2001年末、アフガニスタン侵攻の序盤。
マザー、ブードゥー、プリーチャー、ラビットというコードネームのTier 1 DEVGRU SEALsからなるAFO（※Advanced Force Operations=「特定された標的の位置を絞り込み、近い将来の任務のための作戦環境を整備するために準備的に実施される、米国防長官承認下で行われる特殊作戦」）ネプチューンは、タリバンに関する情報を持つタリクという情報提供者に会うために派遣される。 ネプチューンはチェチェン人の聖戦士（ムジャーヒディーン）に待ち伏せされ、村を抜けてタリクを取り戻すために戦う。 タリクは、タリバンとアル・カーイダがシャー・イ・コット渓谷に500人から1000人の戦闘員を擁していることを伝える。
ネプチューンはタリバンを始末する前に、バグラム飛行場を確保する任務を負う。2002年3月までに、飛行場はNATOの空軍基地として再利用された。
全現地部隊の指揮官であるR・ドラッカー米陸軍大佐は、フラッグ将軍と対照的に慎重で有能な将校である。米国のオフィスから戦争を指揮するキャリア志向のフラッグ将軍はAFOチームの能力を軽視している。
ドラッカーはTier 1の隊員を使って谷の反乱軍の位置を偵察し、アフガニスタン北部同盟の兵士の手で彼らを排除させようと計画するが、地元民に不信感を抱くフラッグは大佐に第10山岳師団、第101空挺師団、第75レンジャーを派遣する権限を24時間の期限付きで与えた。
一方、パンサー、ベガス、デュース、ダスティというコードネームの4人のデルタフォース・オペレーターで構成されるAFOウルフパックも谷に潜入し、AFOネプチューンが「OP（観測地点）ドロシー」に移動している間に「OPクレメンタイン」に向かう。
ドラッカーは、米陸軍特殊部隊（グリーンベレー）が率いる北部同盟軍兵士の機動部隊を送り込み、タリバンの拠点をいくつも排除する。 ところが無能なフラッグは、ドラッカーがまだ通常の米軍歩兵を派遣していないことに腹を立て、AC-130Uガンシップの乗組員に砲撃を命じる。味方殺しのとんでもない誤爆を生き残った北部同盟軍はパニックに陥って撤退し、大佐は命令どおりにレンジャーを投入するしかなくなった。
シャー・イ・コット渓谷への投入中、レンジャーは激しい銃撃を受け、チヌークが撃墜される。 パターソン軍曹が率いるダンテ・アダムス特技兵、ヘルナンデス伍長、戦術航空統制班（TACP）のイバーラ工兵曹長からなるレンジャー射撃チームは、敵の陣地を側面から攻撃し、機関銃の破壊を試みる。
敵に包囲され、弾薬が尽きたイバーラはバグラムに無線で援軍を要請すると、AH-64アパッチのペアが到着し、蹂躙を免れた。 アパッチはタリバンの武器庫と迫撃砲陣地を破壊しながら山中を進む。 彼らが基地に戻ると、タリバンのZU-23-2対空砲要員がヘリコプターを撃とうとしたが、M82対物ライフルを構えたデュースの的確な狙撃によって排除された。
デュースとダスティは山を登り、敵の陣地を排除し、隣接する山で激しく接触しているAFOネプチューンの狙撃支援を行う。 ネプチューンは稜線を越えて、救出地点まで戦いつつ撤退する。
マザーとラビットはヘリコプターの下にたどり着くが、チヌークは激しい敵の攻撃で損傷し、ブードゥーとプリーチャーを置き去りにせざるを得なくなる。 基地に戻れという命令に背き、マザーとラビットは再出撃するが、チヌークが銃撃を受けて不時着し、かろうじて死を免れる。 二人はブードゥーとプリーチャーを探すが、結局は危険にさらされ、ラビットも銃撃戦で重傷を負う。二人は追跡を逃れようと崖から飛び降りるが、アル・カーイダに捕らえられてしまう。
フラッグ将軍は、さらなる損害のリスクを冒すことを拒否し、SEALsを見捨てて撤収するよう命令する。 ドラッカーは命令を無視し、ネプチューンを救出するためレンジャー即応部隊を送り込む。
結果は現場接近中のチヌークがRPGを食らい不時着。レンジャー3名とドアガンナー1名が死亡。墜落現場を確保したヘルナンデス、イバーラ、アダムス、パターソンは峠に向かう。
ヘルナンデスが負傷し、イバーラが治療のために彼を着陸地点に連れ戻す。 アダムスとパターソンはプリーチャーとブードゥーと合流。 CIAのプレデター・ドローンの助けを借りて複数の敵拠点と交戦した後、彼らはマザーと重傷を負ったラビットの居場所を突き止める。
最寄りのヘリコプターは何マイルも離れたカンダハルから飛んでいた。ラビットの容態は悪化し、仲間達が交代で励ますが救出が到着する前にラビットは傷に倒れた。 残敵掃討に当たり、タリバンとアル・カーイダのバンカーを爆撃するF-15Eを観察していたプリーチャーは、戦友ラビットの遺体からウサギの足のお守りを採取する。
7人の生存者は無事救出されたが、マザーとプリーチャーは "これが終わりではない"と語り合う。
エピローグ。プリーチャーとアジャブ（CIAの諜報員）がパキスタンの町の路上に座り、通りを観察しながらパシュトー語でジャコババードの紅茶の品質について会話しているうちに、彼らはターゲットの男を見つけ、彼に近づこうと立ち上がるシーンで終わる。
これはこれから長きにわたって継続し、遂行される対テロ戦争と、その戦士たちを描いた、ほんの一幕に過ぎないのであった。
