| 曲名 | 補足 | 順位 |
| パネルでポンのテーマ | オープニング＆タイトル画面 1-P VSモード エンディングデモ＆EASYクリアメッセージ画面 |
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| セレクト | ゲームモード選択画面 1P-VS ゲーム終了後 裏技告知画面 |
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| 妖精の世界 | 1P-VSステージ間デモ ステージクリア各ラウンド開始前デモ 「上達への道」デモ |
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| リップのテーマ | ステージセレクトROUND1 パズルモードROUND1 遊び方説明デモ |
SFC285位 一面280位 |
| ピンチ(リップ) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND1 クリア失敗 | |
| ウィンディのテーマ | 1P-VS ステージ1 ステージクリアROUND2 パズルモードROUND2 |
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| ピンチ(ウィンディ) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND2 クリア失敗 | |
| シャーベットのテーマ | 1P-VS ステージ2 | 冬・雪・氷90位 マイナーゲーム81位 |
| ピンチ(シャーベット) | ||
| ティアナのテーマ | 1P-VS ステージ3 ステージクリアROUND3 パズルモードROUND3 |
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| ピンチ(ティアナ) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND3 クリア失敗 | |
| ルビーのテーマ | 1P-VSステージ4 | 第2回掘り出し90位 第3回任天堂291位 |
| ピンチ(ルビー) | 通常モードピンチ時 | |
| エリアスのテーマ | 1P-VS ステージ5 ステージクリアモードROUND4 パズルモードROUND4 |
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| ピンチ(エリアス) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND4 クリア失敗 | |
| フレアのテーマ | 1P-VS ステージ6 ステージクリアパズルモードROUND5 |
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| ピンチ(フレア) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND5 クリア失敗 | |
| ネリスのテーマ | 1P-VS ステージ7 | SFC253位 |
| ピンチ(ネリス) | 通常モードピンチ時 | |
| セレンのテーマ | 1P-VSステージ8 ステージクリアROUND6 パズルモードROUND6 |
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| ピンチ(セレン) | 通常モードピンチ時、パズルモードROUND6 クリア失敗 | |
| 仲間を救出 | 1P-VS 妖精解放SE | |
| デスマウンテン | VSデモ・デスマウンテン内 | |
| エンカウント | VSデモ・ボス登場時 ステージクリアモード・スペシャル面＆最終面前デモ |
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| フェニックス、ドラゴンのテーマ | 1P-VS ステージ9・10 | |
| ピンチ(フェニックス・ドラゴン) | ||
| 魔王サナトスのテーマ | 1P-VS NORMAL(最終戦)・HARD・S-HARD ステージ11 ステージクリア スペシャル面＆最終面 |
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| ピンチ(サナトス) | ||
| 女神コーデリアのテーマ | 1P-VS HARD&S-HARD ステージ12 & 試合開始前デモ | ラストバトル348位 |
| ピンチ(コーデリア) | ||
| ゲームオーバー(リップ) | コンテニュー画面、1P-VS S-HARDエンド画面 「リップのテーマ」のオルゴール風アレンジ |
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| ゲームオーバー(ウィンディ) | 「ウィンディのテーマ」のオルゴール風アレンジ | |
| ゲームオーバー(エリアス) | 「エリアスのテーマ」のオルゴール風アレンジ | |
| VSモードエンディング | ||
| 成績発表 | エンドレスモード・成績画面 ステージクリア各面クリア時(パスワード表示) |
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| 成績発表あんたはえらい | エンドレス30000～99999点到達時 スコアアタック10000点以上到達時 正式曲名(*4) |
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| エンドレスモードエンディング(通常) | エンドレス30000～99998点獲得時 | |
| エンドレスモードエンディング(カンスト) | エンドレス99999点獲得時 | |
| パズルモードエンディング | ||
| ステージクリアモードエンディング |
| No. | 曲名 | 補足 | 順位 |
| 0 | フリルのテーマ | 原曲：「リップのテーマ」 | |
| 1 | |||
| 2 | ピュアのテーマ | 原曲：「ルビーのテーマ」 | |
| 3 | |||
| 4 | セシルのテーマ | 原曲：「エリアスのテーマ」 | |
| 5 | |||
| 6 | ナティアのテーマ | 原曲：「ネリスのテーマ」 | |
| 7 | |||
| 8 | ソフィアのテーマ | 原曲：「ウィンディのテーマ」 | |
| 9 | |||
| 10 | サラのテーマ | ||
| 11 | |||
| 12 | リンゼのテーマ | ||
| 13 | |||
| 14 | レイアのテーマ | 原曲：「フレアのテーマ」 | |
| 15 | |||
| 16 | ティンクのテーマ | 原曲：「シャーベットのテーマ」 | |
| 17 | |||
| 18 | カインのテーマ | ||
| 19 | |||
| 20 | ライオンのテーマ | 通常時・新曲 ピンチ時・原曲：「ティアナのテーマ」 |
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| 21 | |||
| 22 | キックチョップのテーマ | 原曲：「フェニックス、ドラゴンのテーマ」 | |
| 23 | |||
| 24 | ジョーカーのテーマ | ||
| 25 | |||
| 26 | サナトスのテーマ | ||
| 27 | |||
| 28 | コーデリアのテーマ | 原曲：「女神コーデリアのテーマ」 ピンチ時：新規曲 |
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| 29 | |||
| 30 | ジルバのテーマ | 「パネルでポンGB」没曲からの流用 | |
| 31 | |||
| 32 | オープニング | オープニング・タイトル画面 | |
| 33 | セレクト | ゲームモード選択画面 原曲：SFC版「セレクト」 |
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| 34 | フリルとカイン | VSデモ、ジルバ勝利後の語りシーン | |
| 35 | VSイージークリア | 1P-VS EASYモードクリアメッセージ&パズルモード全制覇おめでとう画面 「パネルでポンGB」没曲からの流用 |
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| 36 | ゲームオーバー | コンティニュー画面 | |
| 37 | ステージクリア | ステージクリアモード「ステージ＆ラウンドクリア」 | |
| 38 | 妖精の世界 | VSデモ・開始時、ステージクリア間デモ前半 | |
| 39 | キックチョップ勝利後 | VSデモ 原曲：「デスマウンテン」 |
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| 40 | パズルエディット | パズルクリエイトモードBGM | |
| 41 | サナトス登場 | VSデモ | |
| 42 | コーデリア登場 | ||
| 43 | ジョーカー登場 | ||
| 44 | 魔女三姉妹おばば登場 | ||
| 45 | おばば勝利後 | ||
| 46 | おばばのテーマ | ||
| 47 | |||
| 48 | あそびかた説明 | ||
| 49 | 荒れる妖精の世界 | VSデモ・台風に吸い込まれる世界 | |
| 50 | 大空を泳ぐジルバ | VSデモ・ジルバに色が戻った後 | |
| 51 | スペシャルエンディング | VSモード真エンディング 新曲メドレー「おばば勝利後」～「リンゼのテーマ」～「サラのテーマ」～「ジョーカー登場」 |
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| 52 | キックチョップ登場 | VSデモ | |
| 53 | エンディング | VSモード通常エンディング、パズルモードエンディング GB「ヨッシーのパネポン」より「スタッフロール」の再アレンジ版 原曲：SFC版『VSモードエンディング』 |
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| 54 | 目を取り戻すジルバ | VSデモ・ジルバ勝利直後 | |
| 55 | タイトル | タイトル画面(オープニングスキップ時) | |
| 56 | 成績発表 | ||
| 57 | フリルの決心 | VSデモ・妖精たちを助け出そうと決心するフリル |
| タイトル | GC版タイトルBGM |
| プレイBGM | 「フリルのテーマ」の流用 |
| ピンチ | 「フリルのテーマ」ピンチ時BGMの流用 |
| 成績画面 | GC版「成績発表」の流用 |
| ゲームオーバー | GC版「ゲームオーバー」の流用 |
