集めなければならないアイテムがかなり多い。また特定のアビリティを一定数必要とするイベントもいくつかあるため、計画的にキャラクターを成長させないと最悪ハマる恐れもある。中盤の難関はセンターでの三連戦。補助魔法と強力な特技を持つ仲魔をそろえて戦いに挑もう。
- 地下世界の旧水道橋へ。妖魔ヤヌスを倒す、あるいは妖精ナジャを仲魔にして収容所へ向かう。
- 収容所にてザインと遭遇。戦闘になる。戦闘後、ヒロコ救出。このとき妖精ナジャが仲魔になっていると、「ヒロコのアビリティがすべてアップした」と出るが、バグにより実際は上がっていない。
- ヴァルハラ～センター間通路へ向かう。ヴァルハラに出ようとすると、ヴァルハラが魔王アバドンにより飲み込まれてしまったことが判明する。その後、以前マダムに魔獣ケルベロスを返していた場合に限り、魔獣ケルベロスが仲魔に。
- ホーリータウンの街頭テレビで、ザインがセンターに反旗を翻したことを知る。
- ホーリータウン大教会へ行く。3Fで戦士ダレスと戦闘。その後、エレベーターから地下世界へ向かう。
- 地下世界に出てまずは旧新宿へ向かう。
- ヒロコがパックに浮気草の露をかけられる。
- 妖精王オベロンに会う。新宿の東のダンジョンへ向かう。
- 旧東新宿にてパックを追い詰め、浮気草の露を受け取る。オベロンに会い、魔法を解いてもらう。
- 旧新宿のB2Fでヒロコと合流。旧赤坂へ向かう。
- 旧赤坂の北の発掘現場で発掘を手伝う。謝礼として土星のピラーをもらう。
- 旧赤坂を抜け、旧六本木に。ヒルコに会いに行く。
- ヒルコから将門公を復活させるよう依頼される。
- ホーリータウン大教会3Fにいるストーカーから公の首を買い取る。
- 旧水道橋の近くの祠に石にされて封印されている国津神コトシロヌシの封印を解くと、公の胴を渡される。石化を解くにはディストーンかペトラディが必要。
- 旧赤坂の西にある祠で堕天使バフォメットを倒し、国津神オオナムチを解放すると公の右腕を渡される。
- 旧六本木の西の祠で国津神サルタヒコを倒すと、公の左腕を渡される。
- 旧赤坂の東の祠で国津神オオヤマツミを解放すると、公の右脚を渡される。
- 旧六本木の東の祠で国津神スクナヒコナを解放すると、公の左脚を渡される。
- すべてのパーツがそろったら、邪教の館で合体させる。
- ヒルコのもとへ戻ると、ヒルコが公に御霊を入れ、将門公が完全復活する。
- 旧六本木の北東、封印の岩戸へ向かう。将門公が岩戸を開いたあと、太陽のピラーと将門の刀を授かる。
- 封印の岩戸にて、天津神アマテラス、天津神ツクヨミ、天津神タケミカヅチ、天津神オモイカネ、天津神タヂカラオを解放する。解放すると合体で造れるようになる（ストーリー的にはアマテラスを解放するだけでよい）。岩戸を出ると、アマテラスとヒルコが金剛神界へ飛び去る。
- ホーリータウンの路上（2Dマップ上）でザインが集会を開いているので聴く。ファクトリーの収容所に入れられている人々を解放すべく、ファクトリーへ行くことになる。
- ファクトリーでザインと会話。ザインがファクトリーの北にある監視塔が怪しいことに気づく。
- ファクトリーの監視塔に突入する（主人公の知恵が10必要）。最上階で魔王ベルフェゴールと戦闘。ベルフェゴールを倒したあと、牢獄の中にセイレーンの存在を確認する。
- ホーリータウンのBARの近くにいる男から、魔界に行こうとしていた男の話を聞く。
- ホーリータウン大教会2Fの男を訪ねると、眠る人形をもらえる（このイベントはベルフェゴールを倒す前に起きるため、26のイベント前に済ませておくとスムーズにいく）。
- 大教会3Fで笑う人形、泣く人形、怒る人形、眠る人形を使い、魔界へ。
- 魔界2Dフィールド上でペテルセンを仲間にする。
- 魔界2Dフィールド上の時空の歪みより裏アルカディアに入る。戦士ギメルに会うと戦闘。
- ティフェレトへ向かう。ただしこの時点ではターミナルストーンの機能は使えない。BARでルイ・サイファーと会う。
- 監視塔のセイレーンのもとへペテルセンを連れて行くと、セイレーンの唄がやみ、ファクトリーの人々が正気を取り戻す。
- ホーリータウンの街頭テレビで、センター司教がザインの出頭を命じているVTRを観る。
- ホーリータウンの路上にてザインと会う。センターに出頭するザインを追う。
- センターの中央管理室で司教に会う。パスコード「2784」を聞く。センター22Fへ向かう。
- センター22Fで神の壁が現れる。
- 元老院の部屋の前でザインが石にされているのを見たあと、元老院と対決する。最初の戦いは大天使ウリエルと大天使ラファエル。次に大天使ミカエルと戦う。ミカエルを倒したあと、大天使ガブリエルがHPとMPを回復してくれる。最後に神霊YHVHと戦う。
- 復活したザインと会話。ホーリータウン大教会に異変が起こる。確認をすべく大教会へ。
- ホーリータウン大教会のそばに魔王モロクの尻尾が出現する。
- 旧六本木のミュータント長老に会う。ピラーを集めるよう言われる。長老から金星のピラーを渡される。
- ホーリータウンのディスコで満月の夜に開催されるレイブパーティーに参加する。魔力10以上で優勝、月のピラーを入手。
- ホーリータウンのジャンク屋を出ようとすると店主から水星のピラーをもらえる。
- ファクトリーの発掘現場（堕天使ベテルギウスのいたフロア）にいる、セイレーンの唄から解放された労働者より木星のピラーをゆずってもらう。
- 地下世界のアルターストーンにピラーをセットする。すると中央に人面石が現れる。
- 人面石より魔界に飛ぶ。
- シナリオチャート3へ。
