| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| NEOGEO SOUND LOGO | 山田泰正 | ||
| CREDIT | 効果音 ネオジオ汎用のもの |
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| THE MILITARY SYSTEM (操作説明、ランキング) | 冷牟田卓志 | 原曲：初代より「The Military System」 | |
| BARRACKS (キャラクターセレクト) | 原曲：『2』より同名曲 | ||
| 蒼海の牙 -Dr.モローの島- (MAIN THEME FROM METAL SLUG 3) (ステージ1) |
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| マリンダイバー (ステージ1分岐ルート～深海) |
原曲：『アイレム・エア・デュエル』より「ミッション3」 | ||
| THE UNKNOWN WORLD (ステージ1分岐ルート ～核施設、UFO内通路1) |
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| STEEL BEAST 7 BEATS (ボステーマA) | 冷牟田卓志 | 7拍子 原曲：初代より「Steel Beast 5 Beats」 |
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| CARRY OUT (ステージクリア) | 原曲：初代より「Carry Out」 | ||
| 真夜中の彷徨 (ステージ2) | 堀内正人 | ||
| 魔の雪洞 (ステージ2分岐ルート～氷の洞窟) |
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| METAMORPHOSIS (ボステーマB) | 冷牟田卓志 | 原曲：『2』より同名曲 | |
| 浅い海 (ステージ3) | |||
| ハード海中 (ステージ3分岐ルート～地下水路) |
Q_JIROU | ||
| ASSAULT THEME (ステージ3分岐ルート～橋、ステージ5-2) |
冷牟田卓志 | 原曲：初代より「Assault Theme」 | |
| ひみつ工場 (ステージ3分岐ルート～兵器工場) |
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| 砂漠 (ステージ4) | 堀内正人 | 砂漠・荒野284位 | |
| ピラミッド (ステージ4分岐ルート～ピラミッド) |
井内舞子 | ||
| THE CENOTAPH (ステージ4分岐ルート～遺跡) |
冷牟田卓志 | 原曲：『2』より同名曲 | |
| 日本兵 (ステージ4分岐ルート～旧正規軍アジト) |
和田由彦 | ||
| 空へ (ステージ5-1) | 井内舞子? (*2) | ||
| THE KIDNAPPING (宇宙人出現) | |||
| 宇宙へ (宇宙空間) | 宇宙159位 | ||
| KISS IN THE DARK (敵UFO内部) | 冷牟田卓志 | 原曲：『2』より同名曲 | |
| FIRST CONTACT (UFO内通路2) | 原曲：『2』より同名曲 | ||
| BIOINFORMATICS (UFO内通路3) | |||
| ESCAPE (UFO脱出) | 和田由彦 | ||
| FINAL ATTACK (最終ボス) | 冷牟田卓志 | 原曲：初代より「Final Attack」 | 第2回99位 アーケード36位 第2回ラストバトル247位 |
| END TITLE AGAIN (最終演出～スタッフロール) | 原曲：初代より「End Title」 | ||
| GRAVESTONE (ゲームオーバー) | 原曲：初代より「Gravestone」 |
