| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトル | 辻横由佳 | ヨッシー「ヨッシーアイランド」のアレンジ GB版ではイントロがカットしている |
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| メニュー | 葛目将也 | パネポン「セレクト」 | |
| ここはヨッシーアイランド | VSモード開始直後・ステージクリア説明 パネポン「妖精の世界」 |
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| ヨッシーのテーマ | ヨッシー「ものがたりオルゴール」のアレンジ | ||
| ジュゲムのテーマ | パネポン「ウィンディのテーマ」のアレンジ | ||
| ターくんのテーマ | パネポン「シャーベットのテーマ」 SFC版限定 |
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| ポチのテーマ | パネポン「ティアナのテーマ」のアレンジ | ||
| ハナチャンのテーマ | パネポン「ルビーのテーマ」のアレンジ | ゲームボーイ272位 | |
| ゲロゲーロのテーマ | パネポン「エリアスのテーマ」のアレンジ | ||
| ビッグウンババのテーマ | パネポン「フレアのテーマ」のアレンジ | ||
| ノモズのテーマ | パネポン「ネリスのテーマ」 | ||
| キューちゃんのテーマ | パネポン「セレンのテーマ」 | ||
| 勝ち | |||
| 負け | |||
| クッパのアジト | パネポン「デスマウンテン」 | ||
| エンカウント | パネポン「エンカウント」 | ||
| 中ボスのテーマ | ビッグノコノコ・ビッグパックン・カメック戦。パネポン「フェニックス,ドラゴンのテーマ」 | ||
| クッパ登場 | パネポン「女神コーデリアのテーマ」 | ||
| クッパのテーマ | SFC版：パネポン「魔王サナトスのテーマ」流用 GB版：オリジナル。通常時ループ直前にパネポン「魔王サナトスのテーマ」のフレーズ |
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| エンディング1 | |||
| エンディング2 | |||
| スタッフロール | パネポン「スタッフロール」。後半はヨッシー「ものがたりオルゴール」のフレーズ | 第2回エンディング154位 |
