| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| オープニング | 土屋憲一 | オープニング曲 ピアノ：田崎寿子 |
アトラス155位 オープニング52位 第2回オープニング326位 |
| 緊張 | |||
| 七姉妹学園A | アトラス213位 | ||
| 乗り物操縦 | |||
| ヒーロー・テーマ | |||
| 時間城 | 田崎寿子 | ショップ「時間城」テーマ | |
| シルバーマン邸 | |||
| コミカル路線 | |||
| ボス戦闘 | 土屋憲一 | ボス戦闘曲 | アトラス32位 初代PS88位 |
| フィレモン・テーマ | 田崎寿子 | ||
| 予感 | |||
| 黒須・テーマ | 黒川真毅 | 黒須淳のテーマ曲(ジョーカー・テーマのアレンジ) | |
| 栄吉・テーマ(悲しい) | 黒川真毅 | ||
| MAP珠閒瑠市 | 序盤～中盤タウンマップ曲 | 町曲159位 アトラス155位 フィールド199位 | |
| ラーメンしらいし | |||
| 葛葉探偵事務所 | 田崎寿子 | ||
| サトミタダシ～平坂店 | 歌：坂本拓己 | 和風250位 | |
| 富永カイロプラティック | |||
| 悪の胎動 | |||
| 七姉妹学園B | |||
| ギンコ・テーマ | 土屋憲一 | ギンコことリサ・シルバーマンのテーマ曲 | |
| 舞耶・テーマ | 土屋憲一 | 天野舞耶のテーマ曲 | |
| メインテーマB | |||
| ゆきの・テーマ | 土屋憲一 | ||
| がってん寿司 | |||
| PEACE DINER | |||
| 珠閒瑠ジプシー | |||
| サトミタダシ～夢崎店 | 歌：Tonny&Sam | ||
| ゾディアック | 田崎寿子 | ||
| イベントシーンA | |||
| 春日山高校 | アトラス213位 | ||
| 防空壕 | |||
| 安らぎ | |||
| 狂宴 | |||
| カジノ～ムー大陸 | |||
| ムー大陸 | |||
| ギガ・マッチョ | 田崎寿子 | ||
| 流星野郎のSOUND MAX | |||
| CDショップ～ギガ・マッチョ | 土屋憲一 | ||
| 青葉公園 | アトラス91位 | ||
| 野外音楽堂 | |||
| ギンコ・テーマ(悲しい) | 土屋憲一 | ||
| 仮面党4幹部 | |||
| Time Count | |||
| W.SLASH | |||
| ROSA-CANDIDA～青葉店 | |||
| サトミタダシ～青葉店 | 田崎寿子 | 歌：田崎寿子(せりーぬ田崎) | |
| etheria | |||
| スマイル平坂 | |||
| foolishボス | 黒川真毅 | ||
| 勇者登場 | |||
| トリッシュの泉 | |||
| 回想(苦しい) | |||
| メインテーマA | アトラス213位 | ||
| 戦闘 | 土屋憲一 | 通常戦闘曲 | アトラス213位 |
| ベルベットルーム | 田崎寿子 | 第1回24位(シリーズ) アトラス42位 ピアノ184位 初代PS166位 歴代237位 | |
| ゴールド | |||
| イン・ラケチ | |||
| イベントシーンB | |||
| アラヤ神社 | |||
| 岩戸山 | |||
| 祭囃子 | |||
| サトミタダシ～港南店 | |||
| Jolly Roger | |||
| 倫敦屋 | |||
| 柊サイコセラピー | |||
| BIKINI LINE | |||
| 東亜ディフェンス | |||
| TONY'S SHOP | |||
| ルナパレス港南 | |||
| 蝸牛山 | アトラス213位 ダンジョン258位 | ||
| 聖槍騎士団 | 土屋憲一 | 聖槍騎士団戦、ヒトラー戦 | 第11回541位 第12回866位 第13回721位 第14回554位 第15回629位 アトラス32位 初代PS73位 |
| ゆきの・テーマ(悲しい) | 土屋憲一 | ||
| カラコル | |||
| シャドウ | |||
| ペルソナ様 | |||
| 舞耶・テーマ(悲しい) | 土屋憲一 | アトラス114位 | |
| ジョーカー・テーマ | 黒川真毅 | ||
| MAP珠閒瑠市～シバルバー | |||
| 獅子宮 | |||
| ROSA-CANDIDA～蓮華台店 | |||
| kaori | |||
| サトミタダシ～蓮華台店 | 沖辺美佐紀 | 歌:里見直 | |
| 本丸公園 | |||
| 公共施設 | |||
| 天蠍宮 | |||
| 回想(懐かしい) | アトラス213位 | ||
| 金牛宮 | アトラス155位 | ||
| Le Cleir-de-lune | |||
| 宝瓶宮 | |||
| anime mundi | アトラス213位 | ||
| 天の川 | |||
| 廃工場 | |||
| 危険 | |||
| シバルバー | |||
| 橿原 | 橿原(ニャルラトホテプ)のテーマ | アトラス213位 | |
| 最終ボス戦闘 | 土屋憲一 | ラスボス戦 | ラストバトル287位 アトラス114位 |
| 舞耶死す | 土屋憲一 | ラストイベント | アトラス213位 ピアノ93位 第2回ピアノ405位 |
| エンディングムービー | エンディングのムービーの曲 | ||
| 戦闘コンタクト | コンタクト時サウンドエフェクト集 | ||
| 栄吉・テーマ | 田崎寿子 | ミッシェルのテーマ曲だが本編未使用 | |
| ラストバタリオン | |||
| JOKER | 歌:小西寛子 | ||
| ペルソナ音頭 | 歌:子安武人(伯備三太郎) | ||
| 君のとなり | 作：hitomi 編：吉俣良 |
歌：hitomi テーマソング兼エンディング、PS版サウンドトラック未収録 |
ゲームソング58位 第2回ゲームソング112位 アトラス213位 エンディング86位 |
