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第三回十字軍の折、十人のテンプル騎士達がイェルサレムのソロモン神殿内地下墓地に隠されたこのリンゴを発見。そして1191年、当時のテンプル騎士団総長であるロベール・ド・サブレがリンゴを我がものにせんと探索を始める。この再発見に際して、アル・ムアリムの名でも知られるアサシン教団の大導師ラシード・ウッディーン・スィナーンが、三人のアサシン(アルタイル・イブン・ラハド、マリクとカダールのアルシャイフ兄弟)を派遣してこれを阻止、アサシン教団の砦マシャフにこのリンゴを齎した。
アル・ムアリムは、アルタイルがサブレ暗殺に赴く間にリンゴを用いて、アサシンとマシャフの住民を洗脳、自身がリンゴの力に侵されたテンプル騎士である事を露呈した。彼は任務から帰ったアルタイルに対して、リンゴの力を最大限活用して抵抗を試みるも、殺害される。
アル・ムアリムがその死後もリンゴの力を利用して復活を遂げる事を恐れたアルタイルは、死者を火葬してはならないという教団の掟に反してまでもアル・ムアリムの遺骸を焼却、これに対してアサシン達からは賛否両論巻き起こったものの、かつての友にして過去に確執を抱えるライバルであったアッバス・ソフィアンはアルタイルに対して反感を強める結果となった。
この際アッバスは、大導師の書斎からリンゴを奪取してその使用を目論む。しかし、彼にはエデンの果実を操るだけの精神力が無く、リンゴは彼自身を含むアサシン達の生命力を奪い始めた。他のアサシンに比してリンゴに因る影響の小さかったアルタイルは、アッバスの手からリンゴを奪い返し、この惨事を収めた。アルタイルに救われた形のアッバスは自身の非を認め、教団はアルタイルの元に結束する事となる。
この惨事によりリンゴの恐ろしさを身に染みて実感しながらも、アルタイルはその後の生涯の大半をリンゴの研究に費やし、教団の優位を確立する為に様々な新しい武器や技術を開発した。彼はキプロス島へテンプル騎士団を排除しに赴いた際にもリンゴを携行、密かにその研究を継続し、後に写本として伝わる文書を執筆した。
1217年、アルタイルとその妻マリア・ソープ、息子ダリムの三名は、チンギス・ハンを暗殺してモンゴルの脅威を退けるため旅立つ。モンゴルのアサシン、クラン・ガルの協力も受けた一行は任務を成功させ、10年の歳月を経てマシャフに帰還するが、アッバスはアルタイルの不在を良い事に、彼の次男セフを殺害、マリク・アルシャイフを投獄して後には彼をも殺害した。アルタイルの不在の間マシャフを率いていたマリクを投獄したアッバスは、教団を率いる新たな評議会を組織し、自身をその長に据えた。
帰還して息子の死を知らされると共にアッバスの叛乱に直面したアルタイルは、直ちにこれを鎮圧。追い込まれたアッバスはアルタイルに対してリンゴを渡す事を要求し、アルタイルは同じ過ちを繰り返し続ける彼を嘲りリンゴを差し出す。自らリンゴに触れる勇気のないアッバスは、取り巻きのスワミにこれを受け取らせる。そしてアルタイルに、スワミこそが彼の息子であるセフを殺害した張本人であり、更にスワミは殺害の際、セフに対して「これはお前の父アルタイルの指示だ」と偽りを告げていた事を教える。リンゴを受け取ったスワミは、リンゴを介してアルタイルの怒りを受けて錯乱し、マリアを殺害。その場から脱したアルタイルは、自らに以後20年間のアラムトへの追放を課した。
この20年間に彼は、リンゴの研究を更に進め、アサシンブレードに納める小型のピストルなどを開発した。追放を終えたアルタイルは、武力やリンゴの力ではなく自らの徳（ヴィルトゥ）を以てマシャフを奪還、開発したピストルを用いてアッバスを暗殺した。
再び教団を導く地位に戻ったアルタイルは、彼の書物を秘蔵するための書庫建設を命じた。その数年後、ダリムはヴェネツィアの商人であるニッコロとマフェオのポーロ兄弟と出会う。1257年には彼らをマシャフに招待し、彼ら兄弟は既に高齢のアルタイルから直接、アサシンとなるための指導を受けた。
訓練の数ヶ月後、マシャフはチンギス・ハン暗殺の報復を掲げるフラグ・ハン指揮下のモンゴル軍により攻撃を受ける。アルタイルは、ポーロ兄弟に蔵書の数冊、写本、彼の書庫を開ける鍵となる5つの印章を預けた。
モンゴル軍の攻撃を退けた後、アルタイルとダリム親子はマシャフの要塞に帰還し、アルタイルの書庫にて今生の別れを告げた。彼は自らの亡骸と共にリンゴを書庫に保管し、然るべき者だけがこの秘宝に触れられるよう計らったのだ。
16世紀初頭、当時アサシン教団の大導師であったエツィオ・アウディトーレが、アルタイルの書庫に収められた隠された真実を求めてマシャフへの旅路に着いた。
エツィオは、テンプル騎士団の妨害を受けながらも、コンスタンティノープルなどでアルタイルの印章を収集する事に成功し、遂に書庫へと足を踏み入れる。
書庫の中でエツィオが見つけたものは、彼が以前手に入れたものとは別の新たなリンゴであった。しかし、彼はこの秘宝に関わる事無く、そのまま書庫の中へ置いておく事を決意する。
経緯は定かではないが、その後このリンゴは16世紀の英国君主であるエリザベス一世の手元に移った。彼女はその治世に亘ってリンゴの力を統治に用い、彼女が全幅の信頼を寄せていた科学顧問の数学者であるジョン・ディーはエリザベス一世がアーティファクトを所有しているという事実に気付く。彼はプラハに住んでいる期間中にはそのリンゴを自身の手で使いさえした。
現代に入ってからは、このリンゴはマハトマ・ガンディーの手に帰し、インドにおける対英非暴力不服従運動の熱心な支持者たちを獲得するために用いられた。ところが、テンプル騎士団はこの事態を察知し、1948年1月30日にガンディーを暗殺、秘宝を手中に収める事に成功した。
1963年の時点までに、テンプル騎士団は第一、第二の二つのリンゴを入手し、これらはどちらもJ・F・ケネディの暗殺に利用された。事件の際にケネディのリムジンを運転していたシークレットサービスのウィリアム・グリアは第二のリンゴの使用法を訓練され、大統領の死亡後には第三のリンゴを彼から奪取するよう指示を受けていた。
アブスターゴ社は、デンバー国際空港(DIA)の施設内で第二のリンゴの実験を行っていたが、DIA事件と呼ばれる衛星の打ち上げ事故によって秘宝を失ってしまう。
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