ストーリー@3 - ロックマンX攻略まとめ @ Wiki

ドップラー博士はイレギュラーの研究をしていた。だが、Σウイルスと言う謎の生命物体に取り付かれてしまった。
ドップラー博士の管理していた８体のイレギュラーが各地で暴走し始めた!!
また、ドップラーがドッペルタウン警備用に利用する２人の側近も、イレギュラーが暴走活動をしているドッペルタウンに潜伏した。
Σウイルス…それはいったい何のことだろうか。
●オリジナルシステム
８ボスを２体撃破以降、２体のボスが乱入する。
弱点は以下のとおり。
ヴァジュリーラＦＦ：トライアードサンダー
マンダレーラＢＢ：トルネードファング
あと、ナマズロスとシュリンプァーのエリアに以下のボスが潜んでいる。弱点武器でないと倒せないので、倒さなくてよい。
ＶＡＶＡＭＫ２：レイスプラッシャー