1991年のソビエト連邦崩壊後、ロシアと旧東欧諸国の経済状況は大混乱に陥った。物資や生活必需品の争奪戦が延々と続く中、ナショナリズムが高まり、この地域ではテロ、民族紛争が日常化している。
ロシア・旧東側では社会荒廃の原因と責任を西側世界、欧米の資本主義国に対して求めようとする敵意もこの頃から大きくなり始めた。
国際的な対テロ特殊部隊「レインボー」は、ニューヨークのメトロポリタン美術館でフランス首相の娘ら賓客が人質にされた事件。
タンカーを乗っ取り東京の沿岸部で爆破して原油汚染させると脅す日本の反原発を唱える極左・環境テロリスト。
コソボでNATOのヘリコプターを撃墜した和平反対派のセルビア人武装勢力。
オマーンの海水処理施設に毒素（クロフDK）を放出するとの脅迫、並びにベルギーのブリュッセルで旅客機をハイジャックした中東の過激派「イスラミック・ヴァンガード」。
ロンドンのテレビ局を占拠しEU各国の中央銀行総裁を人質に取った「ピープルズ・パーラメント」（移民追放を掲げる英国のネオナチ）など、いくつかの凶悪なテロ攻撃に対処する。
やがて、これら一見して関連がなさそうな一連のテロ攻撃の背後にいる人物が、匿名の情報提供者によりアゼルバイジャンの裕福な石油王で、信条的に西洋文化を憎むサメド・ヴェジルザードであることが判明する。
『サメドが...なんというべきか、コントロール不能であることが明らかになったからだ。私はビジネスマン...企業家だ。飛行機の乗客を殺すことは良いビジネスではない。狂気の沙汰だ』
レインボーはこの匿名の情報提供者からヴェジルザードのダーチャ（別荘）がグルジアの黒海沿岸部にあることを知らされる。
レインボーはダーチャに盗聴器を仕掛けてヴェジルザードの手下の話を聞き、マキシム・クトキンというロシア・マフィアがロシア軍の汚職将校から武器を違法に購入していることを知る。
クトキンはヴェジルザードの武器ブローカーで、ロシア・マフィアの超大物 "ゴッドファーザー"ルキヤン・バルスコフの義理の息子である。サンクトペテルブルクにて、クトキンの手下とロシア軍の取引現場に踏み込んだレインボーはその企みを阻止し、兵器級のプルトニウムを回収する。
クレムリンは公には決して認めないが、レインボーのロシア国内での作戦行動を黙認した。
レインボーは残るプルトニウムの行方を追って、ヴィクトル・ルデンコ大佐が管理するムルマンスク近郊のロシア海軍の兵器貯蔵施設にたどり着く。逮捕されたルデンコはクトキンに原爆4発分のプルトニウムをすでに売っており、クトキンはそれをヴェジルザードに転売するつもりだと白状した。
『私は失脚した。 祖国も神も裏切った。 しかし、他にどうすればよかったのか。 給料の支払いは遅滞し、部下には食料もなかった。 モスクワから届くのは空約束ばかりだった。ならず者が繁盛しているのに、なぜ正直者が飢えなければならないのか？』
ヴェジルザードのコンピューターファイルから、クトキンが科学者達を雇ってシベリアの未知の基地で核弾頭の組み立て工程に入っていると知る。
レインボーはスモレンスクにあるクトキンのスパに盗聴器を仕掛け、基地の正確な場所を聞き出す。
その頃、ヴェジルザードはネオ・マルクス主義者からバスク分離主義者まで世界各地にいる配下のテロリストを総動員し、プラハのオペラハウスを襲撃させた。レインボーはチェコに飛び人質となった同国の大統領らを救出した後、まもなく北極圏に向かいクトキンの核兵器製造基地の場所を見つけ出して急襲する。2つの核弾頭は回収されたが、クトキンは残り2つを持って逃走する。
戦略研究所のスーザン・ホルトは、レインボーの匿名の情報提供者が、バルスコフであったことを突き止める。バルスコフは自分の帝国を乗っ取ろうとする義理の息子の貪欲な野心に対し疑念を抱いていた。ホルトは重要な情報を持っているバルスコフに会いに行くが、2人ともクトキンに捕らえられてしまい、彼のスパに監禁される。
『"泥棒に仁義なし "という表現がある。 確かにそうかもしれん。 だが、マキシムは...家族だった。 家族に名誉がなければ、どこにも名誉はない。 ロシアはアメリカのようになってしまった。 今日、重要なのは金であり、名誉でも家族でもない。 資本主義、金だけだ』
バルスコフはレインボーに、クトキンが自らモスクワの車両基地でスーツケースに入った2発の核弾頭をヴェジルザードの部下に届けに行ったことを告げる。 レインボーはその現場に突入し、核兵器の密輸を阻止し、その場にいたテロリスト全員を殺害する。
レインボーはヴェジルザードの部下の一人を尋問し、アゼルバイジャンにあるヴェジルザードの作戦基地の場所を聞き出す。そこは400年前のペルシャの古い要塞で、レインボーはできれば彼を生け捕りにするつもりだったが、ヴェジルザードはレインボーにその選択肢を与えなかった。一方、クトキンはまだ生きていることが明らかになる。モスクワでの取引で、操車場にいたのは本当は彼の副官、影武者だった。
核兵器の製造・販売事業で大儲けする計画が失敗させられたことに激怒したクトキンと、彼に忠誠を誓う者たちは、ウクライナの原子力発電所を掌握する。もはや狂気に呑まれたクトキンは、原子炉の冷却システムを停止してメルトダウンを引き起こしてやると脅す。自分のビジネスを終わらせた復讐として放射性物質をばら撒き、レインボーもろとも出来るだけ多くの人々を一緒に巻き添えにして死ぬつもりだった。 チェルノブイリ原発事故の二の舞を防ぐため、クトキンを射殺し、レインボー部隊は原発の奪還に成功。
バルスコフはヴェジルザードとクトキンを阻止するのを助けたことで免責される。 彼は娘を連れてモスクワを去り、マフィアの仕事は終わったと言ってクトキンの屋敷を手に入れる。 彼はレインボーが以前そこに仕掛けた盗聴器を通して話しかけ、プライバシーがいかに重要であるかを指摘し盗聴器を撃った。
