錬金術で栄華をきわめた文明が衰退し、滅びを迎えつつある黄昏の大地を舞台に、
薬師の少女アーシャが行方不明になった妹のニオを取り戻すために、錬金術と光る花の秘密を知る旅に出る
| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| 花標(Full Ver.) | 柳川和樹 | オープニングテーマ 歌：野見山睦未 |
癒し198位 第2回オープニング174位 |
| 献花 | 柳川和樹 | タイトル画面 公式サイトBGM01 |
2012年314位 ピアノ172位 |
| 導き | 阿知波大輔 | ニオ関連イベント、ラストダンジョンなど | |
| 追憶の丘 | 阿知波大輔 | アトリエ：アーシャのアトリエ・ニオ救出前 | 第13回596位 第2回ガスト59位 |
| 眠る地 | 柳川和樹 | アルトゥール薬草園 | 第13回692位 一面188位 |
| 幻影 | 阿知波大輔 | ||
| Journey to the New World | 下田祐 | アーシャのテーマその1 | |
| 誘いの花 ～ 春 | 柳川和樹 | ワールドマップ：辺境部 | 第16回516位 第2回ガスト109位 |
| 涸れ谷に雨を | 柳川和樹 | 涸れ谷 | 2012年440位 第3回掘り出し219位 |
| Sylpheed | 阿知波大輔 | 通常戦闘：平原・野原 ほか | 第7回726位 第8回906位 第11回593位 2012年111位 RPGバトル352位 第2回ガスト89位 |
| 辺境の笑い声 | 柳川和樹 | リーゼンガング | 第3回掘り出し298位 |
| Excavate Polka | 下田祐 | レジナのテーマ、アトリエ：リーゼンガング | |
| 今日も今日とて | 阿知波大輔 | ||
| 花薫る森 | 阿知波大輔 | 採取地：林 | |
| 一筋の光 | 柳川和樹 | 隧道跡 | |
| いってみよ！ | 阿知波大輔 | 採取地開示時 | |
| 大通りを歩けば | 柳川和樹 | フィルツベルク | |
| 雛鳥 | 柳川和樹 | ウィルベルのテーマ | |
| うしにひかれて | 阿知波大輔 | ||
| 北風のミュゼット | 阿知波大輔 | アトリエ：フィルツベルク 公式サイトBGM03 |
第9回873位 第13回521位 第15回763位 第16回307位 第17回752位 2012年159位 第2回ガスト101位 |
| 風と大地と腹の虫のソネット | 阿知波大輔 | ラナンの演奏曲 | |
| タンゴムシ | 柳川和樹 | ||
| よろしくね！ | 阿知波大輔 | 仲間加入時 | |
| 気配は霧より儚く | 柳川和樹 | ハロス村 | |
| サイレンとヒル | 阿知波大輔 | ||
| Gnome | 阿知波大輔 | 通常戦闘：遺跡内部 ほか | |
| 傍らに咲く花 ～ on orgel | 柳川和樹 | 想い出記入時 | |
| Pen and the Sword | 下田祐 | リンカのテーマ | |
| 接近 | 阿知波大輔 | ボス登場テーマ | |
| 昨日の敵は今日の材料 | 柳川和樹 | ボス戦闘 | 第6回312位 第7回88位 第8回41位 第9回39位 第10回62位 第11回69位 第12回121位 第13回143位 第14回319位 第15回149位 第16回187位 第17回268位 2012年26位 RPGバトル19位 歴代203位 第2回ガスト10位 ボス戦41位 |
| Sagittarius | 阿知波大輔 | ボス戦闘：敵瀕死時 | 2012年259位 |
| Milkyway | 阿知波大輔 | 戦闘勝利 | |
| Disc2 | |||
| 誘いの花 ～ 夏 | 柳川和樹 | ワールドマップ：中央部 | 第10回785位 2012年406位 夏20位 第2回ガスト39位 |
| 大地の囁き | 柳川和樹 | 採取地：高原 | |
| 平々凡々 | 柳川和樹 | 汎用キャラテーマ | |
| 覚えるよ！ | 柳川和樹 | チュートリアル | |
| 本の棺と自動人形 | 柳川和樹 | 弐番館 | 2012年340位 ダンジョン173位 |
| 紫煙 | 柳川和樹 | キースグリフのテーマ | |
| 姉さん事件です | 阿知波大輔 | ||
| 秘宝を求めて | 柳川和樹 | エステン湿原 コーラス：霜月はるか |
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| Undine | 阿知波大輔 | 通常戦闘：森 | 2012年366位 |
| 硝子の花綿 | 柳川和樹 | グラス工房跡 | |
| レシピッピ | 柳川和樹 | レシピ本を読むとき | |
| わたしの歩幅で | 柳川和樹 | 採取地：街道 | |
| マーチャント・マーチ | 阿知波大輔 | 汎用キャラテーマ | |
| すたーとん！ | 柳川和樹 | 品評会審査開始 | |
| スカポン探知機77AVturboZmkIISR | 阿知波大輔 | ||
| りざるとん！ | 阿知波大輔 | 品評会審査終了 | |
| 雫の踊り | 柳川和樹 | リーゼンガングの遺跡 | |
| 広場で一休み | 柳川和樹 | ホルンハイム | |
| 陽光のロンド | 阿知波大輔 | アトリエ：ホルンハイム | 夏243位 |
| 誘いの花 ～ 秋 | 柳川和樹 | ワールドマップ：塩の砂漠・浮遊地帯 | 第9回751位 第10回796位 第15回644位 第16回404位 第17回631位 第2回ガスト36位 |
| The Man in the High Mountain | 下田祐 | ユーリスのテーマ | |
| 陽炎 | 柳川和樹 | 塩の砂漠・灯 他 | |
| 対峙 | 阿知波大輔 | ボス登場テーマ | |
| Salamander | 阿知波大輔 | 通常戦闘：塩の砂漠 | |
| 染まる頬は夕日色 | 柳川和樹 | ||
| まほろば | 阿知波大輔 | 採取地：森 | |
| Frostflower | 阿知波大輔 | シナリオラストボス戦直後シーン | |
| 明日は明日とて | 阿知波大輔 | 休憩時 | |
| きらきら | 柳川和樹 | ホムンクルスの街 | |
| 鼻毛戦記 | 阿知波大輔 | ||
| バザールでゴザーイ | 柳川和樹 | フィルツベルク（バザール開催時）・品評会 | |
| 颯々爽々 | 阿知波大輔 | 汎用キャラテーマ | |
| ありがとん！ | 柳川和樹 | アイテム入手イベント | |
| Disc3 | |||
| 誘いの花 ～ 冬 | 柳川和樹 | ワールドマップ：ラストダンジョン周辺 | |
| 顕現 | 阿知波大輔 | ボス登場テーマ | |
| Slag Toccata | 柳川和樹 | ボス戦闘：フォートレス | |
| 傍らに咲く花 | 柳川和樹 | ニオのテーマ | 第11回798位 ピアノ44位 |
| 夢を織る家(Recorder Ver.) | 阿知波大輔 | アトリエ：アーシャのアトリエ・ニオ救出後 ボーカルあり版に変更可 |
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| 浮かぶ島々 | 柳川和樹 | 採取地：浮遊地帯 公式サイトBGM02 |
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| Close to the Edge | 下田祐 | ボス戦闘：風の王 | 2012年475位 RPGバトル403位 |
| 技術の残滓 | 柳川和樹 | 黄昏の工房 他 | |
| Artemis | 阿知波大輔 | 通常戦闘：ラストダンジョン 他 「追憶の丘」アレンジ |
2012年289位 第2回掘り出し129位 第2回ガスト84位 通常戦闘曲167位 |
| 遥か遠い場所 | 柳川和樹 | 塩の砂漠 | |
| 月導 | 柳川和樹 | スタインフェーダー | |
| Slag Dance | 柳川和樹 | ボス戦闘：機械仕掛けの空竜 | |
| 揺れる髪飾り | 柳川和樹 | アーシャのテーマその2 | |
| 種 | 柳川和樹 | 「花標」アレンジ | |
| Altair | 阿知波大輔 | エンディングテーマ 歌：Annabel |
第2回エンディング212位 第2回掘り出し90位 |
| FJ：メテオストーム | 阿知波大輔 | 必殺技とどめ演出時 | |
| FJ：レイディエンド | 阿知波大輔 | ||
| FJ：レイジングエッジ | 阿知波大輔 | ||
| FJ：グランドスラム | 阿知波大輔 | ||
| FJ：エンシェントワン | 阿知波大輔 | ||
| FJ：パナすぺしゃる（ずんどこ） | 阿知波大輔 | ||
| FJ：パナすぺしゃる（てってけ） | 阿知波大輔 | ||
| FJ：パナすぺしゃる（にんにお） | 阿知波大輔 | ||
| FJ：パナすぺしゃる（ハズレ） | 阿知波大輔 | ||
| 花標(OP Edit) | 柳川和樹 | ||
| 花標(Off Vocal) | 柳川和樹 | ||
| 花標(Instrumental) | 柳川和樹 | ||
| Altair(Off Vocal) | 阿知波大輔 | ||
| Altair(Instrumental) | 阿知波大輔 | ||
| ボーカルアルバム「Twilight Hour」収録 | |||
| Mystic Pendulum | ルルティア | ワールドイメージテーマ 歌：ルルティア |
第2回ガスト111位 |
| いばら | 柳川和樹 | おひるねイベント 歌：やなぎなぎ |
第2回ガスト140位 |
| Stargazer | 阿知波大輔 | ボス戦闘：古の誓いの竜 歌：紗也 |
2012年264位 第2回ガスト132位 |
| 黄昏 | 作：下田祐 編：阿知波大輔 |
光る花イベント 歌：妙 |
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| MARIA | 阿知波大輔 | ボス戦闘：シナリオラストボス 歌：霜月はるか |
第6回632位 第8回220位 第9回242位 第10回312位 第12回718位 第13回692位 第14回519位 第15回784位 第16回421位 第17回598位 2012年100位 RPGバトル104位 第3回ゲームソング198位 第2回ラストバトル158位 |
| 宵の星 | 中島優美 | ラストボス戦後イベント 歌：チリヌルヲワカ |
第13回832位 |
| 夢を織る家 | 阿知波大輔 | アトリエ：アーシャのアトリエ・ニオ救出後 歌：霜月はるか |
第2回ガスト124位 |
| DLC追加曲（エスカ＆ロジーのアトリエ リコレクションアーカイブス収録） | |||
| フラワリー・オレンジペコ | 下田祐 | ||
| 私をダンジョンへ連れてって | |||
| 少女は道を歩いている | |||
| 前略、東路の道の果てより | 2012年422位 | ||
| ウシの楽園 -Caw Caw Heaven- | 採取地：うしの楽園 | ||
| FJ：夕陽のマリオン | 必殺技とどめ演出時 | ||
| FJ：オディーリアと戦慄 | |||
| Promised Gemini | 阿知波大輔 | ||
| Promised Gemini(Gt. Ver.) | |||
| Nefertiti(Ver.MMXI) | 作：阿知波大輔 編：平松俊紀 |
メルルのアトリエのビジュアルアートブックに収録 | 第13回505位 ガスト44位 |
