PS2版からの変更点

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PS2版からの変更点（一部ネタバレ有）

キャラクター

• 新キャラクターとしてマリーが追加され、進め方によってはシナリオに関わってくる

コミュ関係

• 新たに永劫と道化師のコミュが追加。また夜間も外出して自由移動が可能になる。
• 夜間に日中コミュ対象と過ごすことで好感度を上げることが可能。
• PS2版では菜々子と堂島は11月までにMAXにしないとコンプ不可能だったが、その後でもコミュが実行できるようになる。
• さらに家庭菜園システム(後述)で奈々子と堂島が自宅にいる夜に世話をすると好感度が上昇するようになっている。
• 神社におみくじが設置され、キツネコミュMAXにしなくても他コミュの好感度上昇が可能
• 仲間と日中にバイクで出かけることで、上書きしたスキルの復活や追加スキルの習得が可能
• コミュは部活動とバイトを除きコミュ実行可能な曜日が1~2日増加
• 1月ほぼ全日+2月半分まで行動ができるのでコミュのコンプが容易になった

イベント関係

• 四季にそれぞれ新規のイベントが追加（アニメーションあり）。それに伴い、旧作では行動可能だった日が行動不可能になってる場合もある
• またその時期に応じたちょっとしたイベントも多数追加（母の日etc）

戦闘関係

• 総攻撃のカットインが変更（旧カットインは追撃時に使用されている）
• 総攻撃後、シャドウが生存していた場合、特定の仲間2人による合体追撃が発生する
• バイク入手後、パーティ外の仲間が追撃に来ることがある
• 総攻撃時、りせが参加し威力が上がる場合がある
• 仲間全員に第3段階のペルソナ追加。それぞれ専用スキルを覚える
• 仲間ペルソナの初期スキルや習得スキルが一部変更（例：直斗のペルソナに初期からガルダインとアギダインが追加、etc...）。
• 仲間ペルソナの覚醒による弱点消失がなくなり、覚醒後も弱点属性が残ったままになる（代わりに、コミュMAX時にそれぞれ弱点属性に対する真・見切りスキルを習得する）
• 次のレベルへの必要経験値が大幅に減少。普通にプレイしても最後まで行けばLv99になる
• 戦闘難易度が5段階から選択可能
• 2周目以降はSYSTEMから戦闘難易度をいつでも変更可能になるが、NOMALやHARDといった設定だけでなく、被ダメージ・大きい、普通、小さい　など各種数値を任意に選べるようになる（なおSteam版は1周目から可能）
• コミュ追加に伴いペルソナが数種類追加
• シャッフルタイムは絵柄が表にされたカードの選択式に変更。目押しや配置記憶の必要はなし
• シャッフルタイムの報酬にスキルカードが追加され、ベルベットルームにて登録・購入が可能（ペルソナ2罰に登場した時間城とほぼ同じシステム）
• 合体時のスキル引き継ぎはランダムから引き継ぎ可能スキルを任意に選べるように
• 装備枠に新たに「衣装」の欄が追加。ここに特定の衣装を装備することで戦闘中の衣装が変化＋衣装によっては勝利ポーズとセリフも変化。
• 1周目からでも「刈り取るもの」が出現するようになり、毎ターン2回行動するようになった。
• 一部魔法スキルの性能強化＋エフェクト変更。特に万能属性のスキルは性能の底上げがされ、殆どのシャドウ相手にも多大なダメージを見込めるようになった。メギドラオンは爆発の直前にSEが追加され、より派手なスキルとなった。
• ミツオ戦BGMが変更され雰囲気に即したものに（曲名 真・ミツオ転生）、また輪廻転生から一部のBGMが追加されている（×××戦）
• シャドウの弱点･耐性が変更されている
• ダンジョン最深部にあった｢セーブ＆帰還ポイント｣の削除

日常生活関係

• 読書は「じっくり、さらっと」の選択肢が消滅し1回の読書で1章読了の形に。本は2～4章構成になっており、全章読了で該当ステータスが上昇。もしくは特定行動時のステータス上昇量にボーナス。釣り、虫取りなどの効率アップなど
• 雨の日に読書をした場合は1回の読書ごとに該当ステータスが上昇する。また勉強に関してもボーナスがつく
• 時価ネットたなかが週3回放送になり、その週で1度購入すれば次週まで購入不可能
• 夜間の四六商店がスナックに。宝石と装備品を交換できる
• 沖奈市にて戦闘時のコスチュームを購入可能、映画を仲間とみることで仲間のレベルアップ＋ステータス追加アップ。UFOキャッチャーで棚に飾る人形などを入手可能
• 神社にて虫取りが可能。時間経過はなし
• 鮫川と海岸にて釣りが可能。海釣り追加により、魚の種類が増加。釣りのシステムが連打からスティック＋ボタン長押しに変更
• 魚のえさが廃止され、釣りの餌は虫に変更。虫の種類によって釣れるものが変わる
• 学校の授業内容が一新。それに伴い試験の問題も一新されている
• 堂島宅で家庭菜園が実行可能。苗を植えと収穫は時間経過なしだが、途中の世話では時間経過あり

クエスト関係

• 既存PS2版と同じ。新規クエストとして、菜園、虫取り関係や沖奈市や3学期のクエストが追加
• 釣りクエストは消滅し、だいだら.のおやじが時々魚を欲しがる