| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| Pray | 目黒将司 | 1のOP 歌：桑島法子 |
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| 混沌 | タイトル画面 | ||
| Tribal War | |||
| セラフィータ | |||
| Embryon | |||
| Assignmen | |||
| Muladhara | ムラダーラ | アトラス75位 | |
| Svadhisthana | スワディスターナ外観 | ||
| Hideout Of The Chickens | アサインメンツアジト | アトラス213位 | |
| Sahasrara | サハスララ外観 | アトラス114位 | |
| Junk Yard | ジャンクヤード全景 | アトラス213位 フィールド385位 | |
| Arms | 土屋憲一 | ベンダー | |
| Karma Terminal | 大カルマ端末 | ||
| アートマ | 目黒将司 | ||
| Be Fed Up | |||
| Burning Stake | ハーリー・Qのテーマ | ||
| 飢え | |||
| Manipura | マニプラ外観 | ||
| Anahata | アナハタ外観 | ||
| Point136 | 土屋憲一 | ポイント136 | |
| Pray-セラの祈り- | 目黒将司 | 歌：桑島法子 | |
| Eat Them All | |||
| Operation | |||
| Sonic Wave | バットのテーマ | ||
| What's Your Name | |||
| Steel Coffin | 巨船の残骸① | ||
| Steel Coffin -The Second Movement | 巨船の残骸② | ||
| River Of Samsara | 地下水道① | アトラス213位 | |
| River Of Samsara -The Second Movement | 地下水道② | ||
| Sweet Home | ブルーティッシュキャンプ | ||
| Solar Eclipse | ミック・ザ・ニックのテーマ | ||
| 阿修羅 | |||
| Aurora | ジナーナのテーマ | ||
| 陽動 | |||
| Too Late | |||
| Spider's String | ラストダンジョン① | ||
| Spider's String -The Second Movement | ラストダンジョン② | アトラス213位 | |
| Ajna | アジュニャー外観 | ||
| Hunting Field | 土屋憲一 | ||
| Hunting Field -The Second Movement | |||
| Disc2 | |||
| Pray -A Cappella Version- | 目黒将司 | 歌・桑島法子 | |
| Meow Meow | |||
| ファイアーボール | ヒートのテーマ | ||
| ミートボール | |||
| 仲間 | |||
| Seismic Wave | アルジラのテーマ | ||
| Man's Tomb | ソリッドのシタデル | ||
| Man's Tomb -The Second Movement | |||
| Blade | フィールドハント | ||
| Mantra | マントラ取得画面 | ||
| Never Ending Rain | コンフィグ画面 | ||
| Level Up | レベルアップ | アトラス213位 | |
| Silver Fox | |||
| What Is It To Live A Life | |||
| Brutish | |||
| 狼の誇り | |||
| Daydream | |||
| Hunting | 1の通常戦闘 | アトラス42位 | |
| Hunting -Surprise Raid- | 1の通常戦闘（不意打ち） | アトラス213位 | |
| Hunting -Complusion | 1の強制戦闘 | アトラス114位 | |
| Hunting -Comrades | 1のボス戦闘 | アトラス114位 | |
| Hunting -Rare Devil | 1のレア悪魔戦闘 | ||
| Relief | 1の戦果画面 | ||
| Big Battle -Prelude | |||
| Big Battle | トライブボス戦 | 第5回986位 アトラス25位(1) アトラス213位(2) | |
| Samsara | |||
| Pray -Instrument Version- | |||
| Lava Flow | ルーパのテーマ | ||
| Turbulence | バロン・オメガのテーマ | ||
| テクノシャーマン | |||
| Malestrom | エンジェルのテーマ | ||
| Water Crown | サーフのテーマ | アトラス213位 | |
| Hari-Hara | 1のラスボス第一形態戦 | アトラス75位 | |
| Hari-Hara -The Second Movement | 1のラスボス最終形態戦 | アトラス155位 | |
| 必ずまた… | |||
| The Rain Stopped | 1のED | アトラス75位 エンディング167位 | |
| Disc3 | |||
| Alive | 目黒将司 | 2のOP 歌：桃田佳世子 コーラス：川村ゆみ |
アトラス213位 第2回ゲームソング190位 オープニング165位 |
| Om Mani Padme Hm | プロローグ① | アトラス91位 | |
| 贖罪 | プロローグ② タイトル画面 | ||
| The End Of Junkyard | |||
| Hide Out | |||
| Amaravati | 占拠された地下街 | ||
| 人間狩り | |||
| Road To Sodom | 海底ケーブル | ||
| Road To Sodom -The Second Movement | |||
| Recollection | |||
| 脅迫 | |||
| あなたの中の愛は死んでしまったの？ | |||
| Betrayer | |||
| Meeeeaaaat! Processing Plant | 収容所① | ||
| Prisoner's Nightmare | 収容所② | ダンジョン364位 | |
| Underground City | 地下街 | ||
| Urban Area | カルマシティ | アトラス213位 | |
| Scheme Of Betrayal | |||
| 受け継がれる意志 | アトラス155位 | ||
| トリブヴァーナ | トリブヴァーナのテーマ | ||
| Heat | |||
| Power Plant Dome | 各ダンジョン外観 | ||
| Tower Of Reunion | カルマ協会本部 | ||
| Egg Of The Universe | EGG施設（1回目） | ||
| エンジェル | |||
| Defeat | |||
| 叫び | |||
| ちっともおもしろくねえよ | |||
| Mad Mart | マッドマート | ||
| Karma Terminal | 大カルマ端末 | ||
| Mantra | マントラ取得画面 | ||
| Disc4 | |||
| Indra | 目黒将司 | ||
| Karma | アトラス213位 | ||
| Meghnada | |||
| What Is It To Live A Life | |||
| Schrddinger | |||
| Battle For Survival | 2の通常戦闘 | 第3回131位 第5回415位 第6回474位 第7回700位 第8回811位 第9回484位 第10回744位 第11回946位 第16回838位 アトラス7位 RPGバトル125位 PS2 67位 2000年～2007年192位 通常戦闘曲136位 | |
| Madness | 2の通常戦闘・羅刹化 | 第5回986位 第6回836位 アトラス50位 | |
| Hunting Betrayal | 2の強制戦闘 | アトラス42位 | |
| Heroic Battle | 2のボス戦闘① | アトラス91位 | |
| Relief | 2の戦果画面 | ||
| Level Up | レベルアップ | ||
| Memory | |||
| Let Him Go | |||
| No Regret | |||
| Regret | |||
| Five Years Before | EGG施設（2回目） | ||
| Rest In Peace, My Friend | 動力プラント | ||
| One-Way Stairs | 空港施設 | アトラス213位 | |
| Nirvana | ラストダンジョン | ダンジョン296位 宇宙181位 | |
| 太陽へ | |||
| Seraph | |||
| Epic Battle -Prelude | |||
| Epic Battle | 2のボス戦闘② | 第2回224位 第5回603位 第6回607位 アトラス13位 | |
| Brahman | 2のラスボス戦 | 第6回641位 アトラス36位 ラストバトル31位 | |
| Entreaty | |||
| One Word | |||
| The Rising Sun | アトラス155位 | ||
| Om Mani Padme Hm -Staffroll Arrange- | 2のスタッフロール | アトラス62位 エンディング284位 | |
| 配信版収録 | |||
| Pray -Long Version- | 目黒将司 | 歌：桑島法子 | |
| デジタルデビルサーガ | ミニゲーム | ||
| デジタルデビルサーガ (demo) | 真・女神転生Ⅲ用に作成されていたデモ曲 | ||
| 未収録 | |||
| タイムカプセル | サントラ未収録曲。歌：as | ||
