| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 今作の新曲 | |||
| トップメニュー | DLC楽曲をダウンロードした場合、トップメニュー画面のBGMがそちらに置き換えられるため注意 | ||
| すがたが……ポケモンに…… | |||
| はじめての出会い | |||
| でこぼこ山 | 2012年221位 一面202位 | ||
| いらいクリア！ | |||
| ポケモンパラダイス | ポケモンパラダイスBGM (荒れ果て谷クリアまで) | ||
| よっておいで！宿場町！ | |||
| 宿場町の大工 | |||
| 石の洞窟 | |||
| ヘンだよね……？ | |||
| カゲロウ峠 | |||
| 夢の中の声 | |||
| せまるきょうふ | |||
| ボスバトル | |||
| 絶望 ライトアレンジ | |||
| 絶望 スーパーライト | |||
| 希望 ライトアレンジ2 | |||
| カゲロウ峠 高地 | |||
| 希望 ライトアレンジ1 | |||
| トントン山 | ポケモン418位 | ||
| 不思議な世界 | |||
| みんな なんなんだよ…… | |||
| 荒れ果て谷 | |||
| せまるきょうふ アレンジ | |||
| ポケモンの仲間達 | |||
| 希望のテーマ | 2012年340位 ポケモン330位 | ||
| 希望のテーマ マーチ | |||
| ポケモンパラダイス2 | ポケモンパラダイスBGM (Vルーレット実装イベントまで) | ||
| Vルーレット | |||
| カクレオンのお店 | |||
| わるものだぁ！ | |||
| 氷の秘境 アレンジ1 | |||
| シキサイの森 | ポケモン347位 | ||
| やさしさにふれて | |||
| おやすみなさい | |||
| 奥底にひそむもの | |||
| ポケモンの仲間達 アレンジ | |||
| ドウコクの谷 | |||
| ドウコクの谷 奥地 | |||
| 夢と希望と | |||
| 氷の秘境 アレンジ2 | |||
| マグナゲート | |||
| たくした思い | |||
| 地脈のはざま | |||
| 氷の秘境 | |||
| 大氷河 | 2012年422位 冬・雪・氷98位 | ||
| 氷の地下道 | |||
| グレッシャーパレス | |||
| グレッシャーパレス 最上部 | |||
| 奥底にひそむもの アレンジ１ | |||
| 思いやりと真心と | |||
| グノウエア間道 | ポケモン198位 | ||
| モンスターハウスだ！ | |||
| 闇夜の森 | |||
| やみにまぎれて | |||
| 暗がりの中で…… | |||
| あかつきの山岳 | |||
| あかつきの山岳 高地 | |||
| 急襲！サザンドラ！ | |||
| イエローキャニオン | |||
| カレカレ草原 | |||
| 風穴の丘 | 2012年163位 ポケモン300位 | ||
| しかけられたワナ | |||
| 決戦！風穴の丘！ | |||
| カエン砂漠 | 2012年248位 ダンジョン312位 ポケモン81位 夜303位 砂漠・荒野110位 | ||
| キュレム接近 | |||
| 絶望 ヘビーアレンジ | |||
| 奥底にひそむもの アレンジ2 | |||
| 希望 ライトアレンジ3 | |||
| シアンの迷い道 | |||
| シアンの迷い道 最奥部 | |||
| グレッシャーパレス 東の塔 | |||
| グレッシャーパレス 西の塔 | |||
| グレッシャーパレス 大結晶の塔 | 2012年82位 第2回任天堂131位 冬・雪・氷30位 ダンジョン290位 ポケモン96位 第2回ポケモン204位 | ||
| 運命を守るもの | |||
| キュレム！宿命の戦い！ | 2012年322位 | ||
| 絶望 ハイパーヘビー | |||
| きこえる…… | |||
| はげましの声 | |||
| 氷触体戦 ファースト | |||
| 失望の風 | |||
| もう一度！あの虹を！ | |||
| 氷触体戦 セカンド | 第7回325位 第8回671位 第10回850位 第12回571位 第13回909位 2012年33位 第2回任天堂109位 冬・雪・氷29位 RPGバトル331位 ポケモン64位 第2回ポケモン199位 第2回ラストバトル130位 | ||
| いつもの景色……そして…… | |||
| 希望の虹 | |||
| 平和のうたげ | |||
| 思い出の家 | |||
| 光に包まれて イントロ | |||
| 光に包まれて | |||
| パラダイスが見えてきた…… | |||
| キミが忘れても | |||
| フリズム | |||
| エンディング | いとうけいすけ(*1) | ||
| 伝説との戦い | |||
| 無限大ダンジョン1 | |||
| 無限大ダンジョン2 | |||
| 無限大ダンジョン3 | |||
| まぼろしのでこぼこ山 | |||
| まぼろしの風穴の丘 | |||
| まぼろしのカゲロウ峠 | |||
| おたからサルベージ | |||
| ツンベアーホッケー | |||
| ダウンロードコンテンツ(DLC)追加曲 | |||
| ハガネ山 | 救助隊:ハガネやま DLC「ポケの森」に収録 |
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| レックウザとの戦い | 救助隊:伝説のポケモン戦 DLC「ポケの森」に収録 |
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| 新たなる冒険 | 救助隊:ちてい いせき （探検隊:[#82]そらのいただき(どうくつ)） DLC「つたつたパーク」に収録 |
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| 別れの時…… | 救助隊:パートナーとの別れ DLC「つたつたパーク」に収録 |
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| マクノシタ訓練所 | 救助隊:くんれんじょ DLC「みじゅいろビーチ」に収録 |
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| 逃亡の旅 | 救助隊:とうひこう DLC「みじゅいろビーチ」に収録 |
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| 電磁波の洞窟 | 救助隊:でんじはの どうくつ DLC「ぴかぴかランド」に収録 |
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| エンディング 救助隊 | 救助隊:モノローグ～スタッフクレジット DLC「ぴかぴかランド」に収録 |
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| おおいなるきょうこく | 救助隊:おおいなる きょうこく DLC「キバキバロック」に収録 |
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| 夢の中のサーナイト | 救助隊:夢の中(中盤から) DLC「キバキバロック」に収録 |
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| 炎の山 | 救助隊:ほのおの やま DLC「ぽかぽかマウンテン」に収録 |
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| 巨星接近！ | 救助隊:隕石接近 DLC「ぽかぽかマウンテン」に収録 |
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| 修行の山 | 探検隊:[#93]しゅぎょうのやま DLC「修行の山」に収録 |
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| プクリンギルド | 探検隊:[#8]プクリンのギルド DLC「修行の山」に収録 |
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| 沿岸の岩場 | 探検隊:[#30]えんがんのいわば DLC「スキル・トレジャー」に収録 |
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| トレジャータウン | 探検隊:[#14]トレジャータウン DLC「スキル・トレジャー」に収録 |
町曲28位 | |
| ランダムダンジョン2 | 探検隊:[#99]ランダムダンジョン2 DLC「カクレオンのバザー」に収録 |
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| 時の歯車 | 探検隊:[#61]ときのはぐるま DLC「カクレオンのバザー」に収録 |
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| リンゴの森 | 探検隊:[#29]リンゴのもり DLC「スイーツ・ロード」に収録 |
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| 夕暮れの海岸で | 探検隊:[#4]ゆうぐれのかいがんで (ただしイントロのクワイアが「逃亡の旅」と同じ音階になっている) DLC「スイーツ・ロード」に収録 |
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| 幻の大地 | 探検隊:[#58]まぼろしのだいち DLC「究極の荒野」に収録 |
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| 時の海を越えて | 探検隊:[#62]ときのうみを こえて DLC「究極の荒野」に収録 |
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| 時限の塔 | 探検隊:[#64]じげんのとう (ただしフルート部分に若干の違いがある) DLC「最強の山道」に収録 |
掘り出し1位 | |
| 決戦！ ディアルガ! | 探検隊:[#68]けっせん！ディアルガ！ （ただしシンバルのパン振りが左右逆になっている） DLC「最強の山道」に収録 |
第3回32位 第4回19位 第5回16位 第6回18位 第7回9位 第8回10位 第9回9位 第10回16位 任天堂1位 第2回任天堂2位 ラストバトル2位 | |
| ミュージックパラダイス未収録曲 | |||
| オープニング | |||
| タイトルキャッチ | |||
| エンディング イントロ | |||
| エピローグ | |||
| ポケモンパラダイス3 | ポケモンパラダイスBGM (Vルーレット実装イベント以降) | ||
| 曲名不明 | ムンナがサザンドラに追われている際のBGM | ||
| BGM_EVE_GLIDE | 風穴の丘でサザンドラに救出される際のBGM | ||
| 未使用曲 | |||
| BGM_EVE_FUON_02_OLD | 「やみにまぎれて」のアレンジ曲 | ||
| BGM_EVE_THEME_DESPAIR | 「絶望のテーマ」のアレンジ曲 | ||
| BGM_DLC_025 | 『時/闇』『空』のBGM「えんがんのいわば」のアレンジ曲。 下記の曲も含め、DLCでの配信を想定していた曲と思われる |
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| BGM_DLC_051 | 『空』のBGM「ほしのどうくつ」のアレンジ曲 | ||
| BGM_DLC_095 | 『空』のBGM「だいひょうざん さいじょうぶ」原曲 | ||
| BGM_DLC_096 | 『空』のBGM「だいひょうざん さいじょうぶ」のアレンジ曲 | ||
*1 公式パーフェクトガイドの開発スタッフインタビューより判明
