮守府 | 第3空母打撃群(日南) | 第56航空団(第2空母) |
| 第12任務部隊群(横須賀) | 第57航空団(第3空母) | |
| 第31水上打撃群(横須賀) | 第58予備航空団(静岡) | |
| 第34水上打撃群(名古屋) | 第59予備航空団(静岡) | |
| 第71海上輸送群(名古屋) | ||
| 第72海上輸送群(名古屋) | ||
| 第91補給部隊群(横須賀) | ||
| 第92補給部隊群(日南) |
| 艦隊司令部(那覇) | 第11任務部隊群(那覇) | 宮古海洋分屯地 |
| 第13任務部隊群(那覇) | 那覇海洋技能研究所 | |
| 第37水上打撃群(宮古) | ||
| 第50研究部隊群(那覇) | ||
| 第95補給部隊群(日南) |
| 艦隊司令部(呉) | 第15任務部隊群(呉) | 江田島海洋分屯地 |
| 第55教育任務群(江田島) | 徳山海洋分屯地 | |
| 第56教育任務群(江田島) | 徳山海洋補給処 | |
| 第93補給部隊群(徳山) |
| 艦隊司令部(佐世保) | 第5空母打撃群(佐世保) | 第90水陸両用連隊(佐世保) |
| 佐世保警備府 | 第17任務部隊(佐世保) | 第97上陸戦連隊(佐世保) |
| 第40水上打撃群(佐世保) | 第65航空団(第5空母) | |
| 第41水上打撃群(舞鶴) | 第66予備航空団(大村) | |
| 第42水上打撃群(新潟) | ||
| 第43水上任務群(大湊) | ||
| 第73海上輸送群(佐世保) | ||
| 第98補給部隊群(新潟) |
| 総司令官 | 第1早期警戒隊(横田) | 第41普通大隊(静岡) | 横田基地 |
| 副司令官 | 第2早期警戒隊(横田) | 第67対空特科連隊(横田) | 霞ヶ浦基地 |
| 主席幕僚 | 第3早期警戒隊(霞ヶ浦) | 第68対空特科連隊(霞ヶ浦) | 静岡基地 |
| 次席幕僚 | 第10警戒隊(横田) | 第167主計大隊(横田) | 浜松基地 |
| 幕僚部 | 第11警戒隊(静岡) | 小牧基地 | |
| 警備隊 | 第28警戒隊(浜松) | 福島基地 | |
| 憲兵隊 | 第29警戒隊(小牧) | ||
| 第30警戒隊(福島) | |||
| 第71航空団(横田) | |||
| 第75航空団(霞ヶ浦) |
| 地区軍司令部(旭川) | 第7師団(旭川) | 第35水上打撃群(大湊) | 旭川駐屯地 | ||
| 司令部付隊 | 札幌駐屯地 | ||||
| 司令部付憲兵隊 | 函館駐屯地 | ||||
