ストーリー@5 - ロックマンX攻略まとめ @ Wiki

地上破壊機が何者かによって動き始めた!!
ハンターベースはパワーアップした。
総司令官のシグナス。
ナビゲーターのエイリア。
メカニックのダグラス。
ライフセイバー。
この４人の登場により、ハンターベースはにぎやかになった…。
なんていってる場合ではない!!
地上が大変なんだ!!このままでは地上がめちゃくちゃだ!!
●オリジナルシステム
エニグマという粒子砲と、中に人が乗ることでエネルギーが増すシャトルという乗り物がある。
この２つの武器を使って、地上を救うのだ!
エニグマと言う武器は、８ボスを半分倒した時点で強制的に使われる。
シャトルと言う武器は、８ボスを全員倒した時点で強制的に使われる。
エニグマの地上破壊機撃破成功率を上げるアイテムは、「グリズリー」「クラーケン」「ホタルニクス」「マッコイーン」が持っている。
シャトルの地上破壊機撃破成功率を上げるアイテムは、「ペガシオン」「ローズレッド」「ネクロバット」「ディノレックス」が持っている。
２つの武器は、自由に発射できるのである。ただし、成功するか失敗するかは運しだいだ。
この２つの武器を全て使い切ると、８ボスを全員倒さなくてもΣボスのところにたどりつける。

また、ダイナモと言う庸兵が乱入する。
一回目は２体撃破した時点で強制的に戦うことになる。弱点はウィングスパイラル。
二回目は６体撃破した時点で強制的に戦うことになる。弱点はウィルレーザー。