| No. | 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 1 | トレーニング | |||
| 2 | スターフォックスゼロのテーマ | タイトル画面 | ||
| 3 | メニュー | |||
| 4 | ストーリー | |||
| 5 | スタートデモ(スターフォックス64のテーマ) | |||
| 6 | 惑星コーネリア | 黒川仁美 | 惑星コーネリア フェーズ1 | |
| 7 | 危機! | 惑星コーネリア フェーズ2 惑星フィチナ フェーズ1 |
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| 8 | さらなる危機! | 惑星コーネリア フェーズ2 ピンチ時 惑星ゾネス 脱出時 |
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| 9 | 敵機撃墜 | 惑星コーネリア フェーズ2終了 | ||
| 10 | 超巨大戦艦サルレシア登場 | |||
| 11 | ボスA | VS.サルレシア、シーレシア | ||
| 12 | 作戦終了 | ステージクリア(作戦終了) | ||
| 13 | 作戦完了 | ステージクリア(作戦完了) | ||
| 14 | マップセレクト | |||
| 15 | セクターα宙域 | セクターα宙域 フェーズ1 | ||
| 16 | セクターα宙域:サルバドーラ内部 | セクターα宙域 フェーズ2 | ||
| 17 | ガードシステム起動 | VS.ガードシステム | ||
| 18 | エリア3:宇宙空間 | エリア3 フェイズ1 | ||
| 19 | ピグマ登場 | ウルフ以外のスターウルフ戦 | ||
| 20 | コロニーへ急行せよ | エリア3 フェイズ1終了 | ||
| 21 | コロニー内部 | エリア3 フェイズ2 | ||
| 22 | ジャイロウィング出撃! | エリア3 フェイズ2 ジャイロウィング搭乗後 | ||
| 23 | 急げ! | エリア3 フェイズ2 ピンチ時 | ||
| 24 | 巨大機動兵器ギガリラ | VS.ギガリラ | ||
| 25 | 惑星ゾネス | 惑星ゾネス フェイズ1 | ||
| 26 | 危機!その2 | 惑星ゾネス 敵に発見された時 | ||
| 27 | キャットのテーマ | |||
| 28 | 転送装置へ向かえ! | 惑星コーネリア 隠しルートクリア | ||
| 29 | アステロイドベルト | アステロイドベルト | ||
| 30 | セクターβ宙域 | セクターβ宙域 フェイズ1 VS.サルバドーラ |
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| 31 | ビルのテーマ | |||
| 32 | キャットのテーマ(ロングバージョン) | |||
| 33 | スターウルフのテーマ | VS.スターウルフ | ||
| 34 | フォーチュナ | 惑星フォーチュナ フェイズ1序盤 | ||
| 35 | フォーチュナ:大樹の洞 | 惑星フォーチュナ フェイズ1中盤 | ||
| 36 | フォーチュナ:汚染空域 | 惑星フォーチュナ フェイズ1終盤 | ||
| 37 | ボスB | VS.モナーク・ドドラ、スクラップワーム | ||
| 38 | タイタニア | 惑星タイタニア フェイズ1 | ||
| 39 | ペッピー生還 | 惑星タイタニア 隠しルートクリア | ||
| 40 | セクターγ宙域 | セクターγ宙域 フェイズ1 惑星コーネリア(2回目) フェーズ2 |
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| 41 | ボスC | VS.マザーストライダー | ||
| 42 | セクターΩ宙域 | 吹田由香里 | セクターΩ宙域 フェイズ1 | 宇宙283位 |
| 43 | 惑星間戦闘空母アタック・キャリア | VS.アタック・キャリア、スペース・ドドラ 惑星ベノム脱出時 スターフォックス64「ボスB」アレンジ |
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| 44 | 惑星コーネリア再び | 近藤嶺 | 惑星コーネリア(2回目) フェーズ1 | |
| 45 | アンドルフの罠 | Dr.アンドルフ登場 | ||
| 46 | ベノム | 惑星ベノム フェーズ1 | ||
| 47 | 決意 | 惑星ベノム フェーズ1終了 | ||
| 48 | 無幻回廊 | 惑星ベノム フェーズ2 | ||
| 49 | Dr.アンドルフ | VS.Dr.アンドルフ | ||
| 50 | オールクリア | 惑星ベノム クリア | ||
| 51 | スタッフクレジット1 | |||
| 52 | スタッフクレジット2 | |||
| 53 | スタッフクレジット3 | |||
| 54 | プレイヤーダウン | |||
| 55 | 作戦失敗 | |||
| 56 | ステージクリア | |||
| 57 | 起動サウンド | |||
| 58 | タイトルデモ(スターフォックス64のテーマ) | オープニングムービー | ||
| 59 | 惑星コーネリア(SFC版オリジナル音源) | フォックスのamiibo使用時の惑星コーネリア |
