| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| メトロイドフュージョン アレンジバージョン | ボーナストラック 編曲：細江慎治 |
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| タイトル | |||
| セクター1(SRX)SR388再現エリア | 「Samus Archives」での曲名は「セクター1(SRX)」 | ||
| 環境音(静寂1) | スターシップでのブリーフィング イシュタル撃破ミッションのブリーフィング |
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| 環境音(緊張) | 特別保管庫の調査時 補助電源入れた後のブリーフィング セクター6のボクス破壊ミッションのブリーフィング |
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| 環境音(衝撃) | 特別保管庫の調査後のブリーフィング 動力炉停止のトラブルを絶った後のブリーフィング ラスボス戦 |
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| 巨大生命反応へ向かえ | |||
| 対決前緊張 | ボス戦前 | ||
| VS.マルカラ | |||
| X侵入発覚 | マルカラ撃破後のブリーフィング | ||
| ナビゲーションルーム | |||
| VS.コアX,鳥人像第二形態 | |||
| 環境音(不穏) | 止まった中央動力炉 シークレットラボ サムスの説得 |
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| セクター2(TRO)熱帯エリア | |||
| VS.ザザビー,バリアコアX | |||
| 環境音(静寂2) | アダムと謎の人物との会話 動力炉停止による停電時 シークレットラボ切り離し後のブリーフィング |
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| セクター4(AQA)水位制御エリア | |||
| VS.イシュタル,ゲドゥ | |||
| セクター3(PYR)高温地帯エリア | |||
| VS.ボクス | |||
| セクター6(NOC)暗闇エリア | |||
| SA-X出現 | サントラでは出現、捜索時と発見時のBGMが一括りでまとめている | トラウマ66位 | |
| セクター5(ARC)低温地帯エリア | |||
| セクター3緊急事態発生 | |||
| セクター3冷却装置回復タイマーミッション | ナイトメア撃破ミッション、シークレットラボ切り離し後のセクター1突破ミッション、SA-X吸収後のラスボス戦にも使用 | ||
| 環境音(陰謀) | 冷却装置回復ミッション後のブリーフィング 任務終了を告げるブリーフィング |
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| VS.鳥人像第一形態 | |||
| VS.ナイトメア | |||
| セクター4(AQA)水中エリア | |||
| VS.ネオリドリー | |||
| 最終指令 | スーパーミサイル入手後のブリーフィングではイントロ部のみが流れる | GBA152位 | |
| VS.SA-X | |||
| ステーション脱出タイマーミッション | スーパー「大ボス対決BGM（リドリー，ドレイゴン）」もしくは「脱出」のアレンジ | ||
| エピローグ | |||
| エンディング | |||
| 登場ジングル | |||
| アイテム取得ジングル |
